; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg000357 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg000357
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Descriptionprotodermal factor 1-like
Genome locationscaffold8:42785907..42787155
RNA-Seq ExpressionSpg000357
SyntenySpg000357
Gene Ontology termsGO:0016020 - membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR039923 - Protodermal factor 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6604731.1 Protodermal factor 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.4e-10584.74Show/hide
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XP_022947015.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita moschata]6.8e-10685.14Show/hide
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XP_022970795.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita maxima]1.2e-10584.52Show/hide
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XP_023534009.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.7e-10483.33Show/hide
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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]7.3e-10888.38Show/hide
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        PT PVDPGTPSTPSTP  PSTPSTP I     TCNYWLNHPGMIWGVLGW GTLGN FGATN+PGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREG+ASYLNSLA
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KF76 Uncharacterized protein3.5e-10083.75Show/hide
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        + PVDPGTPSTPSTPS PSTP+TP I     TC YWLNHPG+IWGVLGW GTLGN FGATN+PGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREG+ASYLNSLAS
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        NRFP+TTKQVR SFVSALSSN+AA +QAN FKLANEGKIK
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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like3.5e-10084.52Show/hide
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        MRSKQASALLFTLLAGLLS SL+IPVLST+I DQKSYYSP DPH+G+PPSGSH +PIPPSHG GGT PHYSTPTPSTPS    GGGYYNPPSS GGSPP+
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         PVDPGTPSTPSTPS PSTPSTP I     TCNYWLNHPG+IWGVLGW GTLGN FGATN+PGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREG+ASYLNSLASN
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        RFP+TTKQVR SFVSALSSN+AA DQAN FKLANEGKIK
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A0A6J1D8U7 protodermal factor 1-like4.5e-10385.17Show/hide
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        T PVDPGTPS PSTP     P  PF GTCNYWLNHPGMIWGVLGW GTLGN FGATN+PGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGA+LREG+ASYLNSLA+N FP
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        FTTKQVR+SFVSALSSN+AAADQA +FKLANEGK+K
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A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like3.3e-10685.14Show/hide
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        MR+KQAS LLFTLLAGLLS SL+IPVLSTTIADQKSYYSP DPHAGTPP+GSHSNPIPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTP+K PSGG GYYNPPS  GGS P
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        T PVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTP                TCN+WLNHPGMIWGVLGW GTLGNCFGATN+PGFGTNLNLLQALSNTR DGFGALLREG+
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        ASYLNSLASNRFPFTTKQV++SFVSAL+SNRAAADQANIFKLANEGKIK
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A0A6J1I3W1 protodermal factor 1-like5.6e-10684.52Show/hide
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        MR+KQAS LLFTLLAGLLS SL+IPVLSTTIADQKSYYSP DPHAGTPP+GSHSNPIPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSK PSG  GYYNPPSS GGS P
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Query:  TIPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTPFIG----------------TCNYWLNHPGMIWGVLGWSGTLGNCFGATNIPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLR
        T PVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTP                   TCN+WLNHPGMIWGVLGW GTLGNCFGATN+PGFGTNLNLLQALSNTR DGFGALLR
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        EG+ASYLNSLASNRFPFTTKQV++SFVSAL+SNRAAADQANIFKLANEGKIK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9S728 Protodermal factor 11.4e-4543.05Show/hide
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        S  ++ L A LLS  L   V S    D K+YY SP     GTPPS                  + S+P PPSH                           
Subjt:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVLSTTIADQKSYY-SPSDPHAGTPPS-----------------GSHSNPIPPSH---------------------------

Query:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSKPPSGGGYYNPPSSG------------------GGSPPTIPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTPFIGTCNYWLNHPGM
               +  TP H STP+  TPS PPSGG Y +PP                     GGSPPT  +DPGTP TP  P+    P  P  GTC+YW NHP +
Subjt:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSKPPSGGGYYNPPSSG------------------GGSPPTIPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTPFIGTCNYWLNHPGM

Query:  IWGVLGWSGTLGNCFGA----TNIPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNRFPFTTKQVRASFVSALSSNRAAADQANIFKLANEGK
        IWG+LGW GT+G  FG     ++IPGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REG+AS+LNS+ +++FPFTT QVR  FV+ LSSN+AA  QA+ FKLANEG+
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Query:  IK
        +K
Subjt:  IK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G42840.1 protodermal factor 11.0e-4643.05Show/hide
Query:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVLSTTIADQKSYY-SPSDPHAGTPPS-----------------GSHSNPIPPSH---------------------------
        S  ++ L A LLS  L   V S    D K+YY SP     GTPPS                  + S+P PPSH                           
Subjt:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVLSTTIADQKSYY-SPSDPHAGTPPS-----------------GSHSNPIPPSH---------------------------

Query:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSKPPSGGGYYNPPSSG------------------GGSPPTIPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTPFIGTCNYWLNHPGM
               +  TP H STP+  TPS PPSGG Y +PP                     GGSPPT  +DPGTP TP  P+    P  P  GTC+YW NHP +
Subjt:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSKPPSGGGYYNPPSSG------------------GGSPPTIPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSTPFIGTCNYWLNHPGM

Query:  IWGVLGWSGTLGNCFGA----TNIPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNRFPFTTKQVRASFVSALSSNRAAADQANIFKLANEGK
        IWG+LGW GT+G  FG     ++IPGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REG+AS+LNS+ +++FPFTT QVR  FV+ LSSN+AA  QA+ FKLANEG+
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Query:  IK
        +K
Subjt:  IK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGAAGCAAACAAGCTTCTGCTCTCCTTTTCACCTTGCTTGCTGGGTTGCTTTCTCACAGCCTTGTCATCCCTGTACTCTCCACCACCATTGCTGACCAGAAAAGCTA
TTACTCTCCTTCAGACCCACATGCTGGAACTCCCCCATCAGGTTCACACAGCAACCCCATACCACCATCACATGGCTATGGAGGCACACCGCCGCATTACTCCACACCAA
CCCCTTCGACGCCATCGAAGCCTCCGTCTGGTGGTGGATACTACAACCCTCCATCTTCCGGTGGCGGTAGCCCTCCAACCATCCCTGTAGATCCAGGCACTCCAAGCACT
CCAAGCACACCAAGCACACCAAGCACTCCCTCTACTCCATTTATTGGTACCTGCAATTATTGGCTGAATCACCCAGGAATGATATGGGGAGTATTGGGATGGTCGGGAAC
GTTGGGAAATTGCTTTGGAGCAACCAATATCCCAGGATTTGGAACAAATCTCAACTTGCTCCAAGCACTTTCAAACACAAGGACTGATGGGTTTGGGGCCCTTTTGAGAG
AAGGCTCTGCTTCGTACCTCAACTCTCTTGCCAGTAACAGATTCCCCTTCACAACCAAGCAAGTTAGAGCGAGTTTTGTCTCGGCACTTAGCTCCAACAGAGCAGCAGCA
GATCAGGCCAACATCTTCAAGTTAGCCAACGAGGGCAAAATTAAGCACGGAGCCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TTACTCTCCTTCAGACCCACATGCTGGAACTCCCCCATCAGGTTCACACAGCAACCCCATACCACCATCACATGGCTATGGAGGCACACCGCCGCATTACTCCACACCAA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRSKQASALLFTLLAGLLSHSLVIPVLSTTIADQKSYYSPSDPHAGTPPSGSHSNPIPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSKPPSGGGYYNPPSSGGGSPPTIPVDPGTPST
PSTPSTPSTPSTPFIGTCNYWLNHPGMIWGVLGWSGTLGNCFGATNIPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNRFPFTTKQVRASFVSALSSNRAAA
DQANIFKLANEGKIKHGA