CuGenDBv2

Gene ID	Spg004208
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	Serine/arginine repetitive matrix-like protein
Genome location	scaffold6:6797159..6798523
RNA-Seq Expression	Spg004208
Synteny	Spg004208
Gene Ontology terms	GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6577068.1 hypothetical protein SDJN03_24642, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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XP_022931532.1 homeobox protein prospero-like [Cucurbita moschata]

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XP_022985085.1 uncharacterized serine-rich protein C215.13 [Cucurbita maxima]

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XP_023551901.1 uncharacterized protein LOC111809733 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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XP_038878848.1 uncharacterized serine-rich protein C215.13-like [Benincasa hispida]

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5D3CZJ6 Putative serine-rich protein

2.8e-194

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        LF DGKLVPLQVSS KPSVN LKST CVSSPET  QSRRRVEEECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQS+           NGNG  KNENHKT
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        T ++SSSSYFSEANSKAL+YFLHRSSKSSLSSS DSSLSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPN+ NPP
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A0A6J1ETX7 homeobox protein prospero-like

9.4e-203

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A0A6J1FVC0 uncharacterized protein LOC111447620

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        LFL+GKLVP QVSSVKPSVN LKS  CVS PETAAQSRR VE ECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQS++ NG  K ENHKTT    S SY S
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        EANSKALRY LHR SKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHE EDLHRL LD ENKPNTNPISLHRNPN +NPPR+RQVKPRPKS
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        E NPRSTMDHHPTATRVGRSP+R  PGES TRLA+RGVSVDSPR+NS GKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPK K+RG ERSYSANVR+TPVL+VPVCSSLR
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A0A6J1IXV4 uncharacterized protein LOC111480206

4.5e-197

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        LFL+GKLVP QVSSVKPSVN LKS  CVS PETAAQ RR+VE ECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQS++ NG  K ENHKTT    S SY S
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        EANSKALRY LHR SKSSL SSFDSSL+LPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHE EDLHRL LD ENKPNTNPISLHRNPNN+NPPR+RQVKPRPKS
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A0A6J1JAD5 uncharacterized serine-rich protein C215.13

4.7e-202

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Query:  SSYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNNTNPPRIRQVK
        SSYFSEANSKAL+YFLHR+SKSSL+SSFDSSLSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCEN PN NPISLHRNPN+ NPPR+R VK
Subjt:  SSYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNNTNPPRIRQVK

Query:  PRPKSETNPR--STMDHHPTATRVGRSPIRRTPGE-STTRL-AIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFKHRGMERSYSANVRVTPVL
        PRPKSETNPR  ST+DHHPTA RVGRSP+RRTPGE S++RL  IRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPS+FNGGPKFK+RGMERSYSANVRVTPVL
Subjt:  PRPKSETNPR--STMDHHPTATRVGRSPIRRTPGE-STTRL-AIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFKHRGMERSYSANVRVTPVL

Query:  NVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSSTNRPTARRIIETDGGGKLH
        NVPVCSSLRGSSKS SVFGFG LF+GTG     RSHQSSSSSSSTNR T RRI ETDGGGK+H
Subjt:  NVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSSTNRPTARRIIETDGGGKLH

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G56020.1 unknown protein

2.8e-66

46.21

Show/hide

Query:  MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADE
        MASACV + G+SP+ F          SYGW SPR+S +R   DD   SSS+    S P P         EI+D      PV +FEF L+DPV  ML ADE
Subjt:  MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADE

Query:  LFLDGKLVPLQVSSVKPSVNDLKSTGCVSSPE-----TAAQSRRRVEEECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSS
        LF DGKLVPL+ S  K +     +T   ++ E        +S RR+E E S    LFSPKAPRC++RWRELLGLK+L      N   + E+ K +SSSSS
Subjt:  LFLDGKLVPLQVSSVKPSVNDLKSTGCVSSPE-----TAAQSRRRVEEECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSS

Query:  SSYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSD-SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHR-NPNNTNPPRIR
        ++      + + + FLHR SKSS      ++ S PL K+SD SES+S++SSR+SL SSSSS HE +DL RLSLD + KP+ NP +  R +  N N PRIR
Subjt:  SSYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSD-SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHR-NPNNTNPPRIR

