; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg038060 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg038060
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionLSD1 zinc finger family protein
Genome locationscaffold12:40614793..40617263
RNA-Seq ExpressionSpg038060
SyntenySpg038060
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
InterPro domainsIPR005735 - Zinc finger, LSD1-type
IPR036280 - Multiheme cytochrome superfamily
IPR040319 - LSD1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAF2918191.1 hypothetical protein DAI22_08g039400 [Oryza sativa Japonica Group]3.1e-3678.85Show/hide
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        S  C +C T       GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+EANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS+     S
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Query:  IHKL
        I  L
Subjt:  IHKL

KAG7011533.1 Protein LOL1 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.8e-3756.18Show/hide
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        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEA                             VAHVSCGNCRMLLMYQ
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        YGARSVKCAVCNFVTS+                          D N   +C+RSKS+IAKVI+NMVVPN TTAALQYS
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PQQ11982.1 protein LOL1 [Prunus yedoensis var. nudiflora]2.3e-3682.47Show/hide
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        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS  +P
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XP_009785779.1 PREDICTED: protein LSD1-like, partial [Nicotiana sylvestris]3.1e-3695Show/hide
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        TGTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+EANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNF+T+VGVSIK
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XP_038887481.1 protein LOL1 isoform X1 [Benincasa hispida]4.4e-4368.92Show/hide
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        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGV        
Subjt:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIKLPFCS

Query:  IHKLGIIRKLKTPNRADTNYVDECNRSKSIIAKVIINMVVPNSTTAAL
                            V+E +RSKS+IAKVI+NMVVPNSTTAAL
Subjt:  IHKLGIIRKLKTPNRADTNYVDECNRSKSIIAKVIINMVVPNSTTAAL

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1U7XFQ3 protein LSD1-like1.5e-3695Show/hide
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A0A314YTU1 Protein LOL11.1e-3682.47Show/hide
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        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS  +P
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A0A3L6PNX9 Uncharacterized protein1.9e-3670Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIK--LPF
        S  C +C T       GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+EANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S+   L +
Subjt:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIK--LPF

Query:  C--SIHKLGIIRKLKTPNRA
        C     +L  ++ L++P +A
Subjt:  C--SIHKLGIIRKLKTPNRA

M1BH58 LOL1 (LSD ONE LIKE 1)1.5e-3684.21Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIK
        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+EANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIK
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M5WNS8 Uncharacterized protein2.5e-3682.47Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIKLP
        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS   P
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P94077 Protein LSD11.1e-2048.18Show/hide
Query:  FRRKIGSFSCFMCKT---------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA-LEANQVAH--------VSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAV
        + R   +  C +C T           +MA ++CGGC T+LMY RGA+SV+CSCC T NL    +NQVAH        ++CG+CR  LMY YGA SVKCAV
Subjt:  FRRKIGSFSCFMCKT---------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA-LEANQVAH--------VSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAV

Query:  CNFVTSVGVS
        C FVT+V +S
Subjt:  CNFVTSVGVS

Q0J7V9 Protein LSD13.4e-3883.87Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS
        S  C +C T       GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+EANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S
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Q2QMB3 Protein LOL24.0e-2359.74Show/hide
Query:  GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS
        G ++A L+CGGC TLLMY R ATSV+CSCC TVNL    + +AH++CG C+ +LMY YGA SVKCA+CNF+T+ G++
Subjt:  GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS

Q6ASS2 Protein LOL33.1e-2352.53Show/hide
Query:  SFSCFMCKTGT---------EMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIKLP
        S  C +C+  T         EMA L+CGGC TLLMY R A +V+CSCC TVNL    N +AHVSCG CR  LMY YGA SVKCA+C+++T+ G++   P
Subjt:  SFSCFMCKTGT---------EMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIKLP

Q93ZB1 Protein LOL18.4e-3782.8Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS
        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32540.1 lsd one like 16.0e-3882.8Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS
        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S
Subjt:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS

AT1G32540.2 lsd one like 16.0e-3882.8Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS
        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S
Subjt:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS

AT1G32540.3 lsd one like 16.0e-3882.8Show/hide
Query:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS
        S  C +C         GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S
Subjt:  SFSCFMCKT-------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVS

AT4G20380.1 LSD1 zinc finger family protein7.8e-2248.18Show/hide
Query:  FRRKIGSFSCFMCKT---------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA-LEANQVAH--------VSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAV
        + R   +  C +C T           +MA ++CGGC T+LMY RGA+SV+CSCC T NL    +NQVAH        ++CG+CR  LMY YGA SVKCAV
Subjt:  FRRKIGSFSCFMCKT---------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA-LEANQVAH--------VSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAV

Query:  CNFVTSVGVS
        C FVT+V +S
Subjt:  CNFVTSVGVS

AT4G20380.2 LSD1 zinc finger family protein7.8e-2248.18Show/hide
Query:  FRRKIGSFSCFMCKT---------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA-LEANQVAH--------VSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAV
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Subjt:  FRRKIGSFSCFMCKT---------GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA-LEANQVAH--------VSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAV

Query:  CNFVTSVGVS
        C FVT+V +S
Subjt:  CNFVTSVGVS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTATGAATTTGCCCCACTACTCATTGCCCAGCAAAATTCCATTGCCTTTTCAAGCCTTCTTCCCCAGCTTCTTCCTTGCTGGGTTTCTCCATTTTTGCCACACAGAGC
CAGCTTGTATGCTCAGGATGCAGAAACCTTTTACTTTATCCAGTTGGGGCAACCTCTGTTTGCTGTGCAGTTTGTAATGCTAATTCTGTTCTTTTTCTTTAGAAGAAAGA
TTGGAAGTTTTAGTTGCTTTATGTGTAAAACAGGCACAGAAATGGCACAATTGGTATGTGGAGGCTGCCATACTCTTCTCATGTACATCCGTGGCGCTACGAGCGTACAA
TGTTCTTGTTGCCACACGGTCAACTTAGCCTTGGAAGCAAATCAGGTGGCGCACGTTAGCTGTGGGAACTGCAGGATGCTACTGATGTATCAGTATGGAGCACGTTCAGT
GAAATGTGCAGTATGCAATTTTGTGACATCAGTTGGGGTCAGTATAAAACTTCCATTTTGTTCGATTCATAAATTAGGCATCATCAGAAAGCTCAAAACACCAAACAGAG
CTGATACTAACTATGTCGACGAGTGCAATCGATCAAAAAGCATAATAGCTAAAGTTATCATAAACATGGTTGTCCCAAACTCGACAACTGCGGCTTTGCAATATTCGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTATGAATTTGCCCCACTACTCATTGCCCAGCAAAATTCCATTGCCTTTTCAAGCCTTCTTCCCCAGCTTCTTCCTTGCTGGGTTTCTCCATTTTTGCCACACAGAGC
CAGCTTGTATGCTCAGGATGCAGAAACCTTTTACTTTATCCAGTTGGGGCAACCTCTGTTTGCTGTGCAGTTTGTAATGCTAATTCTGTTCTTTTTCTTTAGAAGAAAGA
TTGGAAGTTTTAGTTGCTTTATGTGTAAAACAGGCACAGAAATGGCACAATTGGTATGTGGAGGCTGCCATACTCTTCTCATGTACATCCGTGGCGCTACGAGCGTACAA
TGTTCTTGTTGCCACACGGTCAACTTAGCCTTGGAAGCAAATCAGGTGGCGCACGTTAGCTGTGGGAACTGCAGGATGCTACTGATGTATCAGTATGGAGCACGTTCAGT
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CTGATACTAACTATGTCGACGAGTGCAATCGATCAAAAAGCATAATAGCTAAAGTTATCATAAACATGGTTGTCCCAAACTCGACAACTGCGGCTTTGCAATATTCGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MYEFAPLLIAQQNSIAFSSLLPQLLPCWVSPFLPHRASLYAQDAETFYFIQLGQPLFAVQFVMLILFFFFRRKIGSFSCFMCKTGTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQ
CSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGVSIKLPFCSIHKLGIIRKLKTPNRADTNYVDECNRSKSIIAKVIINMVVPNSTTAALQYS