; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg037882 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg037882
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionHistone H2A
Genome locationscaffold12:42881884..42883843
RNA-Seq ExpressionSpg037882
SyntenySpg037882
Gene Ontology termsGO:0031507 - heterochromatin assembly (biological process)
GO:0000786 - nucleosome (cellular component)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046982 - protein heterodimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002119 - Histone H2A
IPR007125 - Histone H2A/H2B/H3
IPR009072 - Histone-fold
IPR032454 - Histone H2A, C-terminal domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAF3961702.1 hypothetical protein CMV_013715 [Castanea mollissima]4.8e-6496.32Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKT AANKDKDKDKK+P+S+SSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK SKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

XP_004145372.1 histone H2A variant 1 [Cucumis sativus]3.0e-66100Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

XP_022145883.1 histone H2A variant 1 [Momordica charantia]6.7e-6699.26Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTP+ANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

XP_022963902.1 histone H2A variant 1-like [Cucurbita moschata]6.7e-6699.26Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLA+KTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

XP_023511677.1 histone H2A variant 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.5e-6599.26Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTPAA KDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LLQ9 Histone H2A1.5e-66100Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

A0A1S3BLU8 Histone H2A1.5e-66100Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

A0A6J1CX53 Histone H2A3.2e-6699.26Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTP+ANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

A0A6J1EWU9 Histone H2A1.5e-66100Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

A0A6J1K687 Histone H2A1.5e-66100Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O23628 Histone H2A variant 16.5e-6492.65Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGL+AAKT AANKDKDKDKKKPISRS+RAGIQFPVGRIHR LKTR+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK +K+
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q84MP7 Probable histone H2A variant 31.1e-5887.59Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAA-NKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQ
        MAGKGGKGLLAAKT AA + +KDK KK P+SRSSRAG+QFPVGRIHR LK R  ANGRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQ
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAA-NKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQ

Query:  LAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        LAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK+SK+
Subjt:  LAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q8H7Y8 Probable histone H2A variant 12.8e-5989.13Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAA-NKDKDKDKKK-PISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHL
        MAGKGGKGLLAAKT AA + DKDKDKKK P+SRSSRAG+QFPVGRIHR LK+R SA+GRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAA-NKDKDKDKKK-PISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHL

Query:  QLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        QLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK SK+
Subjt:  QLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q8S857 Probable histone H2A variant 22.2e-5988.49Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAAN--KDKDKDKKK-PISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRH
        MAGKGGKGLLAAKT AA    DKDKD+KK P+SRSSRAGIQFPVGRIHR LK R+SANGRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRH
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAAN--KDKDKDKKK-PISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRH

Query:  LQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        LQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK +K+
Subjt:  LQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q9SII0 Probable histone H2A variant 21.3e-5988.97Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKT AA  +KD  KKK ISRSSRAGIQFPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G52740.1 histone H2A protein 91.0e-5682.35Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        M+GKG KGL+  K   +  DKDKDKKKPI+RSSRAG+QFPVGR+HR LKTR +A+GRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRI+PRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK++K+
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT2G38810.1 histone H2A 89.0e-6188.97Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKT AA  +KD  KKK ISRSSRAGIQFPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT2G38810.2 histone H2A 89.0e-6188.97Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKT AA  +KD  KKK ISRSSRAGIQFPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT2G38810.3 histone H2A 89.0e-6188.97Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGLLAAKT AA  +KD  KKK ISRSSRAGIQFPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT3G54560.1 histone H2A 114.6e-6592.65Show/hide
Query:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
        MAGKGGKGL+AAKT AANKDKDKDKKKPISRS+RAGIQFPVGRIHR LKTR+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL
Subjt:  MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQL

Query:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK +K+
Subjt:  AIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGGAAAAGGCGGGAAGGGGCTTTTGGCTGCAAAGACCCCAGCAGCTAACAAGGATAAGGATAAGGATAAGAAGAAGCCGATCTCTCGGTCCTCCCGTGCTGGTAT
ACAGTTCCCTGTGGGACGAATTCACAGACATCTTAAAACAAGAATATCTGCAAATGGGCGAGTTGGTGCGACTGCTGCGGTGTACCTAGCATCAATTCTGGAGTATCTCA
CAGCGGAAGTGCTTGAATTGGCTGGAAATGCAAGCAAGGATCTGAAAGTGAAAAGAATCACTCCAAGACACCTTCAGCTGGCCATTAGAGGAGATGAAGAGCTTGATACC
CTGATCAAAGGAACCATTGCTGGAGGTGGTGTGATTCCTCATATTCACAAGTCCCTCATTAACAAAGCCTCCAAGGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGGGAAAAGGCGGGAAGGGGCTTTTGGCTGCAAAGACCCCAGCAGCTAACAAGGATAAGGATAAGGATAAGAAGAAGCCGATCTCTCGGTCCTCCCGTGCTGGTAT
ACAGTTCCCTGTGGGACGAATTCACAGACATCTTAAAACAAGAATATCTGCAAATGGGCGAGTTGGTGCGACTGCTGCGGTGTACCTAGCATCAATTCTGGAGTATCTCA
CAGCGGAAGTGCTTGAATTGGCTGGAAATGCAAGCAAGGATCTGAAAGTGAAAAGAATCACTCCAAGACACCTTCAGCTGGCCATTAGAGGAGATGAAGAGCTTGATACC
CTGATCAAAGGAACCATTGCTGGAGGTGGTGTGATTCCTCATATTCACAAGTCCCTCATTAACAAAGCCTCCAAGGATTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAGKGGKGLLAAKTPAANKDKDKDKKKPISRSSRAGIQFPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDT
LIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD