CuGenDBv2

Gene ID	Spg038554
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	30S ribosomal protein S15, chloroplastic
Genome location	scaffold12:6638563..6642257
RNA-Seq Expression	Spg038554
Synteny	Spg038554
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000589 - Ribosomal protein S15 IPR005290 - Ribosomal protein S15, bacterial-type IPR009068 - S15/NS1, RNA-binding

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6606822.1 Thymidylate kinase, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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KAG7036528.1 rpsO [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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XP_023523996.1 uncharacterized protein LOC111788072 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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A0A1S3BXJ5 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A5A7TSB7 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

2.1e-186

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A0A6J1DD15 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

3.5e-189

80.61

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A0A6J1G9E3 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1K776 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

1.7e-215

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        MALQLSLR K+PKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPND+P D+SSS   GSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSP ++RKPSYPFTS+PNRSSSPAS AAS
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Query:  MEQIRKNLAEFRSRSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGILTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERKGGDSMS
        +E+IRKNL+EFRSRSSVPPPSELG TP SSA SSW  GISFQEL+KRNAMRKG+DG+AP    + GRSG+L+FDSIR+SLR+V+SS AMQNERK GDSMS
Subjt:  MEQIRKNLAEFRSRSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGILTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERKGGDSMS

Query:  LSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGGTERLPASVFGKEMRDRKDGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLREMEEKETES
        LSAFKNSLK+KP DP+ST V GGTERLPASVFGKEM DRK GENEGMKTEFVKMYSHGELG+KLRALRP K KGKNWFSLTELNERLMKLR MEEKETES
Subjt:  LSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGGTERLPASVFGKEMRDRKDGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLREMEEKETES

Query:  RIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTT
        +IGGI+FQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPN+MLQPP+EHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVR+EFKMSESDCGSARVQVAQLTT
Subjt:  RIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTT

Query:  KINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYKN
        KINHLT VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYC+VLNKLG RDNPDYKN
Subjt:  KINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYKN

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A1JIX2 30S ribosomal protein S15

4.6e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        AK+  +F    +D GS+ VQVA LT +INHL G    HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D  SY  ++ +LGLR
Subjt:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

A6TEI4 30S ribosomal protein S15

1.2e-13

53.75

Show/hide

Query:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTG--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        AK+  EF   E+D GS  VQVA LT +INHL G    HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D   Y  ++ +LGLR
Subjt:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTG--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

A8F724 30S ribosomal protein S15

4.6e-13

51.22

Show/hide

Query:  ELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        E  K+ ++F+++E D GSA VQVA LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ MV  R+KLL+YLR+++ ESY  ++ KL LR
Subjt:  ELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

B0THS1 30S ribosomal protein S15

4.6e-13

Show/hide

Query:  EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        +FK  E D GS  VQ+A LT +IN+LTG L  HKKD HS++GLL MV  R+ LL YL+RTD E Y  ++ +LGLR
Subjt:  EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

B5XSX7 30S ribosomal protein S15

9.3e-14

53.75

Show/hide

Query:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTG--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        AK+  EF   E+D GS  VQVA LT +INHL G    HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D   Y  ++ +LGLR
Subjt:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTG--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G15810.1 S15/NS1, RNA-binding protein

5.3e-81

44.85

Show/hide

Query:  MALQLSLRLKNPKTLTNPSLIHLFSSNSS--------APSD-PNDDPADTSSSGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPPTSRKPSYPFTSIPNRSSSP
        MAL L+ R  + +  +N SLI  FS++SS        AP + P+  P+  S S S  SP+    + +K +L+ QQ+    P  R  +       NR S+ 
Subjt:  MALQLSLRLKNPKTLTNPSLIHLFSSNSS--------APSD-PNDDPADTSSSGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPPTSRKPSYPFTSIPNRSSSP

Query:  ASNAASMEQIRKNLAEFRSRSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGILTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERK
         S     + + KNLA+F+ RS+VPPP + G           P  IS   L+K++A     D   P +S   G +     +++++   ++N+S  M   ++
Subjt:  ASNAASMEQIRKNLAEFRSRSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGILTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERK

Query:  GGDSMSLSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGGTERLPASVFGKEMRDRK--DGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLRE
        GG    L +FK+++                E LP  +F  +M + K  +GE E   TEF+  Y+  ELG KLR LRP   K + WFSL ELN+RL+KLR+
Subjt:  GGDSMSLSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGGTERLPASVFGKEMRDRK--DGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLRE

Query:  MEEKETESRIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSAR
        +EEKE + R     F  LR  +   K   +E ++ ++ Q + I+G LG  P Y L PPKE LV+ YFHPDNMSSAEK+KIEL+KVR+EFKMSESDCGSAR
Subjt:  MEEKETESRIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSAR

Query:  VQVAQLTTKINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK
        VQVAQLTTKI HL+  LHKKDKHS+KGLL MVQ RKKLLKYLRRTDW+SYCLVL+KL LRDNPDYK
Subjt:  VQVAQLTTKINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK

