CuGenDBv2

Gene ID	Spg015985
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	Photosystem II D2 protein
Genome location	scaffold6:39524650..39525711
RNA-Seq Expression	Spg015985
Synteny	Spg015985
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0010242 - oxygen evolving activity (molecular function) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000484 - Photosynthetic reaction centre, L/M IPR005868 - Photosystem II D2 protein IPR036854 - Photosystem II protein D1/D2 superfamily

Homology

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Q2MIJ2 Photosystem II D2 protein

4.9e-204

97.45

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Q2VEI1 Photosystem II D2 protein

4.9e-204

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Q4VZN8 Photosystem II D2 protein

3.7e-204

97.73

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00020.1 photosystem II reaction center protein A

4.9e-34

28.19

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        ++   L+    +W+   +  +++GW  +L+ P    A   +             G+    + S L G N ++ A+   + ++      +W          
Subjt:  KDENDLFDIMDDWL-RRDRFVFVGWSCLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGL----ASSYLEGCNFLTAAVSTHANSLAHSLLLLWGLEAQGDFTR

Query:  WCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNEIAFSGPIAVFVYVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAS
        W   GG +  + LH   G+  +M R++EL+  + +RP+  +A+S P+A    VFLIYP+GQ  +      G++  F F++ FQ  HN  ++PFHM+GVA 
Subjt:  WCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNEIAFSGPIAVFVYVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAS

Query:  VLGAAMLCAIHGATIENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF
        V G ++  A+HG+ + ++L  E  +  +    +   Q EETY++V A+ ++ ++     +F+N R LHFF+   PV G+W +ALG+  +A NL  ++F
Subjt:  VLGAAMLCAIHGATIENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF

ATCG00270.1 photosystem II reaction center protein D

1.2e-202

96.32

Show/hide

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        MTIA+GKFTKDE DLFDIMDDWLRRDRFVFVGWS LLLFPCAYFA+GGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVST ANSLAHSLLLLWG EAQG
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        DFTRWCQLGGLW FVALHGAF LIGFMLRQFELARSVQLRPYN IAFSGPIAVFV VFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMM
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        GVA VLGAA+LCAIHGAT+ENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
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Query:  SQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHENLIFPEEVLPRGNAL
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

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GCTCTTTCCTTGTGCCTATTTTGCCGTAGGAGGTTGGTTTACAGGTACAACCTTTGTAACTTCATGGTATACCCATGGATTGGCAAGTTCCTATTTGGAAGGATGCAACT
TCTTAACCGCCGCAGTTTCTACTCATGCTAATAGTTTAGCACACTCTTTGTTGTTACTATGGGGTCTTGAAGCACAAGGAGATTTTACTCGTTGGTGTCAATTAGGTGGT
CTGTGGACTTTTGTTGCTCTCCACGGTGCTTTCGGACTAATAGGTTTCATGTTACGTCAATTTGAACTTGCTCGATCCGTTCAATTGCGACCTTATAATGAAATCGCATT
CTCGGGTCCAATTGCTGTTTTTGTTTATGTATTCCTGATTTATCCACTAGGTCAGTCTGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGTGTAGCAGCTATATTTCGATTCATCC
TCTTTTTCCAGGGGTTTCATAATTGGACATTGAACCCATTTCATATGATGGGAGTTGCCAGTGTATTGGGCGCTGCTATGCTATGCGCTATTCATGGTGCTACCATAGAA
AATACCTTATTTGAAGATGGTGATGGTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCCGAAGAAACTTATTCAATGGTCACTGCTAACCGCTTTTGGTCCCAAAT
CTTTGGGGTTGCTTTTTCGAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGTAACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTTGGTCTGGCCCTGAACC
TACGTGCCTATGACTTCGTTTCTCAGGAAATCCGTGCAGCGGAAGATCCTGAATTTGAGACTTTCTATACCAAAAATATTCTCTTAAACGAAGGTATTCGTGCTTGGATG
GCGGCTCAAGATCAGCCTCATGAAAACCTTATATTCCCTGAGGAGGTTCTACCCCGTGGAAACGCTCTTTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MTIAVGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSCLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTHANSLAHSLLLLWGLEAQGDFTRWCQLGG
LWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNEIAFSGPIAVFVYVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVASVLGAAMLCAIHGATIE
NTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWM
AAQDQPHENLIFPEEVLPRGNAL

Spg015985 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome