; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg008816 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg008816
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationscaffold10:33031023..33035832
RNA-Seq ExpressionSpg008816
SyntenySpg008816
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]8.9e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]8.9e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

XP_018855586.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Juglans regia]6.8e-9599.43Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

XP_022141702.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Momordica charantia]1.5e-9498.3Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVV+MVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

XP_022923594.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Cucurbita moschata]8.9e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein4.3e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB73.3e-9599.43Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

A0A6J1CIV0 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB77.4e-9598.3Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVV+MVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like4.3e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like4.3e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 75.6e-9292.61Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPR FGRNL+ENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGI+ +GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVT+VNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVS HLIPDDMEFQ+GD+PNYTTSDGSVKIQK+ EVRLKIIGTRVDAT IFC+GTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA

P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.4e-9597.13Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPR+FGRNLR+NLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVA+TGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPA

P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.7e-5354.07Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MF+HI LE  + LHPR+FG NL   +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+N+G G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT VNK+G F E
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN
         GP+  F+S H IP +MEF  + + P Y T D  + IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN

Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.7e-5354.07Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MF+HI LE  + LHPR+FG NL   +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+N+G G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT VNK+G F E
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN
         GP+  F+S H IP +MEF  + + P Y T D  + IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN

Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.7e-5354.65Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MF+HI LE  + LHPR+FG NL   +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+N+G G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT VNK+G F E
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN
         GP+  F+S H IP +MEF  + + P Y T D  V IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.2e-0431.03Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA
        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I++V  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA

AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.2e-0431.03Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA
        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I++V  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA

AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain3.7e-1433.59Show/hide
Query:  GFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV
        G+++  T +EN+G+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
Subjt:  GFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV

Query:  RLKIIGT--RVDATEIFCIGTIKDDFLG
        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
Subjt:  RLKIIGT--RVDATEIFCIGTIKDDFLG

AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.8e-1431.82Show/hide
Query:  GFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV
        G+ VA+T ++ +G+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
Subjt:  GFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV

Query:  RLKIIGTR--VDATEIFCIGTIKDDFLGVIND
        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
Subjt:  RLKIIGTR--VDATEIFCIGTIKDDFLGVIND

AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II4.0e-9392.61Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPR FGRNL+ENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGI+ +GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVT+VNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA
        AGPVQIFVS HLIPDDMEFQ+GD+PNYTTSDGSVKIQK+ EVRLKIIGTRVDAT IFC+GTIKDDFLGVINDPAAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAATATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAACCTACGTGAGAATCTGGTATCCAAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCAC
TTGCAGTGGCCGACATGGTTTTGTAGTGGCGATTACGGGAATTGAGAATGTTGGAAAAGGATTGATTCGTGATGGGACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAATACCAAT
GTGTTGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAAT
CATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATGTGCCAAACTATACCACTTCGGATGGATCGGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAAT
TGGGACTCGAGTCGATGCAACCGAAATTTTTTGCATTGGAACCATAAAAGATGATTTCTTGGGAGTCATAAATGATCCTGCGGCAGCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAATATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAACCTACGTGAGAATCTGGTATCCAAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCAC
TTGCAGTGGCCGACATGGTTTTGTAGTGGCGATTACGGGAATTGAGAATGTTGGAAAAGGATTGATTCGTGATGGGACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAATACCAAT
GTGTTGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAAT
CATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATGTGCCAAACTATACCACTTCGGATGGATCGGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAAT
TGGGACTCGAGTCGATGCAACCGAAATTTTTTGCATTGGAACCATAAAAGATGATTTCTTGGGAGTCATAAATGATCCTGCGGCAGCTTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSN
HLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA