CuGenDBv2

Gene ID	Sgr028493
Organism	Siraitia grosvenorii cv. Qingpiguo (Monk fruit (Qingpiguo) v1)
Description	Transcription initiation factor IIF subunit beta
Genome location	tig00153204:1607373..1618856
RNA-Seq Expression	Sgr028493
Synteny	Sgr028493
Gene Ontology terms	GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process) GO:0006413 - translational initiation (biological process) GO:0005674 - transcription factor TFIIF complex (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function) GO:0008168 - methyltransferase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR003196 - Transcription initiation factor IIF, beta subunit IPR011039 - Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction IPR036388 - Winged helix-like DNA-binding domain superfamily IPR036390 - Winged helix DNA-binding domain superfamily IPR040450 - TFIIF beta subunit, HTH domain IPR040504 - TFIIF, beta subunit, N-terminal

Homology

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GenBank top hits

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XP_004152667.1 transcription initiation factor IIF subunit beta [Cucumis sativus]

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XP_038884084.1 transcription initiation factor IIF subunit beta-like [Benincasa hispida]

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A0A0A0LRL0 Transcription initiation factor IIF subunit beta

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A0A1S3BBV5 Transcription initiation factor IIF subunit beta

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A0A5A7VAJ9 Transcription initiation factor IIF subunit beta

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A0A6J1CTB7 Transcription initiation factor IIF subunit beta

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A0A6J1KP21 Transcription initiation factor IIF subunit beta

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O94424 Transcription initiation factor IIF subunit beta

1.0e-20

31.87

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        + +LD G+    VWL+K P  +   W S    D   L  V +  D +Q    +S          E  +VPK ++L +   FV    VF E    +S    
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        ++ G V H+ ++ P     + Y ++ ++R   +    R++Q+ID DRG  +   PG +G  S ST+   + V P     +K +R  R EL DI+FK FE 
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           W LK L +   QP  +LKE+L+ + + NKRG     Y LKPEYK +++
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P13984 General transcription factor IIF subunit 2

6.7e-17

29.15

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        +L   K +  VWL+K P  +++ W   S    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + + +P     E Y +L R +  +S    R  Q +D     + +P+      I    K+K+        D KR R D+  + D++F  FE+
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           + LK LV  T QP  +LKEIL E+ V N +G ++ T+ELKPEY+
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Q2T9L9 General transcription factor IIF subunit 2

3.3e-16

28.34

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        +L   K +  VWL+K P  +++ W        +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + + +P     E Y +L R +  +S    R  Q +D     + +P+      I    K+K+        D KR R D+  + D++F  FE+
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           + LK LV  T QP  +LK+IL E+ V N +G ++ T+ELKPEY+
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Q54KT7 General transcription factor IIF subunit 2

8.8e-17

28.57

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        ++T  AD  VWL+K P  +++SWQ     +        +    ++  ++ SL +     G + G   +  +     D  P+ +FSE   G +++EG +  
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        + D+K   E+ + Y  L + R  K   K R  QVID               L + T     K KV+ V     K+S  K+ +    E+ D++F  F  + 
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Query:  NWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYK
        +  LK L   T+QP   LK IL ++C+ NKRG     YELKPE++
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Q8R0A0 General transcription factor IIF subunit 2

3.9e-17

29.15

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Query:  NLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSWQSHSPSDPLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGT-ETGNVPKSFSLNMFKDFV-------PMCVFSEASQGK
        +L   K +  VWL+K P  +++ W   S    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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Query:  VSMEGKVEHKFDMKPHGENLEIYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKEKKKVAPVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFER
        +S+EG V  + + +P     E Y KL R +  +S    R  Q +D     + +P+      I    K+K+        D KR R D+  + D++F  FE+
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Query:  QPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYK
           + LK LV  T QP  +LKEIL E+ + N +G ++ T+ELKPEY+
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G75510.1 Transcription initiation factor IIF, beta subunit

1.2e-98

68.15

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        MED H       NLD  K+DRS+WLMKCP++V K+W         S + SD P  +AK++  +DPL+ D  S  +FKM M G E GN+PK ++LNMF DF
Subjt:  MEDEHGGGGSSSNLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSW--------QSHSPSD-PLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDF

Query:  VPMCVFSEASQGKVSMEGKVEHKFDMKPHGENLEIYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKEKKKVAPVKQSDVKRTRRDR
        VPM  FS+ +QG  + EGKV+HKFDMKP+GE +E Y +LCRERT+K+MVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGM+GL+SS SKEK+K  PVKQ++VKRTRRDR
Subjt:  VPMCVFSEASQGKVSMEGKVEHKFDMKPHGENLEIYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKEKKKVAPVKQSDVKRTRRDR

Query:  GELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVE-DTGGE
        GELE IMFKLFE QPNW LKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRG+NQGTYELKPEYKKS E DTGG+
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AT3G52270.1 Transcription initiation factor IIF, beta subunit

5.2e-81

60.16

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        L+TG A+RS+ LMK P LVA S QSHS       P DP  P AKVIL +DPL + E    QF ME+A  ++GN+P+ ++L+M KDF+PM VF E+S GK+
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        S+EGK+++KFDM+PH EN+E YG+LCRERTNK M KNRQIQVIDN RG+HMRPMPGM+  I + + EKKK+   + S++KRTRRDR E+E++MF LFERQ
Subjt:  SMEGKVEHKFDMKPHGENLEIYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKEKKKVAPVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQ

Query:  PNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVED
         NW L+ L+QETDQP QFLK++L +LC+YN +G+NQGTYELKPEYKK+ ++
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Sequences

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GTCTCATTCTCCCTCTGATCCTCTTCCTCTCGCTAAGGTCATCCTTTCTCTCGATCCTCTTCAATCCGATGAGTCCTCTTCTCTCCAGTTCAAGATGGAGATGGCTGGAA
CTGAGACTGGAAACGTGCCAAAAAGTTTTTCCTTAAATATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTTTCAGAGGCAAGTCAAGGTAAGGTGTCAATGGAAGGGAAA
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GATAGACAATGACCGTGGAGTGCATATGAGGCCAATGCCCGGGATGGTTGGTTTGATCAGTTCAACATCAAAGGAAAAGAAGAAGGTGGCGCCAGTTAAACAATCAGACG
TGAAAAGAACTAGACGGGATCGTGGGGAACTAGAAGATATAATGTTCAAGCTATTTGAAAGACAGCCAAATTGGGCTCTAAAGCAGCTAGTCCAAGAGACTGATCAACCT
GCACAATTCTTGAAAGAGATACTGAATGAGCTTTGTGTCTACAACAAACGAGGGACTAATCAAGGAACATACGAGCTTAAGCCTGAATACAAGAAATCTGTCGAGGATAC
TGGCGGAGAGTAG

mRNA sequence

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VEHKFDMKPHGENLEIYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKEKKKVAPVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQP
AQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVEDTGGE

Sgr028493 (gene) of Monk fruit (Qingpiguo) v1 genome