; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg006656 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg006656
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionRetrotrans_gag domain-containing protein
Genome locationscaffold7:47697020..47705551
RNA-Seq ExpressionSpg006656
SyntenySpg006656
Gene Ontology termsGO:0006259 - DNA metabolic process (biological process)
GO:0005488 - binding (molecular function)
GO:0016779 - nucleotidyltransferase activity (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0042035.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-2972.55Show/hide
Query:  TQVEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNV--------SVGSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRGVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSST
        T VEIELP+PDTLP SAESS S+SST   +          GS GI+RGDD+CW HAVFRAK  GGPG GVMPPR SRRRRQNQDGTQDPTQ QSERGSST
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Query:  PR
        PR
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KAA0062407.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold154G002090 [Cucumis melo var. makuwa]2.4e-3261.27Show/hide
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        MTEILS RLYGTVCTQV+IELP+PDTLP SAESS S+ +TW                           FNVSVGSTGIVRGDD+CW HAVFR K A  PG
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                  VMPPR SRRRRQNQ+ TQDPTQ QSERGSSTP
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KAA0066851.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]8.1e-3351.83Show/hide
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        MTEILSPRLYGTVCTQ                 VEIELPVPDTLP SAESS S+SSTW  + V           GIVR DD+CW HAVFRAK AGGPG G
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Query:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV
        VMPP  S+RRR NQDG Q PTQ QSERGSSTPR     E  R           ER +  + E+  G+ RLKK+G    + S   + +++W+
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TYK01041.1 uncharacterized protein E5676_scaffold264G00470 [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-3351.03Show/hide
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        MTEILS RL+GTVCTQ                 VEIELPVPDTLP S ESS S+SS +           FN+SV STGIVRGDD+CW HAVFRAK  GGP
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Query:  GRGVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPREHLR----------------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV
          GVMPPR SRR +QNQD TQDPTQ QSERGSSTPR                    ERV   + E+  G+ RLKK+G    + S   +++ +W+
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TYK27998.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]8.1e-3351.83Show/hide
Query:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNVSV--------GSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRG
        MTEILSPRLYGTVCTQ                 VEIELPVPDTLP SAESS S+SSTW  + V           GIVR DD+CW HAVFRAK AGGPG G
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Query:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV
        VMPP  S+RRR NQDG Q PTQ QSERGSSTPR     E  R           ER +  + E+  G+ RLKK+G    + S   + +++W+
Subjt:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TKT0 Reverse transcriptase5.3e-3072.55Show/hide
Query:  TQVEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNV--------SVGSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRGVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSST
        T VEIELP+PDTLP SAESS S+SST   +          GS GI+RGDD+CW HAVFRAK  GGPG GVMPPR SRRRRQNQDGTQDPTQ QSERGSST
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Query:  PR
        PR
Subjt:  PR

A0A5A7V638 Uncharacterized protein1.1e-3261.27Show/hide
Query:  MTEILSPRLYGTVCTQVEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTW---------------------------FNVSVGSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPG
        MTEILS RLYGTVCTQV+IELP+PDTLP SAESS S+ +TW                           FNVSVGSTGIVRGDD+CW HAVFR K A  PG
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Query:  R--------GVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTP
                  VMPPR SRRRRQNQ+ TQDPTQ QSERGSSTP
Subjt:  R--------GVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTP

A0A5A7VMG9 Reverse transcriptase3.9e-3351.83Show/hide
Query:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNVSV--------GSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRG
        MTEILSPRLYGTVCTQ                 VEIELPVPDTLP SAESS S+SSTW  + V           GIVR DD+CW HAVFRAK AGGPG G
Subjt:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNVSV--------GSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRG

Query:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV
        VMPP  S+RRR NQDG Q PTQ QSERGSSTPR     E  R           ER +  + E+  G+ RLKK+G    + S   + +++W+
Subjt:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV

A0A5D3BMJ4 Retrotrans_gag domain-containing protein1.8e-3351.03Show/hide
Query:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTW-----------FNVSVGSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGP
        MTEILS RL+GTVCTQ                 VEIELPVPDTLP S ESS S+SS +           FN+SV STGIVRGDD+CW HAVFRAK  GGP
Subjt:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTW-----------FNVSVGSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGP

Query:  GRGVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPREHLR----------------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV
          GVMPPR SRR +QNQD TQDPTQ QSERGSSTPR                    ERV   + E+  G+ RLKK+G    + S   +++ +W+
Subjt:  GRGVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPREHLR----------------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV

A0A5D3DX39 Reverse transcriptase3.9e-3351.83Show/hide
Query:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNVSV--------GSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRG
        MTEILSPRLYGTVCTQ                 VEIELPVPDTLP SAESS S+SSTW  + V           GIVR DD+CW HAVFRAK AGGPG G
Subjt:  MTEILSPRLYGTVCTQ-----------------VEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNVSV--------GSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRG

Query:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV
        VMPP  S+RRR NQDG Q PTQ QSERGSSTPR     E  R           ER +  + E+  G+ RLKK+G    + S   + +++W+
Subjt:  VMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPR-----EHLR-----------ERVKEEEEEEFRGL-RLKKIG----KSSCKASHSRIWV

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTGAGATATTGAGCCCGAGGCTATATGGTACTGTGTGCACACAGGTAGAGATCGAGCTCCCGGTGCCTGATACACTGCCAATGTCTGCTGAAAGTTCTAGATCAAG
CTCCAGTACGTGGTTCAACGTTTCAGTAGGGTCAACAGGGATCGTTAGAGGTGACGATATCTGTTGGTTTCACGCCGTCTTTCGGGCTAAGCTAGCAGGTGGTCCGGGAA
GGGGAGTCATGCCACCACGTCCCAGCAGACGACGCAGGCAGAATCAGGACGGGACGCAGGATCCTACCCAAAGTCAATCTGAAAGGGGATCCAGTACCCCGAGAGAGCAC
TTGAGGGAGAGAGTGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAATTTCGTGGTTTGAGGTTGAAGAAGATAGGGAAAAGTTCATGCAAAGCCAGCCATAGCAGAATCTGGGTGCAAAA
CTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACTGAGATATTGAGCCCGAGGCTATATGGTACTGTGTGCACACAGGTAGAGATCGAGCTCCCGGTGCCTGATACACTGCCAATGTCTGCTGAAAGTTCTAGATCAAG
CTCCAGTACGTGGTTCAACGTTTCAGTAGGGTCAACAGGGATCGTTAGAGGTGACGATATCTGTTGGTTTCACGCCGTCTTTCGGGCTAAGCTAGCAGGTGGTCCGGGAA
GGGGAGTCATGCCACCACGTCCCAGCAGACGACGCAGGCAGAATCAGGACGGGACGCAGGATCCTACCCAAAGTCAATCTGAAAGGGGATCCAGTACCCCGAGAGAGCAC
TTGAGGGAGAGAGTGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAATTTCGTGGTTTGAGGTTGAAGAAGATAGGGAAAAGTTCATGCAAAGCCAGCCATAGCAGAATCTGGGTGCAAAA
CTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTEILSPRLYGTVCTQVEIELPVPDTLPMSAESSRSSSSTWFNVSVGSTGIVRGDDICWFHAVFRAKLAGGPGRGVMPPRPSRRRRQNQDGTQDPTQSQSERGSSTPREH
LRERVKEEEEEEFRGLRLKKIGKSSCKASHSRIWVQN