AT1G80620.1 S15/NS1, RNA-binding protein

1.3e-87

46.75

Show/hide

Query:  LSLRLKNPKTL--TNPSLIHLF----SSNSSAPSDPNDDPADTSSSGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPPTSRKPSYPFTSIPNRSSSPASNAASM
        ++L L  PK    +NPSLIHLF    SS+SS+P D N+     S S S+   +SSYFS +++ LKQ Q       S+     F       + P ++ +  
Subjt:  LSLRLKNPKTL--TNPSLIHLF----SSNSSAPSDPNDDPADTSSSGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPPTSRKPSYPFTSIPNRSSSPASNAASM

Query:  EQIRKNLAEFRSRSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGI--LTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERKGGDSM
        + IR+NL EFRSR++ PPP ++                  Q+LFK+N + K            GG   I  +   +I+ +LR++    A    +      
Subjt:  EQIRKNLAEFRSRSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGI--LTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERKGGDSM

Query:  SLSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGG-TERLPASVFGKEMRDRKDGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLREMEEKET
        +LS  +N +K   +D   + V+GG  E LP SV GKE+ + +D   E MK+EF+K Y   ELG KLR  RP   K + WFSL ELN+RL+KLR MEE++ 
Subjt:  SLSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGG-TERLPASVFGKEMRDRKDGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLREMEEKET

Query:  E--SRIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVA
        +  S +      +LR    K   +     K    Q  +I G L  TP YML+PPK+ LVE YFHPDNMSSAEK+KIELAKVR+EFKMSESDCGSARVQVA
Subjt:  E--SRIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVA

Query:  QLTTKINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK
        QLTTKI HL+ VLHKKDKHS+KGL+AMVQ RKKLLKY+RRTDW+SYCL L+KLGLRDNPDYK
Subjt:  QLTTKINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTTCAACTCAGCCTCAGACTCAAAAACCCTAAAACTCTCACCAATCCTTCTCTCATCCATCTCTTCTCCTCCAATTCCTCCGCCCCATCTGATCCAAATGACGA
CCCCGCCGATACTTCCTCCTCTGGCTCAGCTCAATCTCCCATGTCCTCCTACTTCAGCGACGTCAAAGCTCGCCTCAAACAGCAGCAGCAATCTCCTTCTCCACCGACTT
CCAGAAAGCCTTCGTACCCATTCACGTCTATTCCGAATCGATCCAGTTCTCCGGCTTCGAATGCCGCTTCAATGGAACAAATCAGAAAGAATCTCGCTGAATTTCGCAGT
CGTTCGTCTGTGCCGCCTCCCTCCGAGCTTGGCTCTACACCTTCCTCTTCTGCTCCTTCGTCTTGGCCGCCCGGTATCTCGTTTCAAGAGCTTTTCAAGAGAAATGCGAT
GAGGAAGGGCGAGGATGGTAATGCACCCGCAGATTCGACCAAAGGTGGGCGTAGCGGCATACTAACGTTTGATTCCATTCGGGATAGCTTGCGGCGGGTGAATTCATCGG
GGGCGATGCAGAATGAGCGAAAGGGTGGGGATTCGATGTCCTTATCGGCGTTTAAGAACAGCTTGAAAATGAAACCGTCGGACCCGTCGTCGACGCCGGTGCTGGGTGGG
ACAGAGAGGTTACCGGCGTCGGTTTTCGGGAAGGAGATGAGGGACAGAAAAGATGGGGAGAATGAGGGAATGAAGACGGAGTTTGTGAAGATGTATAGCCATGGAGAATT
GGGGAGTAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCAGCTAAAGGAAAAGGGAAGAATTGGTTTTCATTGACGGAGTTGAATGAGAGGTTGATGAAGCTAAGGGAAATGGAGGAGAAGG
AGACTGAGTCGAGAATTGGGGGGATTACATTCCAGGATTTGAGAGAGAGCTTGGTTAAGATGAAGATGTCTGATGATGAAAAGGCAAAGAAAACGACAATCCAGCGGCTC
GATATCTTGGGTCAGCTAGGTCGAACACCAAACTATATGCTACAACCTCCAAAGGAACATCTTGTTGAAAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCTTCTGCCGAAAAGCT
GAAAATCGAGTTGGCAAAAGTCAGAGATGAATTTAAAATGTCAGAGTCAGACTGTGGATCTGCTCGAGTTCAAGTTGCACAACTTACCACTAAAATCAATCATCTAACTG
GCGTCTTGCATAAGAAGGACAAGCATTCTAAGAAAGGTCTTCTTGCAATGGTGCAACTGAGGAAAAAGCTACTAAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTACTGT
CTGGTTCTTAACAAACTTGGTCTTCGAGACAACCCGGATTACAAGAACTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQLSLRLKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDDPADTSSSGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPPTSRKPSYPFTSIPNRSSSPASNAASMEQIRKNLAEFRS
RSSVPPPSELGSTPSSSAPSSWPPGISFQELFKRNAMRKGEDGNAPADSTKGGRSGILTFDSIRDSLRRVNSSGAMQNERKGGDSMSLSAFKNSLKMKPSDPSSTPVLGG
TERLPASVFGKEMRDRKDGENEGMKTEFVKMYSHGELGSKLRALRPAKGKGKNWFSLTELNERLMKLREMEEKETESRIGGITFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRL
DILGQLGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTGVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYC
LVLNKLGLRDNPDYKN

Spg038554 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome