; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg006017 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg006017
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionRetrotrans_gag domain-containing protein
Genome locationscaffold7:31154652..31165334
RNA-Seq ExpressionSpg006017
SyntenySpg006017
Gene Ontology termsGO:0090304 - nucleic acid metabolic process (biological process)
GO:0016740 - transferase activity (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0042035.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-2859.42Show/hide
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        GPG GVMPPRTSRRRRQNQD TQDPTQ QSE+GSSTPR
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KAA0042035.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-1250Show/hide
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KAA0042035.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-2859.42Show/hide
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        RGNR  LQT EL KT                 VE+EL +PDTLPTSAESS S+SST +ELY +SVH+         G    +  DDV WLHA+FRA+  G
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        GPG GVMPPRTSRRRRQNQD TQDPTQ QSE+GSSTPR
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KAA0051980.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.3e-3056.29Show/hide
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        RGNR+ LQT EL KT                 VE+EL VPDTLPTSAESSGS+SSTW+EL  + VH+             + ++FNV  G    +  D+V
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         WLHA+F A+ AGGPG GVMPPRTSRRRRQNQDR QDPTQ QSE+GSSTPR
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KAA0052218.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold207G00290 [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-3258.18Show/hide
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        ST F SK GG LV S  LSIL            RGNR  L T +L KTVE+EL VPDTLPTSAESS S+SSTW+ELY +SVH V++LF      RV+   
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                +  DD+ WLHA+F A+ AG PG GVMPPRTSRRRRQNQD  Q PTQ QSE+GSSTPR
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TYK17971.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-1250Show/hide
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        R+    VE+EL VPDTLPTSAES  S+SSTW+ELY +SVH+    +   +G   L           +  DDV WLHA+FRAK AGG G GVT   Q
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TYK17971.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]6.3e-2559.5Show/hide
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        R+    VE+EL VPDTLPTSAESS S+SSTW+ELY++ VH+   +F +       + EDDV WLHA+FRA+ AGGPG GVMPP TS+RRR NQD  Q PT
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Query:  QSQSEKGSSTPREHRIFEQTR
        Q QSE+GSSTPR     E  R
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TKT0 Reverse transcriptase7.8e-2959.42Show/hide
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        RGNR  LQT EL KT                 VE+EL +PDTLPTSAESS S+SST +ELY +SVH+         G    +  DDV WLHA+FRA+  G
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        GPG GVMPPRTSRRRRQNQD TQDPTQ QSE+GSSTPR
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A0A5A7TKT0 Reverse transcriptase6.0e-1350Show/hide
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        R+    VE+EL VPDTLPTSAES  S+SSTW+ELY +SVH+    +   +G   L           +  DDV WLHA+FRAK AGG G GVT   Q
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A0A5A7TKT0 Reverse transcriptase7.8e-2959.42Show/hide
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        GPG GVMPPRTSRRRRQNQD TQDPTQ QSE+GSSTPR
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A0A5A7U9X4 DNA/RNA polymerases superfamily protein6.4e-3156.29Show/hide
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         WLHA+F A+ AGGPG GVMPPRTSRRRRQNQDR QDPTQ QSE+GSSTPR
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A0A5A7UAH6 CCHC-type domain-containing protein5.2e-3358.18Show/hide
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A0A5D3D150 Reverse transcriptase6.0e-1350Show/hide
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A0A5D3D150 Reverse transcriptase3.1e-2559.5Show/hide
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        R+    VE+EL VPDTLPTSAESS S+SSTW+ELY++ VH+   +F +       + EDDV WLHA+FRA+ AGGPG GVMPP TS+RRR NQD  Q PT
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Query:  QSQSEKGSSTPREHRIFEQTR
        Q QSE+GSSTPR     E  R
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGTCATACCAGTTATCGTGGAAGTGTTGTCTTTGGATAATAACTAAGGATGACAAGAAGATGGTCGCGAACTCAGGATTGGTTGAGGTTGGAGACATTTCGGTTGT
CATCGTGTGGGGCTTTAGGCGCAATAACTGCTGGTTGGCTATGGTTGGTGAGGTATTGAATGCTGGTTTTGGCTCTGTCATCCCTTTCTATTCTCACCCACAGAGTCGGT
CGAAGCAAGATAGAAGCCATGGTAGGAGGGTCTTTTCGAGCGTCAGGGAGAAGCTCTTGTCTCGGCAAGCCTCAGTAAGATGGAAGAGGTTAGGGTTTCGACGATCGATA
GAAAAAGTGAAGGTTTTCTTTTCGATTCTGAAGGTTGAGGTCATCGAAGGGGACATGGATGCAGATACAGAGGGTCATGGTTGGGGGTTAAGGGTTGGTTGCCGGAAGAT
GGTGAGCACAGGATTTTCGAGCAAACCAGGAGGATCTCTGGTGTCCTCTGGTGGTTTGAGCATTCTCGGGTGTACAAGTCGAATCAGAAGCTCTATTGGGTCAAGAGGAA
ATAGGTCGTGTCTACAGACCAGGGAACTAGCTAAGACTGTAGAGATGGAGCTCCTAGTGCCTGATACACTGCCAACGTCTGCTGAAAGTTCCGGATCAAGCTCCAGTACG
TGGGTGGAGTTGTATATTAAGTCTGTCCATATTGTAGATGTTTTGTTCAACGTTCAGGAGGGTCAGCGGGTATCGTTAGAGGAGGACGATGTTCGTTGGCTTCACGCCAT
CTTTCGGGCTGAGCTAGCAGGTGGTCCGGGAGAGGGAGTCATGCCACCACGTACCAGCAGACGACGCAGGCAGAATCAGGACAGGACGCAGGATCCTACCCAGAGTCAAT
CTGAAAAGGGATCCAGTACCCCGAGAGAGCACAGGATTTTCGAGCAAACCAGGAGGATCTCTGGTGTCCTCTGGTGTTTTGAGCATTCTGGGGTGTACAAGTTGAAACAG
GAGGATCTTTGGTCAAGAGGAAATAGGTCGTGTCTACAGACCAGAGAACTAGCTAAGACTGTAGAGATGGAGCTCCTAGTGCCTGATACACTGCCAACGTCTGCTGAAAG
TTCCGGATCAAGCTCCAGTACGTGGGTGGAGTTGTATATTAAGTCTGTCCATATTGTAGATGTTTTGTTCAACGTTCAGGAGGGTCAGCGGGTATTGTTAGGGGAGGACG
ATGTTCGTTGGCTTCACGCCATCTTTCGGGCTAAGCTAGCAGGTGGTTCGGGAGAGGGTGTGACAATATGCACACAAAAGCAAGGTTTCTTTTCAGTTGAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATGTCATACCAGTTATCGTGGAAGTGTTGTCTTTGGATAATAACTAAGGATGACAAGAAGATGGTCGCGAACTCAGGATTGGTTGAGGTTGGAGACATTTCGGTTGT
CATCGTGTGGGGCTTTAGGCGCAATAACTGCTGGTTGGCTATGGTTGGTGAGGTATTGAATGCTGGTTTTGGCTCTGTCATCCCTTTCTATTCTCACCCACAGAGTCGGT
CGAAGCAAGATAGAAGCCATGGTAGGAGGGTCTTTTCGAGCGTCAGGGAGAAGCTCTTGTCTCGGCAAGCCTCAGTAAGATGGAAGAGGTTAGGGTTTCGACGATCGATA
GAAAAAGTGAAGGTTTTCTTTTCGATTCTGAAGGTTGAGGTCATCGAAGGGGACATGGATGCAGATACAGAGGGTCATGGTTGGGGGTTAAGGGTTGGTTGCCGGAAGAT
GGTGAGCACAGGATTTTCGAGCAAACCAGGAGGATCTCTGGTGTCCTCTGGTGGTTTGAGCATTCTCGGGTGTACAAGTCGAATCAGAAGCTCTATTGGGTCAAGAGGAA
ATAGGTCGTGTCTACAGACCAGGGAACTAGCTAAGACTGTAGAGATGGAGCTCCTAGTGCCTGATACACTGCCAACGTCTGCTGAAAGTTCCGGATCAAGCTCCAGTACG
TGGGTGGAGTTGTATATTAAGTCTGTCCATATTGTAGATGTTTTGTTCAACGTTCAGGAGGGTCAGCGGGTATCGTTAGAGGAGGACGATGTTCGTTGGCTTCACGCCAT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMSYQLSWKCCLWIITKDDKKMVANSGLVEVGDISVVIVWGFRRNNCWLAMVGEVLNAGFGSVIPFYSHPQSRSKQDRSHGRRVFSSVREKLLSRQASVRWKRLGFRRSI
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EDLWSRGNRSCLQTRELAKTVEMELLVPDTLPTSAESSGSSSSTWVELYIKSVHIVDVLFNVQEGQRVLLGEDDVRWLHAIFRAKLAGGSGEGVTICTQKQGFFSVE