CuGenDBv2

Gene ID	Spg038668
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	nucleolin 1-like
Genome location	scaffold12:4940621..4942928
RNA-Seq Expression	Spg038668
Synteny	Spg038668
Gene Ontology terms	GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily IPR035979 - RNA-binding domain superfamily

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG7018053.1 Nucleolin 2 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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XP_022934933.1 nucleolin 1-like isoform X2 [Cucurbita moschata]

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XP_022982623.1 nucleolin 1-like isoform X1 [Cucurbita maxima]

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XP_023528750.1 nucleolin 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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A0A6J1F465 nucleolin 1-like isoform X1

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A0A6J1F939 nucleolin 1-like isoform X2

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A0A6J1J386 nucleolin 1-like isoform X3

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A0A6J1J5B3 nucleolin 1-like isoform X1

4.4e-35

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A0A6J1KA45 nucleolin 1-like

1.3e-31

81.2

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SwissProt top hits

e value

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Q6Z1C0 Nucleolin 1

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Q7XTT4 Nucleolin 2

3.1e-09

54.31

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Q9FVQ1 Nucleolin 1

1.6e-10

56.52

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G48920.1 nucleolin like 1

1.2e-11

56.52

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AT4G39260.1 cold, circadian rhythm, and RNA binding 1

8.9e-04

45.65

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AT4G39260.2 cold, circadian rhythm, and RNA binding 1

3.1e-04

47.3

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCCAATGTTGGTTCGTTATTTTTCTGTTTGCAGGATGGCTTACATGGACTTCAGAGATGTGGATGCTTTCAACAAAGCCCTTGAACTCAATGGCAGTGAACTCCACGG
CCAGTATCTAACAGTTGACGAGGCTAAGCCCCGTGGAGACAGTGGTGGCGGTAGTGCAAGAGGTGGCGGAAGGAGCGGTGGAAGGAGTGGAGGAAGGAGTGGTGGTGATG
GTAGAAGCGGTGGACGATTTGGAGGCAGAGGCCGTGGTGGTGATCGTGGCGGTAGAGGTGGTAGAGGAGGACGTGGAAATTTTAACAGACCCAGCATAACTTCATCTGGA
AAGAAAACCACATTTGGTGATGATGATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MPMLVRYFSVCRMAYMDFRDVDAFNKALELNGSELHGQYLTVDEAKPRGDSGGGSARGGGRSGGRSGGRSGGDGRSGGRFGGRGRGGDRGGRGGRGGRGNFNRPSITSSG
KKTTFGDDD

Spg038668 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome