; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg038842 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg038842
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Descriptionribonucleoside-diphosphate reductase small chain
Genome locationscaffold12:3485747..3486736
RNA-Seq ExpressionSpg038842
SyntenySpg038842
Gene Ontology termsGO:0009263 - deoxyribonucleotide biosynthetic process (biological process)
GO:0004748 - ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000358 - Ribonucleotide reductase small subunit family
IPR009078 - Ferritin-like superfamily
IPR012348 - Ribonucleotide reductase-like
IPR030475 - Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site
IPR033909 - Ribonucleotide reductase small subunit


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6581100.1 hypothetical protein SDJN03_21102, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.9e-18496.96Show/hide
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XP_022935447.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain [Cucurbita moschata]6.6e-18496.96Show/hide
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XP_022984134.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain [Cucurbita maxima]1.4e-18196.05Show/hide
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A0A0A0L8R8 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain1.9e-18194.83Show/hide
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A0A1S3TQ45 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain2.3e-17489.97Show/hide
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A0A6J1F5K5 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain3.2e-18496.96Show/hide
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A0A6J1J9K8 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain6.7e-18296.05Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0DKH3 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain B2.2e-15880.48Show/hide
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P49730 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain1.1e-16886.63Show/hide
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P50651 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain A6.5e-14275.31Show/hide
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        +EPLL     RF MFPI+Y  IWEMYKKAEASFWTAEEVDLS D++ WE+LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
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        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK RLF AIET+PC+ KKA W L WI S  SFA R++AFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
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Query:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDY
        CDFACLLYSLL+K+L  ++V +IV EAV+IE EFVC ALP  L+GMN NLMSQYI+FVADRLL  LG  + Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVG+Y
Subjt:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDY

Query:  QKASVMSNLNGNGGIHEFRMDEDF
        QKASVMSNL      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSNLNGNGGIHEFRMDEDF

Q4KLN6 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M27.2e-13370.52Show/hide
Query:  PAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGF
        P+I +EPLL  NP RF +FPI+Y  IW+MYKKAEASFWTAEEVDLS+D++HWE+L  DE+HFI+HVLAFFAASDGIV ENL  RF +EVQV EAR FYGF
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Query:  QIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVKKKADWALKWI-DSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
        QIA+ENIHSEMYSLL++TYIKDS E+  LF AIET+PCVKKKADWAL+WI D   ++ ER++AFA VEGIFFSGSF SIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
Subjt:  QIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVKKKADWALKWI-DSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR

Query:  DEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFEK
        DEGLHCDFACL++  L  K SE RVKEI+  +V IE+EF+ +ALPV L+GMN  LM QYIEFVADRL+  LG+ KI+ ++NPFD+ME ISL+GKTNFFEK
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Query:  RVGDYQKASVMSNLNGNGGIHEFRMDEDF
        RVG+YQ+  VMSN   N     F +D DF
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Q9LSD0 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain C2.1e-16182.83Show/hide
Query:  MPAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWE-SLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY
        MP++P+EPLL P PDRFCMFPI YPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQD R WE SL   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
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Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E+  LFRAIET+PCV KKA WA+KWID +++FAERI+AFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+LL+ KLSE+RVK IV +AV+IEREFVCDALP ALVGMN +LMSQYIEFVADRLLGALGYGK+Y + NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGDYQKASVMSNLNGNGGI--HEFRMDEDF
        KRVGDYQKASVMS++NGNG    H F +DEDF
Subjt:  KRVGDYQKASVMSNLNGNGGI--HEFRMDEDF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23580.1 ribonucleotide reductase 2A4.6e-14375.31Show/hide
Query:  DEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI
        +EPLL     RF MFPI+Y  IWEMYKKAEASFWTAEEVDLS D++ WE+LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
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Query:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK RLF AIET+PC+ KKA W L WI S  SFA R++AFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
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Query:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDY
        CDFACLLYSLL+K+L  ++V +IV EAV+IE EFVC ALP  L+GMN NLMSQYI+FVADRLL  LG  + Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVG+Y
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Query:  QKASVMSNLNGNGGIHEFRMDEDF
        QKASVMSNL      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSNLNGNGGIHEFRMDEDF

AT3G27060.1 Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein1.5e-16282.83Show/hide
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        MP++P+EPLL P PDRFCMFPI YPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQD R WE SL   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
Subjt:  MPAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWE-SLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY

Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E+  LFRAIET+PCV KKA WA+KWID +++FAERI+AFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+LL+ KLSE+RVK IV +AV+IEREFVCDALP ALVGMN +LMSQYIEFVADRLLGALGYGK+Y + NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGDYQKASVMSNLNGNGGI--HEFRMDEDF
        KRVGDYQKASVMS++NGNG    H F +DEDF
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCTGCAATTCCCGACGAGCCTCTCCTCGCCCCCAACCCCGACCGCTTCTGCATGTTCCCAATTCAGTACCCCCAAATCTGGGAAATGTACAAGAAGGCCGAAGCCTC
CTTCTGGACCGCCGAGGAAGTCGATCTCTCTCAGGATCTCCGCCACTGGGAATCTCTAACTTCCGACGAGAAGCACTTCATCACTCACGTTCTTGCCTTCTTCGCCGCCT
CCGACGGTATCGTTTTGGAGAATCTCGCCGGACGGTTCATGAAGGAGGTCCAAGTCGCCGAGGCCAGAGCCTTCTATGGATTCCAGATCGCCATCGAGAATATCCACTCC
GAGATGTACAGTCTTCTCCTTGAAACCTACATCAAAGACTCGAATGAGAAAAGTCGTTTGTTTCGTGCGATTGAGACCGTCCCCTGCGTCAAGAAGAAGGCCGATTGGGC
ATTGAAGTGGATCGACAGCACCGAATCGTTCGCCGAGCGAATTCTGGCCTTTGCCTGCGTCGAGGGGATATTCTTCTCAGGTAGCTTCTGCTCCATTTTCTGGTTGAAAA
AACGTGGATTAATGCCTGGACTCACCTTCTCGAACGAGTTGATTTCGCGAGACGAAGGGCTCCATTGTGATTTCGCTTGTTTGTTGTATTCGTTGTTGAGGAAGAAGTTG
AGTGAGGATCGAGTGAAGGAGATTGTTCGTGAGGCTGTGGACATAGAGAGAGAATTTGTTTGTGATGCTTTGCCAGTGGCTCTCGTTGGAATGAACGGCAATTTGATGAG
CCAGTACATTGAATTTGTGGCGGATAGATTGCTCGGAGCTTTAGGGTATGGGAAAATCTACAATATTCAGAATCCATTCGATTGGATGGAGCTGATTTCCTTGCAGGGGA
AGACAAATTTCTTTGAGAAGAGAGTTGGGGATTATCAGAAGGCGTCTGTGATGTCGAATCTGAATGGAAATGGGGGAATCCATGAGTTTAGGATGGATGAAGATTTTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAIENIHS
EMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLLYSLLRKKL
SEDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGNLMSQYIEFVADRLLGALGYGKIYNIQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDYQKASVMSNLNGNGGIHEFRMDEDF