Query:  QVKPRPKSETNPRSTMDHHPTATRVGRSPIRRTPGESTTRLAIRGVSV--DSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-HRGMERSYSANVRVTP
          KPR           +H P+   V  S        S+  +  RG++V  DSPR+N+SGKIVFH LERSSSSP SF GGP+ K H GM RSYSANVR+TP
Subjt:  QVKPRPKSETNPRSTMDHHPTATRVGRSPIRRTPGESTTRLAIRGVSV--DSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-HRGMERSYSANVRVTP

Query:  VLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSSTN
        VLNVPVCS   G         FGQLFS + + +SS     + S   +N
Subjt:  VLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSSTN

AT1G79060.1 unknown protein

1.2e-72

47.32

Show/hide

Query:  MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADE
        MAS CVNN+ +S D            +YG  +PR SFSRD  D    S S+A  + K                 +   V   +FEFRL++    MLPADE
Subjt:  MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADE

Query:  LFLDGKLVPLQVSSVKPSVNDLKSTGCVSSPETAAQSRR----RVEEECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSSS
        LF DGKLV  Q                  + E   + RR     +E     D   FSPKAPRCSSRWR+LLGLK+  Q+++          K+ S+++++
Subjt:  LFLDGKLVPLQVSSVKPSVNDLKSTGCVSSPETAAQSRR----RVEEECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSSS

Query:  SYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSL--SLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNNTNPP--RIR
        +    +++ +L+ FLHRSS+SS SSS D+SL  SLPLLKDSDSESVS+SSSR+SLSSSSSGH+HEDL RLSLD E +PN N I ++ N N T  P    R
Subjt:  SYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSL--SLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNNTNPP--RIR

Query:  QVKPRPKSETNPRSTMDHHPTA----TRVGRSPIRRTPGESTTRLAIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPK-FKHRGMERSYSANVRV
         + P P     PR  + +H T+     RVGRSP+RR+ GE T+ +  RGVSVDSPR+NSSGKIVF NLERSSSSPSSFNGG   ++HRGMERSYS+NVRV
Subjt:  QVKPRPKSETNPRSTMDHHPTA----TRVGRSPIRRTPGESTTRLAIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPK-FKHRGMERSYSANVRV

Query:  TPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSS
        TPVLNVPVC S+RG S       FGQ FS + + +SS+++++ +++++
Subjt:  TPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSS

AT3G12970.1 unknown protein

3.5e-56

42.79

Show/hide

Query:  MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADE
        MAS CV N+G SP             S+ W S ++S +R+               S+P  PA        + + D    PV +FEF L+DPV  ML ADE
Subjt:  MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADE

Query:  LFLDGKLVPLQVSSVK-PSVNDLKSTGCVSSPETAAQSRRRVEEECS--TDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSSSS
        LF DGKLVPL+ S V  P    + S        TA +  RR+E E S   DPYLFSP+APRC+ RWRELLGLK+L ++         +    +SSS  SS
Subjt:  LFLDGKLVPLQVSSVK-PSVNDLKSTGCVSSPETAAQSRRRVEEECS--TDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSSSS

Query:  YFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSD---SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNT-NPISL-----HRNPNNTN
              + + R+FL+RSSKS+           P  KDSD   S S S+SSSR+SL SSSSSGHE +DL RLSLD +NKP T NP +      H +  N N
Subjt:  YFSEANSKALRYFLHRSSKSSLSSSFDSSLSLPLLKDSD---SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNT-NPISL-----HRNPNNTN

Query:  PPRIRQVKPRPKSETNPRSTMDHHPTATRVGRSPIRRTPGESTTRLAIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-HRGMERSYSANVR
         PR    KPR  ++ +  +                     ES+    +  V+ DSPR+N+SGKIVFH LERSSSSP +F GGP+ K H GM RS+SANVR
Subjt:  PPRIRQVKPRPKSETNPRSTMDHHPTATRVGRSPIRRTPGESTTRLAIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-HRGMERSYSANVR

