; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg039052 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg039052
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationscaffold12:4730039..4734688
RNA-Seq ExpressionSpg039052
SyntenySpg039052
Gene Ontology termsGO:0006556 - S-adenosylmethionine biosynthetic process (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0004478 - methionine adenosyltransferase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022628 - S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal
IPR022629 - S-adenosylmethionine synthetase, central domain
IPR022631 - S-adenosylmethionine synthetase, conserved site
IPR022636 - S-adenosylmethionine synthetase superfamily
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_038903667.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]6.0e-14897.36Show/hide
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.9e-14897.36Show/hide
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.9e-14897.36Show/hide
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A0A6J1GAK0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.6e-14998.49Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.2e-13388.01Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)6.7e-13489.58Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic5.7e-13387.83Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic9.7e-13386.89Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic2.2e-13286.57Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 32.2e-12784.64Show/hide
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 22.2e-12784.64Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.7e-12784.64Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B27.4e-12885.02Show/hide
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B11.0e-12985.34Show/hide
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        + MALSS   TGKAV L   +  +S V   GR+ MRK+ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKAVPLNAPTELSSSVRSNGRVLMRKSGKPASSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGACCTTTCTATTCACCTCCGAGTCTGTGAACGAGGGTCACCCAGACAAGCTCTGTGACCAGATCTCAGATGCAGTTCTTGATGCTTGCCTTGCCCAAGATCCTGA
CAGCAAGGTTGCTTGTGAGACCTGCACCAAGACCAACATGGTTATGGTTTTTGGAGAGATTACAACCAAAGCCAACGTGGACTACGAGAAGATCGTCCGAGACACTTGCC
GGTCCATCGGATTCATCTCAGATGATGTTGGTCTCGATGCCGACAACTGCAAGGTCCTGGTCAACATCGAGCAGCAGAGTCCTGATATTGCCCAAGGTGTCCATGGTCAT
TTCACTAAGCGACCTGAGGACATTGGTGCTGGTGACCAGGGTCACATGTTTGGCTATGCCACAGATGAGACCCCAGAACTCATGCCCCTGAGTCATGTCCTTGCAACGAA
GCTCGGCGCTCGCCTCACTGAGGTGAGGAAGAATGGCACCTGCTCATGGTTGAGACCTGACGGCAAGACCCAAGTTACTGTGGAGTATTACAATGATAATGACATGGCAG
CCATGGCTCTTTCATCTACCTTCACAGGAAAAGCTGTTCCTTTGAATGCACCAACCGAGCTGTCTTCCTCGGTTCGCAGCAACGGGAGAGTCTTGATGAGGAAATCTGGA
AAGCCAGCATCTTCCTCGGGCAGCCCATGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACCTCGGACCATTCTCTGGTGAGCCACCATCTTACCTCAAAGGAGAATTCCCTGGTGA
TTATGGTTGGGACACTGCTGGTCTATCAGCTGACCCCGAGACCTTTGCTAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTAGGATGTG
TGTTCCCAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTTGACTATCTTGGAAACCCA
AGTCTTGTTCATGCACAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCATGTCAAGTAGTCCTGATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGTATTGCTGGAGGACCACTTGGAGAAATTACTGA
TCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTCGGGCTGGCCGATGATCCAGAGGCGTTTGCAGAGCTTAAGGTAAAAGAACTTAAGAACGGCCGTCTTGCAATGTTTT
CCATGTTTGGGTTTTTCGTGCAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCATTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACC
AACTTTGTACCTGGGAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AGTCTTGTTCATGCACAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCATGTCAAGTAGTCCTGATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGTATTGCTGGAGGACCACTTGGAGAAATTACTGA
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CCATGTTTGGGTTTTTCGTGCAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCATTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACC
AACTTTGTACCTGGGAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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FTKRPEDIGAGDQGHMFGYATDETPELMPLSHVLATKLGARLTEVRKNGTCSWLRPDGKTQVTVEYYNDNDMAAMALSSTFTGKAVPLNAPTELSSSVRSNGRVLMRKSG
KPASSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNP
SLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYAT
NFVPGK