CuGenDBv2

Gene ID	Tan0005911
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Photosystem II CP47 reaction center protein
Genome location	Contig00124:264523..266241
RNA-Seq Expression	Tan0005911
Synteny	Tan0005911
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000932 - Photosystem antenna protein-like IPR017486 - Photosystem II CP47 reaction centre protein IPR036001 - Photosystem antenna protein-like superfamily

Homology

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A0A6H0EVW1 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.4e-295

97.04

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SwissProt top hits

e value

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Q2MI75 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.7e-295

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        PTTKR
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Q2MIG2 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.7e-295

95.84

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Query:  PTTKR
        PTTKR
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Q33C06 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.7e-295

95.84

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        PTTKR
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Q3C1K3 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.7e-295

95.84

Show/hide

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        PTTKR
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Q7FNS4 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.7e-295

95.84

Show/hide

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        AWSKIPEK AFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHP+FRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVE
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Query:  PTTKR
        PTTKR
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00280.1 photosystem II reaction center protein C

1.4e-21

22.31

Show/hide

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        G  W+  +  ++N  G+LL  H+ H  L+  WAG+M L+E+A F P      PM+ QG+ ++P +  L       GW +  GG + +   +   GV   H
Subjt:  GLPWYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSI-TGGTITNPGIWSYEGVAGAH

Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER------TGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLG--------LYGPGI---WV---SDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFD
        ++ S +     I+H +     +  +E         K    +  I GIHL L G+G        LY  G+   W     D   +T    + +  +G     
Subjt:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER------TGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLG--------LYGPGI---WV---SDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFD

Query:  PFVPGG----------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQ
        PF   G          I   H+  G++ I  G++H+  +P     + L + + E  LS S+AA+    F+    +W+ +   P E +GPT  +  Q    
Subjt:  PFVPGG----------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQ

Query:  QEIYRRVSAGLAENQSLSEAWSKIPEKFAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADV
             +    L  +Q L               Y+  +P    +F   +M   D +   WL     R   G +L                      ++ D+
Subjt:  QEIYRRVSAGLAENQSLSEAWSKIPEKFAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADV

Query:  -PFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGAIFEFDRATLKSDGVFRSSPRGWLTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFA
         P++   S                              +Y   A LG++        + + V   SPR WL+  H       F GH+WH  R   R   A
Subjt:  -PFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGAIFEFDRATLKSDGVFRSSPRGWLTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFA

Query:  GIDPDLDAQVE
        G +  +D   E
Subjt:  GIDPDLDAQVE

ATCG00680.1 photosystem II reaction center protein B

5.1e-295

95.25

Show/hide

Query:  MGLPWYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAH
        MGLPWYRVHTVVLNDPGRLL+VHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGW+ITGGTITNPG+WSYEGVAGAH
Subjt:  MGLPWYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAH

Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGL-----------GLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
        IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSG+           GLYGPGIWVSDPYGLTG+VQ VNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
Subjt:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGL-----------GLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS

Query:  HHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSE
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        PTTKR
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Tan0005911 (gene) of Snake gourd v1 genome