; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg025590 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg025590
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Descriptionhomeobox protein knotted-1-like 6
Genome locationscaffold13:29778043..29780067
RNA-Seq ExpressionSpg025590
SyntenySpg025590
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR005540 - KNOX1
IPR005541 - KNOX2


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6598232.1 Homeobox protein knotted-1-like 6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.6e-7476.56Show/hide
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KAG7029210.1 Homeobox protein knotted-1-like 6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.9e-7476.04Show/hide
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XP_022961750.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita moschata]2.7e-7175Show/hide
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XP_022997562.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita maxima]5.7e-7778.65Show/hide
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        M E+MYGMRSTP FS KSFL P   ILP+DYQ+ L ST +  RDRIP+FGSDELL       SEAE PSITPDF L QDV T+IKAKI+SHPTYPRLL A
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XP_023546842.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.7e-7778.12Show/hide
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        M E+MYGMRSTP FS KSFLPP   ILP+DYQ+ L ST +  RDRIP+FGSDELL       SE E PSITPDF L QDV +VIKA+I+SHPTYPRLL A
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        YIDC KVGAPPEIA LLE IRRENDSHKQNA+STCFG DPELDEFME YCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFL+NI+LQLSNLCAGASTRS S+
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KVK5 Uncharacterized protein4.3e-7072.34Show/hide
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        E+MYG++S+ ++S K+ + PENLILP DYQSLL S+G FRDRIP+FGS+ELLSAAASAISEAEA SITPD    +D++ VIKAKI SHPTYPRLL AYID
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        CQKVGAPPEIA LLEGIR+E+D   ++A++TC G DPELDEFME YCDMLVKYKSDL RPF EA++FLN I+LQLSNLC GA +RS S
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A0A1S3BA77 homeobox protein knotted-1-like 62.5e-7075.52Show/hide
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        M E+MYGM        KSFLP +NLILP+DYQ+LL ST   RDRIP+FGS EL+S   S++S+AE PS T DFSL  +DVL+V KAKIVSHP YPRLL A
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        YIDCQKVGAPPEIA LLE IRRENDSH+QNAISTCFGADPELDEFMEAYCDML+KYKSDLSRPFHEA SFLNNIQLQL NL AGAST +PS+
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A0A6J1BPB0 homeobox protein knotted-1-like 63.0e-7178.31Show/hide
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        DM+ +RST D+SAKSFL P+NL+   DY S L+ST FRDRIPIFGS EL S AASA+SEAEAPSITP F L  DVL+VI  KAKIVSHPTYPRLL AYID
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        CQKVGAPPEIA LLE IRREN   KQ+AISTCFGADPELDEFME YC+MLVKYKSDLS PF+EASSFLNNI+LQLS+LCAGAS RSPS+
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A0A6J1HD67 homeobox protein knotted-1-like 61.3e-7175Show/hide
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        M E+ YGMRSTP FS  SFL P   ILP+DY + L ST +  RDRIP FGSDELLS A          SITPDF L QDV +VIKAKI+SHPTYPRLL A
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A0A6J1K5E4 homeobox protein knotted-1-like 62.8e-7778.65Show/hide
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        M E+MYGMRSTP FS KSFL P   ILP+DYQ+ L ST +  RDRIP+FGSDELL       SEAE PSITPDF L QDV T+IKAKI+SHPTYPRLL A
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        YIDC KVGAPPEIA LLE IRRENDSHKQNAISTCFG DPELDEFME YCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFL++I+LQLSNLCAGASTRS S+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2Y007 Homeobox protein knotted-1-like 101.6e-2645.14Show/hide
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        G+    S  A   S    P      +   D+  ++KA+I  HP+YP LL AYI+C+KVGAPPE+ +LLE I RE       A +    G DPELDEFME 
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Query:  YCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSS
        YC +L +YK +L+RPF EA+SFL  I  QL++LC GA   + +S
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P46640 Homeobox protein knotted-1-like 27.1e-4653.97Show/hide
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        M G RST D+S K+      L++P DYQSL+ ST   D   +FGSDEL +A +S         + P     +D   L+VIK+KI SHP YPRLLQ YIDC
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        QKVGAP EIA +LE I+REN  +K++ A  +CFGADPELDEFME YCD+LVKYK+DL+RPF EA++F+N I++QL NLC G ++ +  S
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Q7GDL5 Homeobox protein knotted-1-like 101.6e-2645.14Show/hide
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        G+    S  A   S    P      +   D+  ++KA+I  HP+YP LL AYI+C+KVGAPPE+ +LLE I RE       A +    G DPELDEFME 
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Query:  YCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSS
        YC +L +YK +L+RPF EA+SFL  I  QL++LC GA   + +S
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Q84JS6 Homeobox protein knotted-1-like 63.4e-5661.9Show/hide
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        + MY   S  D+S KS L   PE+L+ P DYQ+LL S+   +R+  +FGSDELLS A SA+S +EA SI P+     D   LTVIKAKI  HP+YPRLLQ
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        AYIDCQKVGAPPEIA LLE I+RE+D +KQ  + S+CFGADPELDEFME YCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FLN I++QL NLC G  +
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Q9FP29 Homeobox protein knotted-1-like 13.8e-3152.21Show/hide
Query:  LSAAASAISEAEAPSIT---PDFSLGQDVLTVIKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQNAISTCFGADPELDEFMEAYCD
        +S    A SEA    +       S   D+  ++KA+I  HP YP LL AYI+C+KVGAPPE+ASLL+ I RE  +      +   G DPELDEFMEAYC 
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Query:  MLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGAST
        +LV+YK +LSRPF EA+SFL++IQ QLSNLC+GA++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23380.1 KNOTTED1-like homeobox gene 62.4e-5761.9Show/hide
Query:  EDMYGMRSTPDFSAKSFL--PPENLILPVDYQSLLTSTGFRDRI-PIFGSDELLSAAASAISEAEAPSITPDFSLGQD--VLTVIKAKIVSHPTYPRLLQ
        + MY   S  D+S KS L   PE+L+ P DYQ+LL S+   +R+  +FGSDELLS A SA+S +EA SI P+     D   LTVIKAKI  HP+YPRLLQ
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Query:  AYIDCQKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQNAI-STCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGAST
        AYIDCQKVGAPPEIA LLE I+RE+D +KQ  + S+CFGADPELDEFME YCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FLN I++QL NLC G  +
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AT1G23380.2 KNOTTED1-like homeobox gene 67.7e-5661.26Show/hide
Query:  EDMYGMRSTPDFSAKSFL--PPENLILPVDYQSLLTSTGFRDRI-PIFGSDELLSAAASAISEAEAPSITPDFSLGQD--VLTVIKAKIVSHPTYPRLLQ
        + MY   S  D+S KS L   PE+L+ P DYQ+LL S+   +R+  +FGSDELLS A SA+S +EA SI P+     D   LTVIKAKI  HP+YPRLLQ
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Query:  AYIDCQK--VGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQNAI-STCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGAST
        AYIDCQK  VGAPPEIA LLE I+RE+D +KQ  + S+CFGADPELDEFME YCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FLN I++QL NLC G  +
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AT1G62360.1 KNOX/ELK homeobox transcription factor2.7e-2441.46Show/hide
Query:  QSLLTSTGFRDRIPIFGSDELLSAAASAI----SEAEAPSITPDFSLGQDVLTVIKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQ
        QSL    G ++++    S    + A S +    +E  A  I P  S        +KAKI++HP Y RLL AY++CQKVGAPPE+ + LE       +   
Subjt:  QSLLTSTGFRDRIPIFGSDELLSAAASAI----SEAEAPSITPDFSLGQDVLTVIKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQ

