; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg008966 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg008966
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionPectin lyase-like superfamily protein
Genome locationscaffold7:30725357..30727245
RNA-Seq ExpressionSpg008966
SyntenySpg008966
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000743 - Glycoside hydrolase, family 28
IPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0048658.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis melo var. makuwa]8.8e-2382.09Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYG
        VGSLGKY KEKSV++VLV+NCTIFNATNGARIKTWA  +SG A+GIIF+DI+MYNVK PIIIDQTYG
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYG

KAA0059634.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis melo var. makuwa]6.1e-2468.6Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD
        VGSLGKYP+EK V+DVLV+NCTIFNATNGARIKT+A  +SGSA+GIIF+DI+MYNVKYPIIIDQTY        +  +E  W V D
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD

XP_008451635.1 PREDICTED: exopolygalacturonase-like [Cucumis melo]6.1e-2468.6Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD
        VGSLGKYP+EK V+DVLV+NCTIFNATNGARIKT+A  +SGSA+GIIF+DI+MYNVKYPIIIDQTY        +  +E  W V D
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD

XP_022153668.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]8.0e-2470.93Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD
        VGSLGKYPKEKSV  VLV+NCTIFN TNGARIKTWAGTVSGSAT IIF+DI+M NVK PIIIDQTYG + +      +E  W + D
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD

XP_038896337.1 exopolygalacturonase clone GBGE184-like [Benincasa hispida]3.1e-3667.5Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY-------------GFEVEDQRHSLQEHPWNVDDK
        VGSLGKY KEKSV+DVLV+NCTIFNATNGARIKTWA  VSG A+GI F+DI+MYNVK PIIIDQTY             GFE+EDQR SLQEH W+++++
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY-------------GFEVEDQRHSLQEHPWNVDDK

Query:  RGGVVGVQRVVSMRGGPGKG
         G V+GVQRV SMRGG  +G
Subjt:  RGGVVGVQRVVSMRGGPGKG

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BRD3 exopolygalacturonase-like3.0e-2468.6Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD
        VGSLGKYP+EK V+DVLV+NCTIFNATNGARIKT+A  +SGSA+GIIF+DI+MYNVKYPIIIDQTY        +  +E  W V D
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD

A0A5A7U0D6 Exopolygalacturonase-like4.3e-2382.09Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYG
        VGSLGKY KEKSV++VLV+NCTIFNATNGARIKTWA  +SG A+GIIF+DI+MYNVK PIIIDQTYG
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYG

A0A5A7U4W1 Exopolygalacturonase-like4.3e-2382.09Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYG
        VGSLGKY KEKSV++VLV+NCTIFNATNGARIKTWA  +SG A+GIIF+DI+MYNVK PIIIDQTYG
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYG

A0A5D3C9J8 Exopolygalacturonase-like3.0e-2468.6Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD
        VGSLGKYP+EK V+DVLV+NCTIFNATNGARIKT+A  +SGSA+GIIF+DI+MYNVKYPIIIDQTY        +  +E  W V D
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD

A0A6J1DI36 exopolygalacturonase-like3.9e-2470.93Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD
        VGSLGKYPKEKSV  VLV+NCTIFN TNGARIKTWAGTVSGSAT IIF+DI+M NVK PIIIDQTYG + +      +E  W + D
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQEHPWNVDD

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P49062 Exopolygalacturonase clone GBGE1841.7e-1346.84Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQE
        VGSLGKY  E+ V  + V NCT+    NG RIKTW G+    A  I F++I+M +VK PIIIDQ YG    D + ++ +
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQE

P49063 Exopolygalacturonase clone GBGA4831.7e-1353.03Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        +GSLG+YP E+ V  V V+ C I N  NG RIKTW G+  G A+ I+F+DI M NV  P++IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

Q05967 Polygalacturonase9.5e-1250Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        VGSLG  P EK V  V V+NCT  N  NG RIKTW  +  G    + F+DI++ NV  P++IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

Q39766 Polygalacturonase3.9e-1353.03Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        +GSLGK+  E+ V  + + NCTI N +NGARIKTW G   G+ + I F+DI M NV  PI+IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

Q39786 Polygalacturonase3.9e-1353.03Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        +GSLGK+  E+ V  + + NCTI N +NGARIKTW G   G+ + I F+DI M NV  PI+IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G02790.1 polygalacturonase 41.2e-1446.84Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQE
        VGSLGKY  E+ V  + V NCT+    NG RIKTW G+    A  I F++I+M +VK PIIIDQ YG    D + ++ +
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGFEVEDQRHSLQE

AT1G56710.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.3e-1150Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        +GSLG +  +  V ++ V N TI+N+ NG RIKTW G  SGS + I+F +I+M NV+ PI+IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

AT3G07850.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.2e-1453.03Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        +GSLG+YP E+ V  V V+ C I N  NG RIKTW G+  G A+ I+F+DI M NV  P++IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

AT3G14040.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.2e-1453.03Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        +GSLG+YP E+ V  V V+ C I N  NG RIKTW G+  G A+ I+F+DI M NV  P++IDQ Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY

AT4G18180.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.8e-1353.73Show/hide
Query:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVS-GSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY
        VGSLG+YP EK V  ++V++C I   TNG RIKTWA +    +AT + F++I+M NV  PIIIDQ+Y
Subjt:  VGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVS-GSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGTATTATAGCCCCAGGAAATATGTCATTGGCACTGGTGACGATTGTGTCTCCATTGGCTAAGGCTGTGAGAAAATCATTGTCACTAATATCACTTGCGGTCCTGGA
CATGGTATTAGGTTATGTGGGCAGCTTGGGCAAGTATCCGAAAGAAAAGAGTGTCTTTGACGTTCTTGTGCAAAACTGCACCATTTTTAATGCCACCAACGGGGCTAGAA
TCAAGACATGGGCTGGCACAGTGTCAGGGTCGGCCACGGGAATAATCTTTGATGACATCATGATGTACAACGTCAAATACCCCATAATCATCGATCAAACATATGGTTTC
GAAGTGGAAGATCAGCGACATTCACTTCAAGAACATCCGTGGAACGTCGATGACAAACGTGGCGGTGTTGTTGGAGTGCAGCGCGTTGTTTCTATGCGAGGGGGACCAGG
AAAGGGACCCAGAGGGAGACCATACCGACGGGCCAGGTCAACGTGGCCCGACCCGTACGGTCGGCCTCGGCCTTGGGCCGAGGCCGAGCATTATGGTCGGCCTCGGCCCA
AGGCCGAGGCCGACTACTCGGCCCGTTTGTGCGGGCCCAGTCCGTTTGCCTCCGCTCGGCCCCTACCGCTTCCAGCTGCCTCGGTCCAGCCTGCTTCGTCCCAGAACGCC
TCCAAACCCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCGTATTATAGCCCCAGGAAATATGTCATTGGCACTGGTGACGATTGTGTCTCCATTGGCTAAGGCTGTGAGAAAATCATTGTCACTAATATCACTTGCGGTCCTGGA
CATGGTATTAGGTTATGTGGGCAGCTTGGGCAAGTATCCGAAAGAAAAGAGTGTCTTTGACGTTCTTGTGCAAAACTGCACCATTTTTAATGCCACCAACGGGGCTAGAA
TCAAGACATGGGCTGGCACAGTGTCAGGGTCGGCCACGGGAATAATCTTTGATGACATCATGATGTACAACGTCAAATACCCCATAATCATCGATCAAACATATGGTTTC
GAAGTGGAAGATCAGCGACATTCACTTCAAGAACATCCGTGGAACGTCGATGACAAACGTGGCGGTGTTGTTGGAGTGCAGCGCGTTGTTTCTATGCGAGGGGGACCAGG
AAAGGGACCCAGAGGGAGACCATACCGACGGGCCAGGTCAACGTGGCCCGACCCGTACGGTCGGCCTCGGCCTTGGGCCGAGGCCGAGCATTATGGTCGGCCTCGGCCCA
AGGCCGAGGCCGACTACTCGGCCCGTTTGTGCGGGCCCAGTCCGTTTGCCTCCGCTCGGCCCCTACCGCTTCCAGCTGCCTCGGTCCAGCCTGCTTCGTCCCAGAACGCC
TCCAAACCCTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRIIAPGNMSLALVTIVSPLAKAVRKSLSLISLAVLDMVLGYVGSLGKYPKEKSVFDVLVQNCTIFNATNGARIKTWAGTVSGSATGIIFDDIMMYNVKYPIIIDQTYGF
EVEDQRHSLQEHPWNVDDKRGGVVGVQRVVSMRGGPGKGPRGRPYRRARSTWPDPYGRPRPWAEAEHYGRPRPKAEADYSARLCGPSPFASARPLPLPAASVQPASSQNA
SKP