; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0004862 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0004862
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionRetrotrans_gag domain-containing protein
Genome locationLG02:58541932..58542315
RNA-Seq ExpressionTan0004862
SyntenyTan0004862
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7990634.1 hypothetical protein I3843_02G035100 [Carya illinoinensis]2.7e-2448.82Show/hide
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        M + R+ D+ P D EIERT R L R    +   MA+++    P+ +++Y  PV N   + I+  PINANNFELK  LI MV++  F G   +DPN HL  
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        FLEIC T K+NG++ D+IRLRLFPFSL
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PKA48167.1 hypothetical protein AXF42_Ash020512 [Apostasia shenzhenica]1.7e-2344.37Show/hide
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        M +    DL PFD EIERT  ++ R+ + +               +M DQ  I    + +REY LP  N     +V   + ANNFE+K  LIQM+++   
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        F GL ++DPN+H+ NFLEIC TFK NG+S D+IRLRLFPFSL
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WP_217833153.1 retrotransposon gag domain-containing protein, partial [Synechococcus sp. PCC 7002]2.5e-3058.27Show/hide
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        MP+  T +L P D EI+RT RR LR    +  EMA++     PK IR+YF P   + Q GI++ PIN NNFELK GLIQM RE AFRG   EDP+ HL++
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        FLEICGT KMNG+S D+I+LRLFPFSL
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XP_017428686.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC108336731 [Vigna angularis]4.5e-2449.62Show/hide
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        FD EIERT R                 RL+ +G+ E   MADQE +   K +R+Y +P  NS Q  IV  PI ANNFE+K  L+Q++++  F G  +EDP
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        NSHL+NFL IC T K NG+S D+IRLRLFPFSL
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XP_022843226.1 uncharacterized protein LOC111366761 [Olea europaea var. sylvestris]1.0e-2350Show/hide
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        M + R  DL   D E ERT R L    R E + MA+Q++      N  + IR+Y  PV N   +GI    I A NFELK GLI MV++  F G A EDPN
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        +HL +FLEIC T KMNG++ D+IRLRLF FSL
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3UKD4 uncharacterized protein LOC1067662674.6e-2248.46Show/hide
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        FD  IERT        RR  RE R E + +  +E  +      NP K IR+Y +P  N  Q  IV  PI ANNFE+K  L+Q++++  F G  +EDPNSH
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        L+NFL IC T K NG+S D+I LRLFPFSL
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A0A1U8Q202 uncharacterized protein LOC1091142081.6e-2252.07Show/hide
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        P+D EIERT C RL   R+ RAE +EMA+      P+ + +Y  P        IV   I+ANNFE+K  +IQM++    F G+A EDPNSH+ NFLEIC 
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Query:  TFKMNGISADSIRLRLFPFSL
        TFK NG+S D +RLRLFPFSL
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A0A2H9ZY12 Uncharacterized protein8.4e-2444.37Show/hide
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        M +    DL PFD EIERT  ++ R+ + +               +M DQ  I    + +REY LP  N     +V   + ANNFE+K  LIQM+++   
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        F GL ++DPN+H+ NFLEIC TFK NG+S D+IRLRLFPFSL
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A0A6J1DU19 uncharacterized protein LOC1110243612.7e-2260.2Show/hide
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        +P E    E  NN   IR+Y  P F     GI++ PINANN ELK GLIQMVRE  FRG ATEDPN+HL  FL++CGT KMNG+  D+IRLRLFP SL
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A0A6P6W382 uncharacterized protein LOC1137297691.3e-2145.59Show/hide
Query:  DLHPFDLEIERTCRRLLRE-GRAEPQEM------------ADQELINNP---KPIREYFLPVFNSEQAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGAFRGLAT
        ++ PFD EIER  RR  R     E QE+             ++E+  N    + +R++ LP     Q  I    +NANNFE+K  LIQMV++  + G AT
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        EDPNSHL  FLEIC T K NG+S D+I+LRLFPFSL
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCCAAGGGGAGAACTGCAGACTTGCACCCTTTTGATCTTGAGATTGAGAGGACCTGTAGGAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAGCAGAACCTCAGGAAATGGCTGATCA
GGAGCTCATCAACAACCCTAAACCTATCAGGGAGTATTTCCTACCTGTGTTTAATTCTGAGCAGGCTGGAATAGTCCATGCCCCTATCAATGCTAATAATTTTGAACTTA
AGACAGGGCTGATACAAATGGTTAGGGAAGGTGCTTTCAGAGGCTTAGCCACAGAAGATCCTAACTCTCATCTTCAAAATTTCTTAGAAATCTGTGGTACATTTAAAATG
AATGGTATCTCTGCAGATAGTATTCGCTTACGTCTTTTTCCTTTCTCTTTGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCCCAAGGGGAGAACTGCAGACTTGCACCCTTTTGATCTTGAGATTGAGAGGACCTGTAGGAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAGCAGAACCTCAGGAAATGGCTGATCA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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