Query:  NAIST-CFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSS
        +   T C G DP LD+FMEAYC+MLVKY+ +LS+PF EA  FL  ++ Q  +L    S  SPSS
Subjt:  NAIST-CFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSS

AT1G70510.1 KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana 25.0e-4753.97Show/hide
Query:  MYGMRSTPDFSAKSFLPPENLILPVDYQSLLTSTGFRDRIPIFGSDELLSAAASAISEAEAPSITPDFSLGQD--VLTVIKAKIVSHPTYPRLLQAYIDC
        M G RST D+S K+      L++P DYQSL+ ST   D   +FGSDEL +A +S         + P     +D   L+VIK+KI SHP YPRLLQ YIDC
Subjt:  MYGMRSTPDFSAKSFLPPENLILPVDYQSLLTSTGFRDRIPIFGSDELLSAAASAISEAEAPSITPDFSLGQD--VLTVIKAKIVSHPTYPRLLQAYIDC

Query:  QKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQN-AISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSS
        QKVGAP EIA +LE I+REN  +K++ A  +CFGADPELDEFME YCD+LVKYK+DL+RPF EA++F+N I++QL NLC G ++ +  S
Subjt:  QKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQN-AISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSS

AT4G08150.1 KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana8.3e-2650.5Show/hide
Query:  IKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQNAISTCFGA--DPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNL
        +KAKI++HP Y  LLQAY+DCQK+GAPP++   +   R++ ++ +Q +  +   +  DPELD+FMEAYCDMLVKY+ +L+RP  EA  F+  I+ QLS L
Subjt:  IKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIASLLEGIRRENDSHKQNAISTCFGA--DPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNL

Query:  C
        C
Subjt:  C


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGAGGACATGTACGGCATGCGCTCCACTCCGGATTTCTCGGCTAAGTCCTTCCTTCCACCGGAGAATCTCATCCTTCCCGTCGATTACCAGAGCTTGCTTACCTC
CACCGGCTTTCGCGATCGGATTCCTATCTTCGGATCCGATGAATTACTTTCCGCTGCTGCTTCCGCCATATCCGAAGCTGAAGCACCTTCCATCACTCCAGATTTTTCGC
TCGGACAAGACGTTCTCACCGTTATCAAGGCCAAAATTGTCTCTCATCCAACCTATCCTCGCTTGCTCCAAGCTTATATCGACTGCCAGAAGGTTGGAGCTCCTCCGGAG
ATAGCGAGCTTGTTGGAGGGAATCCGGCGAGAAAACGACAGTCATAAACAAAACGCCATTTCCACGTGCTTTGGAGCCGATCCCGAGCTCGACGAGTTCATGGAAGCGTA
CTGTGACATGTTGGTCAAGTATAAATCAGATCTCTCAAGGCCTTTTCATGAAGCTTCCTCCTTCTTGAATAACATCCAACTGCAACTTAGCAACCTCTGTGCTGGTGCCT
CCACTAGAAGCCCTTCCAGTCATCGCTATCGCATAGGCTACCACCACTTAGTTTCCCCAATCCTTTTGATTTGCGCAATTGGGAATCATCGACGTATTGAGAACCGCCCA
GAAAAACTCGGAAGAATGATATGGTTTCGCCTTGGGAAAAGAACAGCAACAACTACTGGTACTGGAGGCTGGACCTTCCCAATAGTTACCTTACCTAAACCTTTTCCTTT
TCAGTTTAATGTTGTTATCTGGGCTGGGGACTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGGAGGACATGTACGGCATGCGCTCCACTCCGGATTTCTCGGCTAAGTCCTTCCTTCCACCGGAGAATCTCATCCTTCCCGTCGATTACCAGAGCTTGCTTACCTC
CACCGGCTTTCGCGATCGGATTCCTATCTTCGGATCCGATGAATTACTTTCCGCTGCTGCTTCCGCCATATCCGAAGCTGAAGCACCTTCCATCACTCCAGATTTTTCGC
TCGGACAAGACGTTCTCACCGTTATCAAGGCCAAAATTGTCTCTCATCCAACCTATCCTCGCTTGCTCCAAGCTTATATCGACTGCCAGAAGGTTGGAGCTCCTCCGGAG
ATAGCGAGCTTGTTGGAGGGAATCCGGCGAGAAAACGACAGTCATAAACAAAACGCCATTTCCACGTGCTTTGGAGCCGATCCCGAGCTCGACGAGTTCATGGAAGCGTA
CTGTGACATGTTGGTCAAGTATAAATCAGATCTCTCAAGGCCTTTTCATGAAGCTTCCTCCTTCTTGAATAACATCCAACTGCAACTTAGCAACCTCTGTGCTGGTGCCT
CCACTAGAAGCCCTTCCAGTCATCGCTATCGCATAGGCTACCACCACTTAGTTTCCCCAATCCTTTTGATTTGCGCAATTGGGAATCATCGACGTATTGAGAACCGCCCA
GAAAAACTCGGAAGAATGATATGGTTTCGCCTTGGGAAAAGAACAGCAACAACTACTGGTACTGGAGGCTGGACCTTCCCAATAGTTACCTTACCTAAACCTTTTCCTTT
TCAGTTTAATGTTGTTATCTGGGCTGGGGACTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAEDMYGMRSTPDFSAKSFLPPENLILPVDYQSLLTSTGFRDRIPIFGSDELLSAAASAISEAEAPSITPDFSLGQDVLTVIKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPE
IASLLEGIRRENDSHKQNAISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGASTRSPSSHRYRIGYHHLVSPILLICAIGNHRRIENRP
EKLGRMIWFRLGKRTATTTGTGGWTFPIVTLPKPFPFQFNVVIWAGD