; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg013812 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg013812
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionNEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like
Genome locationscaffold3:35394534..35398094
RNA-Seq ExpressionSpg013812
SyntenySpg013812
Gene Ontology termsGO:0045116 - protein neddylation (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0019788 - NEDD8 transferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000608 - Ubiquitin-conjugating enzyme E2
IPR016135 - Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
IPR023313 - Ubiquitin-conjugating enzyme, active site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0036519.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like [Cucumis melo var. makuwa]8.0e-10294.71Show/hide
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KAG7022419.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.3e-10496.32Show/hide
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XP_022136196.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like [Momordica charantia]8.0e-10297.81Show/hide
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XP_022931623.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like [Cucurbita moschata]4.7e-10297.81Show/hide
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XP_023530137.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-10197.27Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BHD5 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like2.1e-10096.72Show/hide
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A0A5D3CPZ9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like3.9e-10294.71Show/hide
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A0A6J1C2V1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like3.9e-10297.81Show/hide
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A0A6J1EZ82 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like2.3e-10297.81Show/hide
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A0A6J1JMG9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like2.3e-10297.81Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A3KN22 NEDD8-conjugating enzyme Ubc123.1e-6462.3Show/hide
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Q6DCZ9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc121.8e-6462.3Show/hide
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Q6P8D9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc121.8e-6462.3Show/hide
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Q9SDY5 NEDD8-conjugating enzyme Ubc126.9e-8883.7Show/hide
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Q9ZU75 Probable NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like1.6e-8481.08Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G18600.1 Ubiquitin-conjugating enzyme family protein1.1e-8581.08Show/hide
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AT3G08690.1 ubiquitin-conjugating enzyme 113.2e-2438.52Show/hide
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         +  L T PN +DPL  + A + + +   +ES  R
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AT3G08690.2 ubiquitin-conjugating enzyme 113.2e-2438.52Show/hide
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AT4G36800.1 RUB1 conjugating enzyme 14.9e-8983.7Show/hide
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        VYHPNID+EGNVCLNILREDWKPVLNINT+IYGLFHLFT+PN EDPLNHDAAAVLRDNPK+FE+NVRRAM GGYVG TFF RC+
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AT4G36800.2 RUB1 conjugating enzyme 14.9e-8983.7Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAATCGTATCTTGATTACGCCTAGGTGTTGCTGCGTTAGCTATGTATTGGGAATAGATGTGGTAGGCTGGCTGGATTTGGGGTTGATTCTGGAAAATGCGAGGAAATT
TGGGGTTCCATTGGATTTTATTATAGCAATTTGCTGCAAATTTGATGTCCTATTTTTTTTTCAGTACTCTGCAGGAAGGATGATTAAGCTTTTTAAAGTGAAGGAAAAGC
AGAGAGAGATTGCAGAGAATGCCAATGGAAAACCTCCTGTTAAGAAGCAAACTGCAGGAGAATTGCGACTTCAAAAAGATATCAGTGAATTGAACCTACCGAAAACGTGT
AGTATATCATTTCCTAATGGCAAGGATGACTTGATGAACTTTGAGGTCACTATTCATCCTGATGAAGGATATTATCTAGGTGGTACCTTTCTCTTCTCTTTCCAAGTTTC
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AGCCTGTTCTGAATATCAACACTATAATATACGGATTGTTTCATCTTTTCACGCAACCAAATCATGAAGACCCCCTCAACCATGACGCCGCTGCTGTTTTGAGGGATAAC
CCGAAGATGTTCGAATCCAATGTGAGAAGAGCCATGGCTGGGGGCTACGTGGGGCATACTTTCTTCACACGTTGCATGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAATCGTATCTTGATTACGCCTAGGTGTTGCTGCGTTAGCTATGTATTGGGAATAGATGTGGTAGGCTGGCTGGATTTGGGGTTGATTCTGGAAAATGCGAGGAAATT
TGGGGTTCCATTGGATTTTATTATAGCAATTTGCTGCAAATTTGATGTCCTATTTTTTTTTCAGTACTCTGCAGGAAGGATGATTAAGCTTTTTAAAGTGAAGGAAAAGC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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