; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0003134 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0003134
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationLG07:39909089..39921737
RNA-Seq ExpressionTan0003134
SyntenyTan0003134
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
PON49350.1 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase [Trema orientale]2.5e-8292.26Show/hide
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XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]1.9e-8292.86Show/hide
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XP_031385105.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Punica granatum]2.5e-8292.86Show/hide
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XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]6.6e-8393.45Show/hide
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XP_038906991.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Benincasa hispida]1.1e-8292.86Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein9.2e-8392.86Show/hide
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A0A218W3C2 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.2e-8292.86Show/hide
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A0A2P5BKN9 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase1.2e-8292.26Show/hide
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A0A2P5BPN1 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase1.2e-8292.26Show/hide
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I1K337 Uncharacterized protein1.6e-8293.83Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 72.7e-7986.31Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.2e-8491.67Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.1e-4753.75Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.1e-4753.75Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.1e-4754.37Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein5.9e-0532.18Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein5.9e-0532.18Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L D + S L            G  V+I  I++V  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain3.4e-1335.51Show/hide
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        G+++  T +EN+G+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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Query:  RLKIIGT
        R  ++ T
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain5.8e-1335.19Show/hide
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        G+ VA+T ++ +G+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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Query:  RLKIIGTR
        R+ +IG +
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II1.9e-8086.31Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTTCCACATAATTTTGGAGAGGAATATGCAGTTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAATCTCCGTGACAACCTCGTAAGCAAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCAC
TTGCAGCGGCCGACATGGTTTTGTAGTGGCAATTACAGGAATCGAGAATGTTGGGAAAGGATTGATTCGTGATGGGACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAATACCAAT
GTGTTGTGTTCCGGCCCTTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTACTATGGTAAATAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAAT
CATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATGTGCCAAACTATACCACTTCGGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAAT
TGGGACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTATCAGTTTATTACTTATGGGAGGAGAGATAAAAGAGCTTGGAACCTCGCTCCTTCTAGGGATTTTTCTTGCCACTCCTATTT
CCACTCCGTCTCTATCCTCATGCCTTGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GAAAAAGAAAACCTAGTTTCCCCACGTTTGATTTTGCTCTCCCTCTCCCCTGGTGTCTCCATCACGGCGTCGCTGCCTCTCTCCGTTAACTGTCGTCGTCGCCGCTGCCT
CCGCCGCCGGTTTTCTTCTCTCTTGTTACCGCCGCTAATCACTGAGGTGGAGGAAGCTACAATGTTCTTCCACATAATTTTGGAGAGGAATATGCAGTTGCATCCACGGC
ACTTTGGCCGTAATCTCCGTGACAACCTCGTAAGCAAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCACTTGCAGCGGCCGACATGGTTTTGTAGTGGCAATTACAGGAATCGAGAAT
GTTGGGAAAGGATTGATTCGTGATGGGACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAATACCAATGTGTTGTGTTCCGGCCCTTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTAC
TATGGTAAATAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAATCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATGTGCCAAACT
ATACCACTTCGGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATTGGGACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTATCAGTTTATTACTTATGGGA
GGAGAGATAAAAGAGCTTGGAACCTCGCTCCTTCTAGGGATTTTTCTTGCCACTCCTATTTCCACTCCGTCTCTATCCTCATGCCTTGGTTGATGCCTTGTAGATTTCTA
TCTTTGTCTCTCTCTGGAAGATTAAAAGTCCTAAGAAGGTGAAGTTTTTTTCCATGGCAAGTTTTACTTGAGAATGCTAATACTTTGGATCCCAATCAAAGATACTCTTC
CCTAGTTTTGTACCCCGCAATGGTGCATCCTTTGTAGGAGATATGAGGAGGGCTTGATTCATATGCTTTGAGAATGCTAGTTCGGAACTTGTTTGGGGTTAGTGGGGTGT
GCAATAGAGATGGGTGATT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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