CuGenDBv2

Gene ID	Tan0007619
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Photosystem II D2 protein
Genome location	Contig00034:56934..57995
RNA-Seq Expression	Tan0007619
Synteny	Tan0007619
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0010242 - oxygen evolving activity (molecular function) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000484 - Photosynthetic reaction centre, L/M IPR005868 - Photosystem II D2 protein IPR036854 - Photosystem II protein D1/D2 superfamily

Homology

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Q2L902 Photosystem II D2 protein

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Q49L03 Photosystem II D2 protein

5.1e-209

99.43

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        DFTRWCQLGGLWTFVALHGAF LIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMM
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Q4VZN8 Photosystem II D2 protein

5.1e-209

99.43

Show/hide

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00020.1 photosystem II reaction center protein A

1.8e-36

29.53

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        ++   L+    +W+   +  +++GW G+L+ P    A   +             G+    + S L G N ++ A+   + ++      +W          
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Query:  WCQLGGLWTFVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAG
        W   GG +  + LH    +  +M R++EL+  + +RP+ A+A+S P+A   +VFLIYP+GQ  +      G++  F F++ FQ  HN  ++PFHM+GVAG
Subjt:  WCQLGGLWTFVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAG

Query:  VLGAALLCAIHGATVENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF
        V G +L  A+HG+ V ++L  E  +  +    +   Q EETY++V A+ ++ ++     +F+N R LHFF+   PV G+W +ALG+  +A NL  ++F
Subjt:  VLGAALLCAIHGATVENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF

ATCG00270.1 photosystem II reaction center protein D

2.3e-209

99.15

Show/hide

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        MTIA+GKFTKDE DLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG
Subjt:  MTIAVGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG

Query:  DFTRWCQLGGLWTFVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMM
        DFTRWCQLGGLW FVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMM
Subjt:  DFTRWCQLGGLWTFVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMM

Query:  GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
        GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGACTATAGCCGTTGGTAAATTTACCAAAGACGAAAATGATTTATTCGATATTATGGATGACTGGTTACGGAGGGACCGTTTCGTTTTTGTAGGTTGGTCCGGTCTATT
GCTCTTTCCTTGTGCCTATTTTGCCTTAGGAGGTTGGTTTACAGGTACAACCTTTGTAACTTCGTGGTATACCCATGGATTGGCAAGTTCCTATTTGGAAGGATGCAACT
TCTTAACCGCCGCAGTTTCTACTCCTGCTAATAGTTTAGCACACTCTTTGTTGTTACTATGGGGTCCTGAAGCACAAGGCGATTTTACTCGTTGGTGTCAATTAGGTGGT
CTGTGGACTTTTGTTGCTCTCCACGGTGCTTTCGCACTAATAGGTTTCATGTTACGTCAATTTGAACTTGCTCGATCTGTTCAATTGCGACCTTATAATGCAATCGCATT
CTCGGGTCCAATTGCTGTTTTTGTTTCTGTATTCCTGATTTATCCACTAGGTCAGTCTGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGTGTAGCAGCTATATTTCGATTCATCC
TCTTTTTCCAAGGGTTTCATAATTGGACATTGAACCCATTTCATATGATGGGAGTTGCCGGTGTATTGGGCGCTGCTCTGCTATGCGCTATTCATGGTGCTACCGTAGAA
AATACCTTATTTGAAGATGGTGATGGTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCCGAAGAAACTTATTCAATGGTCACTGCTAACCGCTTTTGGTCCCAAAT
CTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGTAACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTTGGTCTGGCCCTGAACC
TACGTGCCTATGACTTCGTTTCTCAGGAAATCCGTGCAGCGGAAGATCCTGAATTTGAGACTTTCTATACCAAAAATATTCTCTTAAACGAAGGTATTCGTGCTTGGATG
GCGGCTCAAGATCAGCCTCATGAAAACCTTATATTCCCTGAGGAGGTTCTACCCCGTGGAAACGCTCTTTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MTIAVGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGG
LWTFVALHGAFALIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVE
NTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWM
AAQDQPHENLIFPEEVLPRGNAL

Tan0007619 (gene) of Snake gourd v1 genome