; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg015371 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg015371
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationscaffold10:15628202..15634042
RNA-Seq ExpressionSpg015371
SyntenySpg015371
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
EOY33918.1 DNA-directed RNA polymerase II isoform 3 [Theobroma cacao]5.0e-9197.08Show/hide
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KAG6579070.1 hypothetical protein SDJN03_23518, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.7e-9293.89Show/hide
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KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.5e-9295Show/hide
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XP_022939214.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucurbita moschata]5.9e-9293.37Show/hide
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XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]3.8e-9197.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A061GWW2 DNA-directed RNA polymerase II isoform 32.4e-9197.08Show/hide
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A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein5.4e-9196.57Show/hide
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A0A0B0MFB7 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.4e-9197.08Show/hide
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A0A2P5X0N6 Uncharacterized protein5.4e-9197.08Show/hide
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A0A6J1FGH6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X12.8e-9293.37Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 77.0e-8890.29Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.1e-9294.83Show/hide
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Q54P04 DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb71.7e-4954.39Show/hide
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        AGP+ IFVS  LIP DM F A   VP + + DGS KI KD EVRL+I GTRVDATEIF IG+I++D+LGVI
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.2e-4952.33Show/hide
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        MF+HI LE  + LHPR+FG NL + +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+N+G G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT    +G F E
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         GP+  F+S H IP +MEF    + P Y T D  + IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.2e-4952.91Show/hide
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        MF+HI LE  + LHPR+FG NL + +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+N+G G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT    +G F E
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein4.4e-0532.18Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L D + S L            G  V+I  I++V  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein4.4e-0532.18Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L D + S L            G  V+I  I++V  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.9e-1132.03Show/hide
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        G+++  T +EN+G+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  +   G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain3.8e-1230.3Show/hide
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        G+ VA+T ++ +G+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  +   G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II5.0e-8990.29Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AGTCTTGATGGAAACGACCTCAATAACTGCACCCTCTCCTTCTTCTACATATATCCCTCTCTACCACAATCCACTGCCCACCGCATTCTTTTACGACAGCTGATC
GCGGAGGTAGAGGGAGCCACTATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAATATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAATCTCCGTGACAACCTCGTAAGC
AAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCACTTGCAGCGGCCGACATGGTTTTGTAGTGGCAATTACAGGAATCGAGAATGTTGGGAAAGGATTGATTCGTGATGGGACA
GGTTTTGTCACCTTTCCTGTTAAATACCAATGTGTTGTGTTTCGGCCCTTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTACTATGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCT
GGACCAGTTCAGATTTTTGTATCAAATCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGGCTGGAGATGTGCCAAACTATACCACTTCAGATGGATCAGTTAAGATT
CAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATTGGGACTCGAGTAGACGCAACTGAAATTTTTTGTATTGGAACCATCAAAGATGATTTCTTGGGTGTGATAAAT
GACCCTTCGGCGACTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GACCCTTCGGCGACTTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQAGDVPNYTTSDGSVKI
QKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAT