; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg012347 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg012347
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationscaffold1:17257836..17260646
RNA-Seq ExpressionSpg012347
SyntenySpg012347
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.7e-8394.44Show/hide
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XP_022156221.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Momordica charantia]1.0e-8395.45Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]2.1e-8494.95Show/hide
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XP_022978292.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita maxima]1.6e-8494.87Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.4e-8595.9Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1DU94 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.9e-8495.45Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.9e-8594.95Show/hide
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A0A6J1GF54 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.4e-8394.85Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.9e-8594.95Show/hide
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A0A6J1IKQ7 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.6e-8594.87Show/hide
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        SYFSIKMMEGIVATSYSSGDKFYIDPAKLLPLARFLPQPKGQ A R GGRGGGRGGGRGGRG GGFRGRGGPRGGRGGPPRGGGRGGGFRGRGR+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.7e-3959.22Show/hide
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        RG GG G GGGR GGRGG   RD GPP+ V+E+  F+HACEG+ V   TN K+P FNAPIYL+NKT +GKVDE+ GPIN+ YF+IK  EGI ATS+  GD
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        KFYI   KLLPL RFLP+PK    T                RGG      RGGGRGGGRGG    RGGGGF      GRGG PRGGRGG  RGGGRGG  
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         GRGRF
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 19.7e-3761.76Show/hide
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        RGGGG RGG  GGFGGRGG  GG G+GGGR G GRGGG      G  D+GPP  VVEV  F+H CE D V + +T E ++P+FNAPIYL+NK QIGKVDE
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        IFG + + YFSIK+ E + A+S+    KFYIDPAKLLPL RFLP+P G+      GGRGGGRGGGRG  GG G  G GG RGGRGG   GGG     RGG
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR16.3e-3657.49Show/hide
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        GGFRGGR        GG RG  GGR G RGG   + +GPP  V+E+  F+H CEGD V R  N K+P+FNAPIYL+NKTQ+GKVDEI GP+NE YF+IK 
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         EG+ ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK              G  A RGG RG  GGRGG RGG GG     GGF GRGG RGG GG  RGG R 
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 16.7e-6280.39Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 25.7e-5375.13Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.7e-6380.39Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.0e-5475.13Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGACCTCCAAGAGGCGGCGGTGGCTTCAGGGGAGGCCGTGACGGTGGTTTTGGTGGTAGAGGAGGAGGCGGCCGCGGCAGGGGAGGTGGCCGCTTTGGTGGTCGAGG
CGGCGGCGGGTTCCGTGATGAGGGTCCTCCGTCTGAAGTAGTTGAGGTTTCGACTTTTCTTCACGCATGTGAGGGAGACGCAGTCACAAGGCTCACGAATGAGAAGATTC
CTTTCTTCAATGCCCCAATCTATCTTCAGAATAAGACCCAGATAGGCAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCCATTAATGAATCTTATTTCTCGATCAAAATGATGGAAGGA
ATTGTCGCCACCTCATATTCTTCTGGGGATAAATTTTATATCGATCCAGCTAAACTTTTACCTCTCGCTAGATTCCTCCCACAACCAAAGGGACAGTCTGCCACTAGAGG
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GTGGTGGTGGCTTTAGGGGTAGAGGAAGATTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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