; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg027039 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg027039
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionMYB transcription factor
Genome locationscaffold8:3705978..3707190
RNA-Seq ExpressionSpg027039
SyntenySpg027039
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6571346.1 Transcription factor MYB52, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]9.4e-9985.84Show/hide
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XP_022932004.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita moschata]5.5e-9985.32Show/hide
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XP_023007242.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita maxima]4.5e-9381.17Show/hide
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XP_023512391.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.8e-10086.3Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5D3BQW6 Transcriptional activator Myb2.5e-8982.03Show/hide
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A0A6J1EVU5 transcription factor CSA-like2.7e-9985.32Show/hide
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A0A6J1G7J0 transcription factor CSA-like5.9e-9179.73Show/hide
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        E+     KRRIPFIDFLGMGSS
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A0A6J1I2H4 transcription factor CSA-like1.3e-9884.86Show/hide
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A0A6J1KY48 transcription factor CSA-like2.2e-9381.17Show/hide
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        HGNKWALIARH KGRTDNAVKNHYHVIMARRRRERFTIFT NNNNNIL++RH LLPFS VLQSSHQK   KW+PLT      NG GKS  V   SGSDER
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        E     EQKRRIPFIDFLGMGSS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5NBM8 Transcription factor CSA6.2e-4570.59Show/hide
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        GGG  G  C RGHWRPAED+KL+ LV Q+GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  FTEEEEERL+   + +GNKWALIAR F GRTDNAV
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        KNH+HV+MARR RE+   F
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Q6R053 Transcription factor MYB566.4e-4266.67Show/hide
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        R  +  S   RG  G +   C RGHWRP ED+KL++LV QFGPQNWN I+ H  GRSGKSCRLRW+NQLDP INK  FTEEEE RLL   + +GNKWALI
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        +R F GRTDNAVKNH+HVIMARR RE
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Q6R0C4 Transcription factor MYB525.6e-4676.64Show/hide
Query:  CYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHVIM
        C RGHWRPAED KLR+LV+QFGP NWN IA+   GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HVIM
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Query:  ARRRRER
        ARR RER
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Q9FX36 Transcription factor MYB541.2e-4372.22Show/hide
Query:  VSCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHV
        + C RGHWRPAED KL+ LV+Q+GP NWN IA    GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HV
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Query:  IMARRRRE
        IMARR R+
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Q9SEZ4 Transcription factor MYB1058.4e-4261.59Show/hide
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        R  G SS  S  RGHWRPAED+KL++LV  +GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  FTEEEEERL+   +L+GNKWA+IAR F GRTDN
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Query:  AVKNHYHVIMARRRRERFTIFTNNNNNNILKTRHNLLP
        +VKNH+HVIMAR+ RE+ + +        LK   N  P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G17950.1 myb domain protein 524.0e-4776.64Show/hide
Query:  CYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHVIM
        C RGHWRPAED KLR+LV+QFGP NWN IA+   GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HVIM
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Query:  ARRRRER
        ARR RER
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AT1G69560.1 myb domain protein 1056.0e-4361.59Show/hide
Query:  RGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDN
        R  G SS  S  RGHWRPAED+KL++LV  +GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  FTEEEEERL+   +L+GNKWA+IAR F GRTDN
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Query:  AVKNHYHVIMARRRRERFTIFTNNNNNNILKTRHNLLP
        +VKNH+HVIMAR+ RE+ + +        LK   N  P
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AT1G73410.1 myb domain protein 548.3e-4572.22Show/hide
Query:  VSCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHV
        + C RGHWRPAED KL+ LV+Q+GP NWN IA    GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HV
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Query:  IMARRRRE
        IMARR R+
Subjt:  IMARRRRE

AT4G33450.1 myb domain protein 691.8e-4766.42Show/hide
Query:  SCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHVI
        SC RGHWRP ED  LRQLV+Q+GP+NWN+IA+H  GRSGKSCRLRWYNQLDPNI K PFTEEEEERLL   ++ GN+WA IAR F GRTDNAVKNH+HVI
Subjt:  SCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHVI

Query:  MARRRRERFTIFTNNNNNNILKTRHNLLPFSKVL
        MARR+RE F+    +  N   +T H +L  S  L
Subjt:  MARRRRERFTIFTNNNNNNILKTRHNLLPFSKVL

AT5G17800.1 myb domain protein 564.6e-4366.67Show/hide
Query:  RSRSSSSSGSRGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALI
        R  +  S   RG  G +   C RGHWRP ED+KL++LV QFGPQNWN I+ H  GRSGKSCRLRW+NQLDP INK  FTEEEE RLL   + +GNKWALI
Subjt:  RSRSSSSSGSRGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALI

Query:  ARHFKGRTDNAVKNHYHVIMARRRRE
        +R F GRTDNAVKNH+HVIMARR RE
Subjt:  ARHFKGRTDNAVKNHYHVIMARRRRE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGAGATCAAGAAGCAGCAGCAGTAGTGGCAGCCGTGGTGGAGGCGGAAGCAGCGGCGTCAGCTGCTACAGAGGCCACTGGCGGCCGGCGGAGGACAGTAAACTCCG
GCAACTCGTTCAACAGTTTGGGCCACAGAATTGGAATTACATTGCGGAACATTTCGAGGGCAGATCTGGGAAAAGTTGTAGATTGAGATGGTACAACCAATTAGATCCAA
ACATAAACAAGAATCCATTTACAGAGGAGGAAGAAGAAAGGCTACTAATGTTTCAACAGCTTCACGGGAACAAATGGGCATTAATAGCTCGACACTTCAAAGGAAGAACA
GACAATGCAGTAAAAAATCACTACCATGTAATAATGGCTAGAAGAAGAAGAGAACGCTTCACAATATTCACTAACAATAACAACAACAACATCCTAAAGACTCGCCATAA
CTTATTACCCTTTTCAAAGGTCCTTCAAAGTTCCCATCAAAAGACTGCCATCAAATGGACTCCTCTCACGGCGGCTTCGTTGAGCGGGAATGGCGGGGGAAAGTCGGTGA
AGGTGGCGGTGCCGTCGGGTTCCGATGAGAGGGAGGAGCAAAAGAGGAGGATTCCATTTATAGACTTTCTTGGTATGGGAAGCTCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATGAGATCAAGAAGCAGCAGCAGTAGTGGCAGCCGTGGTGGAGGCGGAAGCAGCGGCGTCAGCTGCTACAGAGGCCACTGGCGGCCGGCGGAGGACAGTAAACTCCG
GCAACTCGTTCAACAGTTTGGGCCACAGAATTGGAATTACATTGCGGAACATTTCGAGGGCAGATCTGGGAAAAGTTGTAGATTGAGATGGTACAACCAATTAGATCCAA
ACATAAACAAGAATCCATTTACAGAGGAGGAAGAAGAAAGGCTACTAATGTTTCAACAGCTTCACGGGAACAAATGGGCATTAATAGCTCGACACTTCAAAGGAAGAACA
GACAATGCAGTAAAAAATCACTACCATGTAATAATGGCTAGAAGAAGAAGAGAACGCTTCACAATATTCACTAACAATAACAACAACAACATCCTAAAGACTCGCCATAA
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AGGTGGCGGTGCCGTCGGGTTCCGATGAGAGGGAGGAGCAAAAGAGGAGGATTCCATTTATAGACTTTCTTGGTATGGGAAGCTCTTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMRSRSSSSSGSRGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDSKLRQLVQQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRT
DNAVKNHYHVIMARRRRERFTIFTNNNNNNILKTRHNLLPFSKVLQSSHQKTAIKWTPLTAASLSGNGGGKSVKVAVPSGSDEREEQKRRIPFIDFLGMGSS