CuGenDBv2

Gene ID	Spg002763
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic
Genome location	scaffold6:2180237..2183137
RNA-Seq Expression	Spg002763
Synteny	Spg002763
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR038789 - Protein LOW PSII ACCUMULATION 2 like

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6600161.1 Protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

2.8e-84

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQIIHHSPSSFT KPYHLP  PL FPSK +F IKSQNPSESEKPISK VDDAP         +SSAQGFGS SSQSTT+SKSSPKA  SKGKQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

XP_022941727.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita moschata]

1.4e-86

87.25

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQIIHHSPSSFT KPYHLP  PL FPSK +F IKSQNPSESEKPISK VDDAP         +SSAQGFGS SSQSTT+SKSSPKA  SKGKQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
        GDKS
Subjt:  GDKS

XP_022973018.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita maxima]

1.5e-85

86.76

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQIIHHSPSSFT KPYHLP TPL FPSK +F IKSQ+PSESEKPISK VDDA          +SSAQGFGS SSQSTT+SKSSPKA  SKGKQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
        GDKS
Subjt:  GDKS

XP_023554492.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]

2.7e-87

87.75

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQIIHHSPSSFT KPYHLP TPL FPSK +F IKSQNPSESEKPISK VDDAP         +SSAQGFGS SSQSTT+SKSSPKA  SKGKQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
        GDKS
Subjt:  GDKS

XP_038899637.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Benincasa hispida]

2.5e-85

87.75

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQI+HHSPSSFT KPYHLP+  L+FPSK +F I SQNPSESEKPISK VDDA P+ATSSK SSSS QGFGSSSSQSTTTSKSSPKA     KQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK+K
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
         +KS
Subjt:  GDKS

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3AXX6 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

2.8e-82

83.82

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQI+HHSPSSFT KPYHLP+  L F SK +F IKSQNPSESEKPISKIVDDA P+ATSSK S+SS QGFGSSS QST+TSKS+PK+     KQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDE+ AKEQSRNESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPEEWD+ FVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK+K
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
         +KS
Subjt:  GDKS

A0A5A7VJY0 Protein LOW PSII ACCUMULATION 2

8.3e-82

83.33

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQI+HHSPSSFT KPYHLP+  L F SK +F IKSQNPSESEKPISKIVDDA P+ATSSK  +SS+QGFGSSS QST+TSKS+PK+     KQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDE+ AKEQSRNESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPEEWD+ FVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK+K
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
         +KS
Subjt:  GDKS

A0A6J1CH98 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

2.2e-82

86.89

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQN--PSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGK
        MALQII HSPSSFT KPY LP  PL FPSKR F IKSQN   SESEK ISK+VDDA  VATSSKASSSSAQGFGSS +QS  TSK SPKA PSKGKQKGK
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQN--PSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGK

Query:  RQRASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEK
        RQRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEAAKEQ RNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK
Subjt:  RQRASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEK

Query:  LKGDKS
         KG+KS
Subjt:  LKGDKS

A0A6J1FNA7 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

6.5e-87

87.25

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQIIHHSPSSFT KPYHLP  PL FPSK +F IKSQNPSESEKPISK VDDAP         +SSAQGFGS SSQSTT+SKSSPKA  SKGKQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
        GDKS
Subjt:  GDKS

A0A6J1IBT8 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

7.2e-86

86.76

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQIIHHSPSSFT KPYHLP TPL FPSK +F IKSQ+PSESEKPISK VDDA          +SSAQGFGS SSQSTT+SKSSPKA  SKGKQKGKRQ
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDKS
        GDKS
Subjt:  GDKS

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4KDA6 Protein LPA2

2.3e-44

56.65

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQI  HSP SF+T+PYHL  T        RF IK QN        S+I  D     + SK SSSS  GFGS +S S+   K S   A + G +KGK +
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        R  + RR+PVEKPVF+ E     A+EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPEE DK FVKY+YP FTP+V LFVAGT AYGV KY+QNEK+K
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDK
        G +
Subjt:  GDK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G51545.1 low psii accumulation2

1.6e-45

56.65

Show/hide

Query:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ
        MALQI  HSP SF+T+PYHL  T        RF IK QN        S+I  D     + SK SSSS  GFGS +S S+   K S   A + G +KGK +
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQ

Query:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        R  + RR+PVEKPVF+ E     A+EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPEE DK FVKY+YP FTP+V LFVAGT AYGV KY+QNEK+K
Subjt:  RASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

Query:  GDK
        G +
Subjt:  GDK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTACAAATAATCCACCATTCTCCTTCTTCTTTCACCACAAAACCCTATCATCTTCCCCACACACCTCTCGATTTCCCCTCAAAACGCAGATTCTTCATCAAATC
GCAGAACCCATCGGAATCGGAGAAGCCCATTTCCAAAATTGTTGATGATGCTCCTCCAGTTGCGACCTCATCCAAGGCGTCGAGCTCATCTGCTCAAGGTTTCGGCTCTT
CGTCGTCTCAATCGACGACTACGAGCAAATCAAGTCCAAAGGCTGCACCCTCTAAGGGAAAGCAGAAGGGTAAGCGGCAGAGGGCATCGATCATTCGGCGCTCGCCGGTG
GAGAAACCGGTGTTTGTTGGAGAAGTAGATGAAGAAGCAGCTAAGGAGCAGAGCAGGAACGAGAGCTATTTTCTTCTTACTTGGTTGGGACTTGGTGCGGTGATTCTCGT
CGAGGGGATTGTGCTTGCGGCATCCGGTTTCTTACCAGAAGAGTGGGATAAGTTCTTTGTCAAATATTTGTATCCATCCTTTACACCAACCGTCTCTTTGTTTGTTGCTG
GAACTGTTGCATACGGAGTTTCAAAGTATCTTCAGAATGAGAAACTTAAAGGTGATAAATCATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQIIHHSPSSFTTKPYHLPHTPLDFPSKRRFFIKSQNPSESEKPISKIVDDAPPVATSSKASSSSAQGFGSSSSQSTTTSKSSPKAAPSKGKQKGKRQRASIIRRSPV
EKPVFVGEVDEEAAKEQSRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

Spg002763 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome