CuGenDBv2

Gene ID	Spg002329
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	Protein TIC 214
Genome location	scaffold5:7196628..7204223
RNA-Seq Expression	Spg002329
Synteny	Spg002329
Gene Ontology terms	GO:0015031 - protein transport (biological process) GO:0009706 - chloroplast inner membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0004523 - RNA-DNA hybrid ribonuclease activity (molecular function)
InterPro domains	IPR002156 - Ribonuclease H domain IPR008896 - Protein TIC214 IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily IPR036397 - Ribonuclease H superfamily IPR044730 - Ribonuclease H-like domain, plant type

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAD4887879.1 hypothetical protein E3N88_19950 [Mikania micrantha]

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RZC64927.1 hypothetical protein C5167_008621 [Papaver somniferum]

3.1e-58

67.68

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RZC75017.1 hypothetical protein C5167_050499 [Papaver somniferum]

6.2e-59

68.18

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XP_026396029.1 uncharacterized protein LOC113290661 [Papaver somniferum]

1.2e-41

67.76

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YP_010130140.1 hypothetical chloroplast RF19 [Primula jiugongshanensis]

2.6e-41

84.07

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A4Y7JW43 Uncharacterized protein

1.5e-58

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A0A4Y7KQA8 Uncharacterized protein

3.0e-59

68.18

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A0A5N6NGW1 Protein TIC 214

7.9e-52

58.74

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A0A6M3S424 Protein TIC 214

2.8e-41

84.96

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A0A7T3U4T5 Hypothetical chloroplast RF19

1.3e-41

84.07

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A0A393 Protein TIC 214

2.9e-43

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A6MM95 Protein TIC 214

1.7e-43

84.07

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Q2MIC9 Protein TIC 214

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84.07

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Q33BW4 Protein TIC 214

4.9e-43

84.07

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Q3C1P6 Protein TIC 214

4.9e-43

84.07

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G07739.1 Ycf1 protein

1.8e-40

90.72

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ATCG01000.1 Ycf1 protein

2.5e-42

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Show/hide

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        +    FD+ S   N +
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ATCG01130.1 Ycf1 protein

2.5e-42

81.03

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        GNLVSLCMKIINSVVVVGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVM   EEGTEKKVSATTGFI GQLMMFISIYYAPLHLALGRPHTITVLALP LL  F   
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Query:  SD---FDFESLLENSV
        +    FD+ S   N +
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ATMG00370.1 Ycf1 protein

3.6e-41

91.75

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        GNLV LCMKIINSVVVVGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVM   EEGTEKKVSATTGFI GQLMMFISIYYAPLHLALGRPHTITVLALP LL  F
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGAAGGGCAGAGGCCTTTGGTGTCCCCTCCAGTCAAGAATTGGGGCCTCACAATCACTAGCCAATATGTTTTTCTCTCATGCCTTTCTTCGTTCATGGTTCGATATTC
TGGTGTCCTAGGCGTAGAGGAACCACACCAATCCATCCCGAACTTGGTGGTTAAACTCTACTGCGGTGACGATACTGTAGGGGAGACCCAGACTGTGGAACAAAGGATTA
TCCCGGACCTACACCGAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAATTCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCC
TCTTATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGAAGAAGGAACCGAGAAGAAAGTATCAGCAACAACAGGTTTTATTACGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTA
TTATGCGCCTCTGCATCTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCAAGCCTATTGAATCCGTTCCCACAAGGATCGGATTTTGACTTTGAATCCC
TATTAGAAAACTCTGTGGCGCATAATCTTGCACATTGGGCAGCCGATTTCCGGCCGGAGACTGGGATTGGGGGTTTGGGTTGGGTGCTGCGGGACCATGTTGGAAATTTG
ATCGGGGCAGTGTGTGAGTCTGTTACAGGGCTCCTCGGGGTGGACATGTTGGAAATGCAGGCAATTCGGGCTGGATTATTGGCTGTTGGTGAGATAGGGCCTCCTAGATT
GATGGTGGAGTCAGATTGTTTGGTTGCTGTAAACCTCTTGAATGGTGTGGATGAGAACCTCACCTTAGTTCGTTCTGTGACTATGGAGGTGCAGAAGCTTTCTTCTTGTT
TGGTGGGAGTACAGTTTAAGCATATTCGACGAGGCCAAAATTTGGTGGCTGATATGTTGGCACGACGAGCAATGAGTAATGGGATTTATGGCATCTGGTTTTCGGGGTTT
CTATGTTGGCTTCTTGAAGCTATAGAGGGTGACAAGCGACAAGCGAAAGTTGGTGTAATTTTGTTATGTATCTTTCTTCTCAAAAAGAAAATCGAGGAGAGCCCATGGGG
GAAAATCGCATCCCCACCAAAAAAGCAAATTCTCCAAGCAAACAGTCGTCGATGGAAGACAAAAGTTAAATACCACAAATTTACCAATTGTTTTAATCCATTGATATGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MEGQRPLVSPPVKNWGLTITSQYVFLSCLSSFMVRYSGVLGVEEPHQSIPNLVVKLYCGDDTVGETQTVEQRIIPDLHRGNLVSLCMKIINSVVVVGLYYGFLTTFSIGP
SYLFLLRARVMEEGTEKKVSATTGFITGQLMMFISIYYAPLHLALGRPHTITVLALPSLLNPFPQGSDFDFESLLENSVAHNLAHWAADFRPETGIGGLGWVLRDHVGNL
IGAVCESVTGLLGVDMLEMQAIRAGLLAVGEIGPPRLMVESDCLVAVNLLNGVDENLTLVRSVTMEVQKLSSCLVGVQFKHIRRGQNLVADMLARRAMSNGIYGIWFSGF
LCWLLEAIEGDKRQAKVGVILLCIFLLKKKIEESPWGKIASPPKKQILQANSRRWKTKVKYHKFTNCFNPLI

Spg002329 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome