; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg003651 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg003651
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationscaffold4:47819997..47821785
RNA-Seq ExpressionSpg003651
SyntenySpg003651
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.2e-17685.11Show/hide
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KAG7030401.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.2e-17685.11Show/hide
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XP_008457806.1 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucumis melo]9.2e-17685.2Show/hide
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XP_022946029.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita moschata]2.9e-17785.67Show/hide
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XP_038890424.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39 [Benincasa hispida]6.4e-17785.71Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LKX6 Uncharacterized protein7.1e-17484.08Show/hide
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A0A1S3C7N3 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like4.4e-17685.2Show/hide
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A0A5A7V7E5 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like4.4e-17685.2Show/hide
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A0A6J1G2M8 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.4e-17785.67Show/hide
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A0A6J1KJ53 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like5.4e-17484.55Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 286.5e-2325.58Show/hide
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        +R +  PPP + +  +GD++   ++   + ++   S  +  + P K+ R+S  ++                   I   FFKT++C KF+ G C  + ++C
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        +FAH  E++R    PPPNWQE V                                                    ++ R RES A+S+G  G        
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                    +V+  +++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG S    F   +V      G+   L   + G+       V P  V+ 
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        + +SS  T  P     +        KWKGP KI+R+Y DW+DD+
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 312.4e-0932.74Show/hide
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        K+K C KF++   CP+G+ C+F H  P  ++        +  +++G    P           P+RA          A GN+ P S  KT++C K+     
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Query:  CPFGDKCHFAHGQ
        C FGDKCHFAHG+
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 562.1e-4534.51Show/hide
Query:  QQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKI---
        Q PP K++R     +            N   ++ I  +FFKT++C KF+ G C    NCNFAHG+E++R+PPPNWQEIV   E+    +   ++ +I   
Subjt:  QQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKI---

Query:  -----------------------IQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAI
                                 K + C+KFY  E CPYGD C FLH       D+  + RES AIS+     P + G     S  S AA+ + + A 
Subjt:  -----------------------IQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAI

Query:  RANG-NARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGREGEASNTPLNVKPLVVAMEASSSLATSVPTSALP--------
          NG   +PS WKT++C KWE+TG+CPFG KCHFAHG +       LH     L      +A+ TP + + +V A   + + A S  T+ LP        
Subjt:  RANG-NARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGREGEASNTPLNVKPLVVAMEASSSLATSVPTSALP--------

Query:  ------------EGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDD
                     GQ +  + KWKGP KI+RIY DW+D+
Subjt:  ------------EGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDD

Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 125.4e-4633.87Show/hide
Query:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP
        +    D    W+  P N   D+        PP K+ R S  + S+    + ++       K I  +FFKT++C KF+ G C    NCNFAH VE++R+PP
Subjt:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP

Query:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP
        PNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+G  G  
Subjt:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP

Query:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLH--GSELQLSLGREGEASN--
           G  S         S S    +   G +         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +       LH  G  L    G++G + N  
Subjt:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLH--GSELQLSLGREGEASN--

Query:  ---TPLNVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
           T  N K L          V   A +S  T V     +SA+ +        KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  ---TPLNVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 391.7e-7947.19Show/hide
Query:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L +SQSQ +P    QP  KR R  ++N  +P           P+        PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS

Query:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEAS
         S+  E +R  S  V   +   G  +  +WKT+LCMK++ITG CPFGDKCHFAHGQ           +EL  S+GR EGEA N    +N + +V A EA 
Subjt:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEAS

Query:  S----SLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE
        +    +  T+  +    EG+ K CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  S----SLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein3.9e-4733.87Show/hide
Query:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP
        +    D    W+  P N   D+        PP K+ R S  + S+    + ++       K I  +FFKT++C KF+ G C    NCNFAH VE++R+PP
Subjt:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP

Query:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP
        PNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+G  G  
Subjt:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP

Query:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLH--GSELQLSLGREGEASN--
           G  S         S S    +   G +         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +       LH  G  L    G++G + N  
Subjt:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLH--GSELQLSLGREGEASN--

Query:  ---TPLNVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
           T  N K L          V   A +S  T V     +SA+ +        KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  ---TPLNVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein7.4e-0628.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G +C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein7.4e-0628.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G +C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein4.6e-2425.58Show/hide
Query:  IRASVIPPPLHSYGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGANC
        +R +  PPP + +  +GD++   ++   + ++   S  +  + P K+ R+S  ++                   I   FFKT++C KF+ G C  + ++C
Subjt:  IRASVIPPPLHSYGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGANC

Query:  NFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSD
        +FAH  E++R    PPPNWQE V                                                    ++ R RES A+S+G  G        
Subjt:  NFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSD

Query:  SSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQS---AFDIVIV----LHGSELQLSLGREGEASNTPLNVKPLVVAM
                    +V+  +++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG S    F   +V      G+   L   + G+       V P  V+ 
Subjt:  SSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQS---AFDIVIV----LHGSELQLSLGREGEASNTPLNVKPLVVAM

Query:  EASSSLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
        + +SS  T  P     +        KWKGP KI+R+Y DW+DD+
Subjt:  EASSSLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.2e-8047.19Show/hide
Query:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L +SQSQ +P    QP  KR R  ++N  +P           P+        PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS

Query:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEAS
         S+  E +R  S  V   +   G  +  +WKT+LCMK++ITG CPFGDKCHFAHGQ           +EL  S+GR EGEA N    +N + +V A EA 
Subjt:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEAS

Query:  S----SLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE
        +    +  T+  +    EG+ K CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  S----SLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATTCGAGCCTCTGTTATTCCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCCAATGGCGATGCCACTGGTTGTTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATTTATT
TGATTCACAATCACAATTTGAGCCACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTGTGCCTTATTCCAGAGCGCACCCACAGAATG
CTCCAGTGAATAAAGGGATAAGCAATATCTTCTTCAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCGAATTGCAACTTTGCTCATGGTGTT
GAAGATATGCGACAACCGCCACCGAATTGGCAAGAGATTGTGGGAATACGTGAGGATGATCAATCAGTAAGCAACTGGAATGATGATCAGAAAATAATCCAGAAAATGAA
GCTGTGTAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGCAATTTTCTCCATGAGGATCCTGCTAAATTTAGAGATGATTCAGGTAGGTTTAGAGAGA
GTTCAGCTATAAGTATTGGCACTACTGGACCTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGCTATTCTGAACCTAGCAGAGCAGCTTCTTGTTCTGTTTCTGATGCTATTCGA
GCTAATGGAAATGCAAGACCTTCATTCTGGAAGACAAAATTATGCATGAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCCTTTGGTGATAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAATC
TGCTTTTGACATTGTGATTGTTCTTCATGGATCAGAATTACAACTCTCTCTTGGACGTGAGGGGGAAGCATCTAACACTCCCCTCAATGTAAAGCCACTAGTTGTGGCCA
TGGAAGCATCTTCGAGTTTGGCGACGAGTGTTCCGACCTCCGCCCTACCGGAGGGCCAGGCAAAGCCGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAACCGGATC
TATGCTGATTGGCTTGATGATTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAGCGAGCAAATTGGAGGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGTTTCAATGATATTCGAGCCTCTGTTATTCCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCCAATGGCGATGCCACTGGTTGTTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATTTATT
TGATTCACAATCACAATTTGAGCCACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTGTGCCTTATTCCAGAGCGCACCCACAGAATG
CTCCAGTGAATAAAGGGATAAGCAATATCTTCTTCAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCGAATTGCAACTTTGCTCATGGTGTT
GAAGATATGCGACAACCGCCACCGAATTGGCAAGAGATTGTGGGAATACGTGAGGATGATCAATCAGTAAGCAACTGGAATGATGATCAGAAAATAATCCAGAAAATGAA
GCTGTGTAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGCAATTTTCTCCATGAGGATCCTGCTAAATTTAGAGATGATTCAGGTAGGTTTAGAGAGA
GTTCAGCTATAAGTATTGGCACTACTGGACCTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGCTATTCTGAACCTAGCAGAGCAGCTTCTTGTTCTGTTTCTGATGCTATTCGA
GCTAATGGAAATGCAAGACCTTCATTCTGGAAGACAAAATTATGCATGAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCCTTTGGTGATAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAATC
TGCTTTTGACATTGTGATTGTTCTTCATGGATCAGAATTACAACTCTCTCTTGGACGTGAGGGGGAAGCATCTAACACTCCCCTCAATGTAAAGCCACTAGTTGTGGCCA
TGGAAGCATCTTCGAGTTTGGCGACGAGTGTTCCGACCTCCGCCCTACCGGAGGGCCAGGCAAAGCCGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAACCGGATC
TATGCTGATTGGCTTGATGATTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAGCGAGCAAATTGGAGGGTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDIRASVIPPPLHSYGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGV
EDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIR
ANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSAFDIVIVLHGSELQLSLGREGEASNTPLNVKPLVVAMEASSSLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRI
YADWLDDLPLSPSSASKLEG