; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Spg039346 (gene) of Sponge gourd (cylindrica) v1 genome

Gene IDSpg039346
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Descriptionribonucleoside-diphosphate reductase small chain
Genome locationscaffold10:46490641..46492299
RNA-Seq ExpressionSpg039346
SyntenySpg039346
Gene Ontology termsGO:0009263 - deoxyribonucleotide biosynthetic process (biological process)
GO:0004748 - ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000358 - Ribonucleotide reductase small subunit family
IPR009078 - Ferritin-like superfamily
IPR012348 - Ribonucleotide reductase-like
IPR030475 - Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site
IPR033909 - Ribonucleotide reductase small subunit


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6578369.1 hypothetical protein SDJN03_22817, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.5e-17390.58Show/hide
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XP_022133704.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain [Momordica charantia]1.1e-17691.79Show/hide
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XP_022939079.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like [Cucurbita moschata]1.9e-17389.76Show/hide
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XP_022993124.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like [Cucurbita maxima]7.4e-17389.97Show/hide
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XP_023550668.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.1e-17490.88Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1BWR9 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain5.3e-17791.79Show/hide
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A0A6J1FG17 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like9.4e-17489.76Show/hide
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A0A6J1JZC2 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like3.6e-17389.97Show/hide
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A0A6P4AGQ7 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain8.2e-17085.34Show/hide
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A0A6P4DUT1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain3.1e-16987.23Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0DKH3 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain B4.7e-15477.78Show/hide
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        MP++PEEP+L P P+RFCMFPI+YPQIWEMYKKA ASFWT EEVDLSQD R WE  LT  E+HFI HVLAFFAASDGIVLENL+ RFM++VQ++EAR+FY
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        KRVGEYQKAS+MSS++GN      H FK+DEDF
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P49730 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain4.8e-16785.11Show/hide
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        MP IPEEPLL  +P+RFCMFPI+YPQIWEMYKKA+ASFWT EEVDLS D RHWE LT GE+HFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFM EVQVAEAR+FY 
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         QI IE +HSEMYSLLLE+YIKDS +K++LF A+ET PCV KKA+WAL+WIDGSE+FAERL+AFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
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Query:  RVGEYQKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF
        RVGEYQKASVMSSLNGNG  HEFK+DEDF
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P50651 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain A2.7e-13872.84Show/hide
Query:  EEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWEGLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFYAVQITI
        EEPLL+    RF MFPI Y  IWEMYKKA ASFWT EEVDLS D++ WE LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EAR+FY  QI +
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Query:  ETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
        E +HSEMYSLLLET+IKDS +K++LF+AIET+PC++KKA+W L WI    SFA RL+AFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
Subjt:  ETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH

Query:  CDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY
        CDFACLLYS+L+ +L  EKV  IV +AVEIE EFVC ALPC L+GMN +LMS+YI+FVADRLLV LG  + Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVGEY
Subjt:  CDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY

Query:  QKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF
        QKASVMS+L      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF

P79733 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M22.0e-12567.07Show/hide
Query:  KMPAIPEEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWEGLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFY
        K  A+ EEPLL  NP+RF +FPI+Y  IW+MYKKA ASFWT EEVDLS+DL+HW+ L   E++FI+HVLAFFAASDGIV ENL  RF  EVQV EAR FY
Subjt:  KMPAIPEEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWEGLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFY

Query:  AVQITIETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWI-DGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELI
          QI +E +HSEMYSLL++TYIKDS ++  LF+AIET+PCV KKA+WAL WI D +  + ER++AFA VEGIFFSGSF +IFWLKKRGLMPGLTFSNELI
Subjt:  AVQITIETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWI-DGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELI

Query:  SRDEGLHCDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFF
        SRDEGLHCDFACL++  L  K SEE V+ I+  AVEIE+EF+ DALP  L+GMN DLM +YIEFVADRLL+ LG +K+Y V+NPFD+ME ISL+GKTNFF
Subjt:  SRDEGLHCDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFF

Query:  EKRVGEYQKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF
        EKRVGEYQ+  VMS    N     F +D DF
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Q9LSD0 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain C1.7e-15679.82Show/hide
Query:  MPAIPEEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWE-GLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFY
        MP++PEEPLL P P+RFCMFPI YPQIWEMYKKA ASFWT EEVDLSQD R WE  L  GE+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM++VQV+EAR+FY
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Query:  AVQITIETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
          QI IE +HSEMYSLLL+TYIKD+ +++ LF AIET+PCV KKA+WA+KWIDGS++FAER+IAFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
Subjt:  AVQITIETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS

Query:  RDEGLHCDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY++L+TKLSEE+V+ IV  AVEIEREFVCDALPCALVGMN DLMS+YIEFVADRLL ALG+ K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
Subjt:  RDEGLHCDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE

Query:  KRVGEYQKASVMSSLNGNGGI--HEFKMDEDF
        KRVG+YQKASVMSS+NGNG    H F +DEDF
Subjt:  KRVGEYQKASVMSSLNGNGGI--HEFKMDEDF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23580.1 ribonucleotide reductase 2A2.0e-13972.84Show/hide
Query:  EEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWEGLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFYAVQITI
        EEPLL+    RF MFPI Y  IWEMYKKA ASFWT EEVDLS D++ WE LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EAR+FY  QI +
Subjt:  EEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWEGLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFYAVQITI

Query:  ETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
        E +HSEMYSLLLET+IKDS +K++LF+AIET+PC++KKA+W L WI    SFA RL+AFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
Subjt:  ETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH

Query:  CDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY
        CDFACLLYS+L+ +L  EKV  IV +AVEIE EFVC ALPC L+GMN +LMS+YI+FVADRLLV LG  + Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVGEY
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Query:  QKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF
        QKASVMS+L      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF

AT3G27060.1 Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein1.2e-15779.82Show/hide
Query:  MPAIPEEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWE-GLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFY
        MP++PEEPLL P P+RFCMFPI YPQIWEMYKKA ASFWT EEVDLSQD R WE  L  GE+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM++VQV+EAR+FY
Subjt:  MPAIPEEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWE-GLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMTEVQVAEARSFY

Query:  AVQITIETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
          QI IE +HSEMYSLLL+TYIKD+ +++ LF AIET+PCV KKA+WA+KWIDGS++FAER+IAFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY++L+TKLSEE+V+ IV  AVEIEREFVCDALPCALVGMN DLMS+YIEFVADRLL ALG+ K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGEYQKASVMSSLNGNGGI--HEFKMDEDF
        KRVG+YQKASVMSS+NGNG    H F +DEDF
Subjt:  KRVGEYQKASVMSSLNGNGGI--HEFKMDEDF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATTCCTTCTGCTAGAGTCGTCTCCTTCGTTAAATGCTCGAAGATGAATGACTTTGCACATTTCAGGTTTCTCAAAATGCCTGCAATTCCAGAGGAGCCGTTGCTCGT
CCCTAACCCCAATAGGTTCTGTATGTTTCCAATTGAATATCCTCAGATTTGGGAAATGTATAAGAAAGCCATGGCCTCGTTCTGGACCGTCGAGGAGGTTGATCTCTCTC
AGGACCTTCGCCATTGGGAAGGTCTCACCGCCGGCGAGAAGCATTTCATCACCCATGTTTTGGCCTTCTTCGCCGCTTCCGACGGGATTGTTCTCGAGAATCTCGCCGGC
CGGTTCATGACGGAGGTTCAAGTCGCGGAGGCAAGATCGTTCTATGCAGTTCAAATCACAATCGAGACTGTTCACTCTGAGATGTACAGTTTGCTGCTCGAAACCTACAT
CAAGGACTCGGTCCAGAAGAATAAGTTGTTCCACGCCATCGAGACTGTGCCTTGCGTTACGAAGAAGGCCGAGTGGGCGCTCAAATGGATCGACGGCTCCGAGTCCTTCG
CCGAACGGTTGATCGCGTTCGCCTGTGTCGAAGGCATCTTCTTCTCCGGAAGTTTCTGCGCTATATTCTGGTTGAAGAAACGCGGCCTGATGCCGGGATTGACATTCTCG
AACGAATTGATTTCGAGAGACGAAGGCCTGCACTGCGATTTCGCTTGCTTGTTGTACTCAATACTGAGGACGAAGTTGAGCGAGGAGAAAGTGCAGGGGATCGTCCGGCA
GGCGGTGGAAATCGAGAGGGAATTCGTTTGTGACGCATTGCCCTGCGCGTTGGTCGGGATGAACGACGATCTGATGAGTGAGTACATCGAGTTCGTTGCCGATCGGCTGC
TGGTAGCCCTAGGGCACAACAAGATTTACAATGTGCAGAATCCGTTCGATTGGATGGAACTGATATCACTGCAAGGGAAAACGAACTTCTTCGAGAAGAGGGTGGGGGAG
TACCAGAAGGCATCTGTGATGTCGAGTTTGAATGGCAATGGAGGGATTCACGAGTTCAAGATGGATGAAGATTTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATTCCTTCTGCTAGAGTCGTCTCCTTCGTTAAATGCTCGAAGATGAATGACTTTGCACATTTCAGGTTTCTCAAAATGCCTGCAATTCCAGAGGAGCCGTTGCTCGT
CCCTAACCCCAATAGGTTCTGTATGTTTCCAATTGAATATCCTCAGATTTGGGAAATGTATAAGAAAGCCATGGCCTCGTTCTGGACCGTCGAGGAGGTTGATCTCTCTC
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TGGTAGCCCTAGGGCACAACAAGATTTACAATGTGCAGAATCCGTTCGATTGGATGGAACTGATATCACTGCAAGGGAAAACGAACTTCTTCGAGAAGAGGGTGGGGGAG
TACCAGAAGGCATCTGTGATGTCGAGTTTGAATGGCAATGGAGGGATTCACGAGTTCAAGATGGATGAAGATTTCTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MIPSARVVSFVKCSKMNDFAHFRFLKMPAIPEEPLLVPNPNRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTVEEVDLSQDLRHWEGLTAGEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAG
RFMTEVQVAEARSFYAVQITIETVHSEMYSLLLETYIKDSVQKNKLFHAIETVPCVTKKAEWALKWIDGSESFAERLIAFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFS
NELISRDEGLHCDFACLLYSILRTKLSEEKVQGIVRQAVEIEREFVCDALPCALVGMNDDLMSEYIEFVADRLLVALGHNKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGE
YQKASVMSSLNGNGGIHEFKMDEDF