; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg028953 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg028953
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Descriptionzf-RVT domain-containing protein
Genome locationscaffold5:15013634..15026408
RNA-Seq ExpressionSpg028953
SyntenySpg028953
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR025558 - Domain of unknown function DUF4283
IPR026960 - Reverse transcriptase zinc-binding domain
IPR036691 - Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0035739.1 hypothetical protein E6C27_scaffold403G00100 [Cucumis melo var. makuwa]2.7e-5745.45Show/hide
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        KSL+ +L ++SP++K +F+A+ +S SPRRINIL+WIM+   + SS+ILQ+K S   + PS+C LC  A  +L HIF  C  S   W ++FS FNL W F 
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        ++   +   +L G +L    +++W    KALL ++W+ERNQRIF +      + +++A L A++WCSL K F NYSIQDICLNWNA
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KAB2623078.1 ribonuclease H protein [Pyrus ussuriensis x Pyrus communis]2.4e-3735.34Show/hide
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        FK+GNGER+  W D W+   PLK  FP+LF +S   N +++ F D S   LSWN  FRR L E EI +   LL+ + ++ ++ S  D   W L+ SG F 
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         KS   +L+++  ++     + +WKSK P ++ +LVW++  G L + D +QR+    C+ P  C LC    +S+NHIF  CSY+   W+KLF    + WV
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              +  ++      +   +K LW   V A+   +W+ERN+RIF +   +   D     R  A+ W S+S  F NYS+  I
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TQD85214.1 hypothetical protein C1H46_029232 [Malus baccata]1.3e-4037.28Show/hide
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        F++GNGER+ FW D W+A  PLK  FP+LF +S   N ++S F +  +S LSWN  FRR L E EI +  SLL+ +  I ++ S  D   W+LE SG F 
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         KS    L+++  +     ++ +WKSK+P ++ ILVW +  GSL + D +Q++    CL P  C LC    +S+NHIF  CSYS   W+KLF    + WV
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              +  ++          SK LW   V A+   +W+ERN+RIF++       + W       +  AS W S++K F+N S+  I
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TYK21876.1 hypothetical protein E5676_scaffold494G00090 [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-5744.98Show/hide
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        A F LGNG RI F  DPW+ N P+K  F +LFS++  P      F      SW + FRR L+ EEI +FQSLL  LS+  + + DD   WS+E  G F  
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        KSL+ +L ++SP++K +F+A+ +S SPRRINIL+WIM+   + SS+ILQ+K S   + PS+C LC  A  +L HIF  C  S   W ++FS FNL W F 
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        ++   +   +L G +L    +++W    KALL ++W+ERNQRIF +      + +++A L A++WCSL K F NYSIQDICLNWN F++
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XP_038903695.1 uncharacterized protein LOC120090219 [Benincasa hispida]3.9e-7249.32Show/hide
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        +I A FKLGNG RI+FW D W  + P  ++F  LF ++T PNGSV++ WD +  SW++ FRR LK EE+  FQ LL  + S + +   DK +WS+  +  
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        + VKSL  +L   SPLEK IF+ +WK+KSPRR+NIL+WIML G L  +++LQ+K  +  L P+VC  C    +   H+FF C YS  CW KL  FFNL  
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           N FK N   +L  P+   +++LLWCNAVKALL+ LW ERNQRIF N      DRL +AR +ASSWC LS  F  YS+ D  LNW AFIS
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A540LFH9 zf-RVT domain-containing protein6.5e-4137.28Show/hide
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        F++GNGER+ FW D W+A  PLK  FP+LF +S   N ++S F +  +S LSWN  FRR L E EI +  SLL+ +  I ++ S  D   W+LE SG F 
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         KS    L+++  +     ++ +WKSK+P ++ ILVW +  GSL + D +Q++    CL P  C LC    +S+NHIF  CSYS   W+KLF    + WV
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              +  ++          SK LW   V A+   +W+ERN+RIF++       + W       +  AS W S++K F+N S+  I
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A0A5A7T2Y0 zf-RVT domain-containing protein1.3e-5745.45Show/hide
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        A F LGNG RI F  DPW+ N P+K  F +LF ++  P  S   F      SW + FRR L+ EEI +FQSLL  LS+  + + DD   WS+E  G F  
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        KSL+ +L ++SP++K +F+A+ +S SPRRINIL+WIM+   + SS+ILQ+K S   + PS+C LC  A  +L HIF  C  S   W ++FS FNL W F 
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A0A5D3DE60 zf-RVT domain-containing protein5.8e-5844.98Show/hide
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        A F LGNG RI F  DPW+ N P+K  F +LFS++  P      F      SW + FRR L+ EEI +FQSLL  LS+  + + DD   WS+E  G F  
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        KSL+ +L ++SP++K +F+A+ +S SPRRINIL+WIM+   + SS+ILQ+K S   + PS+C LC  A  +L HIF  C  S   W ++FS FNL W F 
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        ++   +   +L G +L    +++W    KALL ++W+ERNQRIF +      + +++A L A++WCSL K F NYSIQDICLNWN F++
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A0A5N5H648 Ribonuclease H protein1.1e-3735.34Show/hide
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        FK+GNGER+  W D W+   PLK  FP+LF +S   N +++ F D S   LSWN  FRR L E EI +   LL+ + ++ ++ S  D   W L+ SG F 
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         KS   +L+++  ++     + +WKSK P ++ +LVW++  G L + D +QR+    C+ P  C LC    +S+NHIF  CSY+   W+KLF    + WV
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              +  ++      +   +K LW   V A+   +W+ERN+RIF +   +   D     R  A+ W S+S  F NYS+  I
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A0A6J1DIE2 uncharacterized protein LOC1110207652.5e-3744.5Show/hide
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        V SL R+  S++ + KE F ALWK+KSPRR+N+  WI+  G L ++DI+Q+K  S  L+PS C LC  +G+  +H+FF C ++  CW  LF  FN+ W F
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Query:  SNTFKDNATSILIG-PSLAPNSKLLWCNAVKALLSKLWMERNQRIFQNLHLFWFDRLNSARLKASSWCSLSKIFDNYSIQDICLNWNAFIS
             DN   +L G P L+ + + LW N VKALLS+LW ERN R+F+     + +   SA+ KAS WCSL   F ++S   I  NW AFI+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P23225 Ferredoxin-dependent glutamate synthase, chloroplastic4.1e-0857.14Show/hide
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        V ENTEVKK VA + PYG W++E  R +KP NFL+ST++D + +LR QQ
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Q43155 Ferredoxin-dependent glutamate synthase, chloroplastic6.1e-1264.81Show/hide
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        LS   V+ENTEVKKRVA S PYGKW+KEN+RSLK  NFL+  +L+ D +LR+QQ
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Q69RJ0 Ferredoxin-dependent glutamate synthase, chloroplastic2.0e-0753.06Show/hide
Query:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ
        V ENTEVKK VA + PYG W++++ RS+KP NF +S  +D + +LR QQ
Subjt:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ

Q9T0P4 Ferredoxin-dependent glutamate synthase 2, chloroplastic1.0e-1161.11Show/hide
Query:  LSKAFVFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ
        L    V+ENTEVKKRVA   PYGKW+ EN+R+LKP N+L+S +L+TD+ LR QQ
Subjt:  LSKAFVFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ

Q9ZNZ7 Ferredoxin-dependent glutamate synthase 1, chloroplastic/mitochondrial6.7e-1165.31Show/hide
Query:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ
        V+ENTEVKKR++   PYGKWIKEN R LKP NF +STV++ +++LRSQQ
Subjt:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G41220.1 glutamate synthase 27.4e-1361.11Show/hide
Query:  LSKAFVFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ
        L    V+ENTEVKKRVA   PYGKW+ EN+R+LKP N+L+S +L+TD+ LR QQ
Subjt:  LSKAFVFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ

AT4G04650.1 RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein1.1e-1127.38Show/hide
Query:  KLGNGERISFWNDPWIANRPLKLVFPQLFSMSTS-PNGSV-------SEFWDASHLSWNVIFRRFLKEEIHDFQSLLECLSSINIASFDDKCIWSLE---
        ++G+G    FW+D WI   PL  V   L   +   P  +V       + +W AS  S N I  + LK  + + Q LL+C         DD  +W  +   
Subjt:  KLGNGERISFWNDPWIANRPLKLVFPQLFSMSTS-PNGSV-------SEFWDASHLSWNVIFRRFLKEEIHDFQSLLECLSSINIASFDDKCIWSLE---

Query:  PSGCFLVKSLTRYLASSSPLEKEI--FNALWKSKSPRRINILVWIMLNGSLYSSDILQRKLSSHCLMPSVCVLCCLAGDSLNHIFFECSYSRLCWFKLFS
        PS  F   S  R  ++  P    +    A+W      +   + W++    L++ D LQ    S   +P+ C+LC    DS  H+FFEC +S + W    +
Subjt:  PSGCFLVKSLTRYLASSSPLEKEI--FNALWKSKSPRRINILVWIMLNGSLYSSDILQRKLSSHCLMPSVCVLCCLAGDSLNHIFFECSYSRLCWFKLFS

Query:  FFNLHWVFSNTFKDNATSILIGPSLAPNSKLLWCNAVKALLSKLWMERNQRI
          NL+         +  + L+ PS   N  L+   A  + +  +W ERNQR+
Subjt:  FFNLHWVFSNTFKDNATSILIGPSLAPNSKLLWCNAVKALLSKLWMERNQRI

AT4G29090.1 Ribonuclease H-like superfamily protein8.2e-1227.51Show/hide
Query:  LGNGERISFWNDPWIANRP------LKLVFPQLFSMSTSPNGSVSEFWDASHLSWNVIFRRFLKEEIHDFQSLLECLSSINIASFDDKCIWSLEPSGCFL
        +GNGE I  W   W+ ++P      ++ V PQ ++ S S    VS+  D S   W       L  E+   + L+  L         D   W    SG + 
Subjt:  LGNGERISFWNDPWIANRP------LKLVFPQLFSMSTSPNGSVSEFWDASHLSWNVIFRRFLKEEIHDFQSLLECLSSINIASFDDKCIWSLEPSGCFL

Query:  VKS----LTRYL-ASSSPLE------KEIFNALWKSKSPRRINILVWIMLNGSLYSSDILQRKLSSHCLMPSVCVLCCLAGDSLNHIFFECSYSRLCW--
        VKS    LT+ +   SSP E        I+  +WKS++  +I   +W  L+ SL  +  L  +   H    S C+ C    +++NH+ F+C+++RL W  
Subjt:  VKS----LTRYL-ASSSPLE------KEIFNALWKSKSPRRINILVWIMLNGSLYSSDILQRKLSSHCLMPSVCVLCCLAGDSLNHIFFECSYSRLCW--

Query:  ----------FKLFSFFNLHWVFSNTFKDNATSILIGPSLAPNSKLLWCNAVKALLSKLWMERNQRIFQ
                  +    + NL+WVF N    N       P     S+L     V  LL +LW  RN+ +F+
Subjt:  ----------FKLFSFFNLHWVFSNTFKDNATSILIGPSLAPNSKLLWCNAVKALLSKLWMERNQRIFQ

AT5G04140.1 glutamate synthase 14.8e-1265.31Show/hide
Query:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ
        V+ENTEVKKR++   PYGKWIKEN R LKP NF +STV++ +++LRSQQ
Subjt:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ

AT5G04140.2 glutamate synthase 14.8e-1265.31Show/hide
Query:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ
        V+ENTEVKKR++   PYGKWIKEN R LKP NF +STV++ +++LRSQQ
Subjt:  VFENTEVKKRVALSYPYGKWIKENMRSLKPENFLASTVLDTDKLLRSQQ


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTATGAGGAAGGAAAACTCTCAAAAGCTTTTGTCTTTGAGAATACAGAAGTTAAAAAACGTGTAGCTTTGTCATATCCATATGGAAAGTGGATCAAGGAAAATATGCG
CTCATTGAAGCCTGAAAATTTTCTTGCATCAACAGTATTGGATACTGATAAATTGCTGAGAAGCCAGCAGTTTTTATGGATTGTCTGCCGAAGTAGTTTTGCTGGTGCTT
TGTTATCTTTTGGCGTGGTTGAAAAAGTGTTAGTTGAGATTTTGCAGAATCCTGTTTCTTCTTTCTTTCATGAGAAAATCAAGGAAGAATTTGGAGTCATTAGATTGATT
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