; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0005452 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0005452
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionRetrotrans_gag domain-containing protein
Genome locationLG05:20088742..20089143
RNA-Seq ExpressionTan0005452
SyntenyTan0005452
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7990634.1 hypothetical protein I3843_02G035100 [Carya illinoinensis]2.3e-2648.48Show/hide
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        M + R+ D+   DPEIERT R L R    +   MA+++    P+ +++Y +PV N   + I+  PINANNFELK  LI MV++  F G   +DPN HL  
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        FLEIC TVK+NG++ D+IRLRLFPFSL+ +A+
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WP_217833153.1 retrotransposon gag domain-containing protein, partial [Synechococcus sp. PCC 7002]4.3e-3358.65Show/hide
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        MP+    +L   DPEI+RT RR LR    +T  MA++     PK IR+YFQP     + GI++ PIN NNFELK GLIQM RE AFRG   EDP+ HL++
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        FLEICGTVKMNG+S D+I+LRLFPFSLQ RAK+
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XP_017405956.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC108319358 [Vigna angularis]9.6e-2549.64Show/hide
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        FD EIERT        RR  RE R          ET TMADQE +   K +R+Y  P  N+ +  IV  PI ANNFE+K  L+Q++++  F G  +EDPN
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Query:  SHLQNFLEICGTVKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK
        SHL+NFL IC T+K+N +S D+IRLRLFPFSL+ +AK
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XP_017428686.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC108336731 [Vigna angularis]5.1e-2649.28Show/hide
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        FD EIERT R                 RL+ +G+ ET TMADQE +   K +R+Y  P  N+ +  IV  PI ANNFE+K  L+Q++++  F G  +EDP
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        NSHL+NFL IC T+K NG+S D+IRLRLFPFSL+ +AK
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XP_022843226.1 uncharacterized protein LOC111366761 [Olea europaea var. sylvestris]4.2e-2851.82Show/hide
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        M + R  DL H DPE ERT R L    R E + MA+Q++      N  + IR+Y +PV N   +GI    I A NFELK GLI MV++  F G A EDPN
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        +HL +FLEIC TVKMNG++ D+IRLRLF FSL+ +AK
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3UKD4 uncharacterized protein LOC1067662677.4e-2347.45Show/hide
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        FD  IERT        RR  RE R          ET TM +++  N  K IR+Y  P  N  +  IV  PI ANNFE+K  L+Q++++  F G  +EDPN
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Query:  SHLQNFLEICGTVKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK
        SHL+NFL IC T+K NG+S D+I LRLFPFSL+ +AK
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A0A1U8Q000 uncharacterized protein LOC1091142502.2e-2248Show/hide
Query:  FDPEIERT---CRRLLREGRAETQTMADQELINNPKPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGA-FRGLATEDPNSHLQNFLEICGT
        +DP+IERT   C R  R+ RAE + MA+      P+ + +Y +P      + IV   I ANNFE+K  +IQM++    F G+A EDPNSH+ NFLEIC T
Subjt:  FDPEIERT---CRRLLREGRAETQTMADQELINNPKPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGA-FRGLATEDPNSHLQNFLEICGT

Query:  VKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK
         K NG+S D++RLRLF FSL+ +AK
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A0A1U8Q202 uncharacterized protein LOC1091142081.1e-2351.2Show/hide
Query:  FDPEIERT-CRRL--LREGRAETQTMADQELINNPKPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGA-FRGLATEDPNSHLQNFLEICGT
        +DPEIERT C RL   R+ RAET+ MA+      P+ + +Y +P        IV   I+ANNFE+K  +IQM++    F G+A EDPNSH+ NFLEIC T
Subjt:  FDPEIERT-CRRL--LREGRAETQTMADQELINNPKPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGA-FRGLATEDPNSHLQNFLEICGT

Query:  VKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK
         K NG+S D +RLRLFPFSL+ +AK
Subjt:  VKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK

A0A2H9ZY12 Uncharacterized protein2.5e-2342.86Show/hide
Query:  MPKGRAADLHHFDPEIERTCRRLLREGRAET-------------QTMADQELINNP-KPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGA-
        M +    DL  FDPEIERT  ++ R+ + +                M DQ  I    + +REY  P  N     +V   + ANNFE+K  LIQM+++   
Subjt:  MPKGRAADLHHFDPEIERTCRRLLREGRAET-------------QTMADQELINNP-KPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGA-

Query:  FRGLATEDPNSHLQNFLEICGTVKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK
        F GL ++DPN+H+ NFLEIC T K NG+S D+IRLRLFPFSL+ +AK
Subjt:  FRGLATEDPNSHLQNFLEICGTVKMNGISADSIRLRLFPFSLQGRAK

A0A6J1DU19 uncharacterized protein LOC1110243612.3e-2465.56Show/hide
Query:  NNPKPIREYFQPVFNTEKAGIVHAPINANNFELKTGLIQMVREGAFRGLATEDPNSHLQNFLEICGTVKMNGISADSIRLRLFPFSLQGR
        NN   IR+Y QP F     GI++ PINANN ELK GLIQMVRE  FRG ATEDPN+HL  FL++CGTVKMNG+  D+IRLRLFP SLQ +
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCCAAAGGGAGAGCTGCAGACTTGCACCATTTTGATCCTGAGATCGAGAGGACCTGTAGGAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAGCAGAAACACAGACTATGGCTGATCA
GGAGCTCATCAATAACCCTAAACCTATCAGGGAGTATTTCCAACCTGTGTTTAATACTGAGAAGGCTGGAATAGTCCATGCACCTATCAATGCTAATAATTTTGAACTTA
AGACAGGGTTGATACAAATGGTTAGGGAAGGTGCTTTCAGAGGCTTAGCCACAGAAGATCCTAACTCTCATCTTCAAAACTTCTTAGAAATCTGTGGTACAGTTAAAATG
AATGGTATCTCTGCTGATAGTATTCGCTTACGTCTCTTTCCTTTTTCTTTGCAGGGTAGAGCCAAAGAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCCCAAAGGGAGAGCTGCAGACTTGCACCATTTTGATCCTGAGATCGAGAGGACCTGTAGGAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAGCAGAAACACAGACTATGGCTGATCA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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