Query:  VTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSH------QSSSSSSSTNR
        +TPVLNVPV SSLR   KS  +F FGQLF+ + + +SS S       QS++  + TNR
Subjt:  VTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSH------QSSSSSSSTNR

Sequences

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CDS sequence

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ATGGCTTCCGCATGCGTTAACAACATCGGAATGTCGCCGGACAACTTCCTCGACTGTTCCTCTTCCGCTCCTTGCCATTCCTACGGCTGGCTCAGCCCTCGCATCTCCTT
CAGCCGCGACTTCTCCGACGACACTCCGCCTTCTTCCAGCCTCGCCGGACCTATGTCTAAGCCTCCGCCACCTGCCGCTGACCCGGCCGGAGAGTCCGAGATTCGAGATC
CGGATCCTGAACTGGTGCCGGTCAGCGAGTTCGAGTTCCGCCTTCAAGATCCCGTCGCCTTGATGCTCCCTGCGGATGAGCTGTTTCTGGATGGGAAACTGGTCCCGCTT
CAGGTCTCGTCTGTTAAACCCTCGGTCAACGATTTGAAGTCGACGGGGTGCGTTTCGTCGCCAGAGACTGCGGCTCAGTCCCGCAGGAGAGTTGAGGAAGAATGCAGTAC
GGATCCGTATCTGTTCTCTCCCAAGGCGCCGCGGTGTTCCAGTCGATGGAGAGAGCTTTTAGGGCTCAAGAAGCTCTACCAGAGCAACAATGGCAACGGCGGCAACAAAA
ACGAAAATCACAAAACGACGTCGTCCTCCTCCTCGTCGTCTTACTTCTCGGAAGCGAATTCAAAAGCGCTGAGGTATTTCCTCCACCGGAGTTCGAAATCGTCGTTGTCT
TCTTCGTTCGATTCATCGCTGAGCCTTCCATTGCTGAAGGATTCCGATAGTGAGTCTGTTTCGCTGTCTTCTTCCCGTGTATCTCTTTCCTCTTCTTCCTCAGGCCACGA
ACACGAAGATCTTCACAGACTCTCGCTCGATTGCGAAAATAAGCCAAACACGAATCCGATTTCCCTCCATCGGAACCCTAACAATACCAATCCCCCGCGGATTAGACAGG
TGAAACCTCGGCCTAAATCGGAGACCAATCCGAGATCAACAATGGATCATCATCCGACGGCGACGAGAGTAGGAAGAAGCCCTATACGGCGTACACCGGGAGAATCAACC
ACAAGATTAGCGATCCGAGGAGTATCCGTAGACAGTCCACGAATGAACTCCTCAGGTAAAATCGTGTTCCACAACTTGGAGAGAAGCTCAAGCAGTCCAAGCAGCTTCAA
TGGCGGACCGAAATTCAAACACAGAGGAATGGAACGGTCATACTCAGCAAACGTGAGAGTAACTCCAGTCCTAAACGTTCCAGTTTGCTCTTCCCTGAGAGGATCCTCAA
AATCCGTCTCTGTATTCGGATTCGGTCAGTTATTCTCCGGCACCGGCACCGGCACAAGCAGCAGAAGCCACCAGAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTACTAACCGGCCGACG
GCACGGCGGATCATCGAAACAGACGGCGGAGGAAAACTCCATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

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MASACVNNIGMSPDNFLDCSSSAPCHSYGWLSPRISFSRDFSDDTPPSSSLAGPMSKPPPPAADPAGESEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVALMLPADELFLDGKLVPL
QVSSVKPSVNDLKSTGCVSSPETAAQSRRRVEEECSTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSNNGNGGNKNENHKTTSSSSSSSYFSEANSKALRYFLHRSSKSSLS
SSFDSSLSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNNTNPPRIRQVKPRPKSETNPRSTMDHHPTATRVGRSPIRRTPGEST
TRLAIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFKHRGMERSYSANVRVTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGQLFSGTGTGTSSRSHQSSSSSSSTNRPT
ARRIIETDGGGKLH

Spg004208 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome