CuGenDBv2

Gene ID	Sgr016642
Organism	Siraitia grosvenorii cv. Qingpiguo (Monk fruit (Qingpiguo) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	tig00152985:141650..144468
RNA-Seq Expression	Sgr016642
Synteny	Sgr016642
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0009409 - response to cold (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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GenBank top hits

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KAG6590152.1 Tubulin beta-6 chain, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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Q76FS3 Tubulin beta-6 chain

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Arabidopsis top hits

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AT5G12250.1 beta-6 tubulin

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AT5G23860.2 tubulin beta 8

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AT5G62690.1 tubulin beta chain 2

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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

3.1e-251

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        MREILH+QGGQCGNQIG+KFWEV+C EHGIDPTGRY G SDLQLER+NVYYNEASCGRFVPRAVLMDLEPGTMDS+R+GPYGQ FRPDNFVFGQSGAGNN
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Query:  WAKGHYTEGAELIDAVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
        WAKGHYTEGAELID+VLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
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Query:  VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMM
        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLSMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
        CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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Query:  EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEE---YYDEEEEEAVQD
        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA+E   Y DEEE E  Q+
Subjt:  EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEE---YYDEEEEEAVQD

Sequences

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CDS sequence

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TGGAACCTCCGATTTGCAACTTGAACGCGTAAATGTGTACTACAACGAGGCTTCTTGTGGACGTTTCGTCCCTCGTGCTGTGCTCATGGATCTCGAGCCTGGTACCATGG
ACAGTGTGAGGACGGGTCCTTATGGACAAATCTTCAGGCCAGACAATTTCGTTTTTGGGCAATCTGGTGCTGGCAATAACTGGGCCAAGGGGCATTATACAGAAGGAGCA
GAACTTATTGATGCTGTGCTTGACGTTGTGAGAAAGGAAGCTGAGAACTGTGATTGTCTTCAAGGTTTCCAAGTGTGTCATTCACTTGGTGGAGGCACTGGTTCTGGAAT
GGGTACTCTGCTGATTTCCAAAATCAGAGAAGAATATCCTGACAGGATGTTGCTTACTTTCTCCGTCTTCCCTTCACCAAAAGTGTCAGATACAGTTGTAGAGCCGTACA
ATGCCACACTTTCTGTTCACCAGCTCGTTGAGAATGCAGATGAGTGCATGGTGCTGGACAATGAAGCATTATATGATATATGCTTCAGGACTCTCAAGTTAACTACTCCT
AGCTTTGGAGATCTCAACCACTTAATTTCAGCTACAATGAGTGGGGTGACATGCTGTCTCAGATTTCCTGGCCAGCTTAACTCTGACCTCAGAAAACTTGCTGTGAATCT
AATTCCCTTTCCTCGCCTACACTTCTTTATGGTGGGATTTGCTCCTCTTACCTCACGTGGGTCACAGCTATATAGGGCTCTGACTGTCCCAGAGTTGACACAGCAAATGT
GGGATTCTAAAAATATGATGTGTGCTGCAGACCCACGACATGGCCGATACCTCACTGCCTCTGCCATGTTCAGAGGCAAGATGAGTACTAAAGAAGTTGATGAACAGATG
ATCAATGTTCAGAACAAGAATTCCTCATACTTCGTTGAATGGATTCCAAACAATGTTAAATCCAGCGTCTGTGACATTGCTCCCAAAGGACTTTCGATGGCATCAACCTT
CATTGGAAACTCAACCTCTATTCAGGAGATGTTCAGGCGTGTAAGCGAGCAGTTTACTGCCATGTTCAGGAGGAAAGCTTTCTTGCACTGGTACACTGGAGAAGGAATGG
ACGAAATGGAGTTCACTGAGGCAGAAAGCAACATGAATGATCTCGTTTCTGAGTATCAGCAGTACCAGGACGCTACAGCTGAGGAGTATTATGATGAGGAAGAGGAGGAA
GCCGTCCAGGATATGTGA

mRNA sequence

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INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLSMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEYYDEEEEE
AVQDM

Sgr016642 (gene) of Monk fruit (Qingpiguo) v1 genome