; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg035785 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg035785
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationscaffold5:40088434..40089231
RNA-Seq ExpressionSpg035785
SyntenySpg035785
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
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GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_038882052.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]8.8e-14796.98Show/hide
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A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.1e-14797.74Show/hide
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A0A5D3DAQ5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.1e-14797.74Show/hide
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.5e-14798.11Show/hide
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14898.11Show/hide
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A0A6M3WGX2 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.5e-14795.85Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.5e-14191.01Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)8.9e-14293.73Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.2e-14394.32Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.2e-14390.94Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.1e-14291.76Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.2e-13687.64Show/hide
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.2e-13687.64Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKPVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAV L+P++ E+LG+GRV+MRK+ +KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 13.0e-13788.01Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+LG+GRV+MRK+ +KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.3e-13587.64Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++LG+GRV+MRK+ +KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B13.0e-13787.59Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        MAASTMALSSP+L GKAVKL+P++ E+ G GR++MRK++     SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCTCCGTCACTCGCCGGAAAGGCAGTGAAACTCACGCCCTCCTCCCCCGAGCTTCTCGGCAACGGCAGAGTCAGCATGAGGAA
ATCCGCCTCCAAGCCCGTTTCTTCTGGAAGCCCCTGGTACGGACCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCCTCCTACCTCACCGGAGAGTTCC
CCGGCGACTACGGCTGGGATACCGCCGGACTGTCCGCAGACCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTGGAAGTCATCCACTCGAGGTGGGCCATGCTGGGAGCCCTT
GGGTGCGTCTTCCCGGAGCTTCTGTCCCGCAACGGCGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCCGGTTCCCAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGG
GAACCCGAGCTTGATCCACGCCCAGAGCATTCTCGCCATCTGGGCCTCACAGGTGGTTCTGATGGGGGCCGTCGAGGGATACCGCATCGCCGGAGGCCCACTAGGCGAGA
TAACAGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGCTTCGACCCGTTGGGGCTTGCAGATGACCCGGAAGCTTTTGCGGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTGAAGAATGGGAGGTTGGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATCGTCACTGGGAAGGGTCCACTGGAGAATCTTGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCCTGGGCTTA
TGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCTCCGTCACTCGCCGGAAAGGCAGTGAAACTCACGCCCTCCTCCCCCGAGCTTCTCGGCAACGGCAGAGTCAGCATGAGGAA
ATCCGCCTCCAAGCCCGTTTCTTCTGGAAGCCCCTGGTACGGACCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCCTCCTACCTCACCGGAGAGTTCC
CCGGCGACTACGGCTGGGATACCGCCGGACTGTCCGCAGACCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTGGAAGTCATCCACTCGAGGTGGGCCATGCTGGGAGCCCTT
GGGTGCGTCTTCCCGGAGCTTCTGTCCCGCAACGGCGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCCGGTTCCCAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGG
GAACCCGAGCTTGATCCACGCCCAGAGCATTCTCGCCATCTGGGCCTCACAGGTGGTTCTGATGGGGGCCGTCGAGGGATACCGCATCGCCGGAGGCCCACTAGGCGAGA
TAACAGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGCTTCGACCCGTTGGGGCTTGCAGATGACCCGGAAGCTTTTGCGGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTGAAGAATGGGAGGTTGGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATCGTCACTGGGAAGGGTCCACTGGAGAATCTTGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCCTGGGCTTA
TGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK