; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0007756 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0007756
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationLG03:79732554..79733351
RNA-Seq ExpressionTan0007756
SyntenyTan0007756
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
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GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
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GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A0A0KKK7 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14896.98Show/hide
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A0A1S3AZW8 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic6.0e-14996.98Show/hide
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A0A1S3AZZ0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.3e-14896.98Show/hide
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A0A5A7UBM9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic6.0e-14996.98Show/hide
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A0A5D3CNU3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.3e-14896.98Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.7e-14696.86Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic4.3e-14494.32Show/hide
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P27491 Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic1.4e-14290.64Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic2.7e-14692.83Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic9.5e-14492.13Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.5e-13688.76Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.5e-13688.76Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AG+AV LSP A EV G+GRV+MRKT +KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 14.0e-13789.14Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AG+AVKLSP A EV G+GRV+MRKT +KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B22.8e-13588.39Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AG+AVK  P A +V G+GRV+MRKT +KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B15.2e-13789.89Show/hide
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        MAASTMALSSP+L G+AVKLSP A EV G GR++MRK ASKP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCTTCCACAATGGCTCTCTCCTCCCCATCTTTGGCTGGCCAGGCCGTCAAGCTCTCCCCCAACGCCCCTGAGGTTCAGGGCAATGGAAGAGTCAGCATGAGGAA
GACCGCCAGCAAGCCAGTTTCCTCCGGCAGCCCATGGTACGGTCCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCACCGTCCTACCTGACTGGAGAATTCC
CCGGTGACTACGGCTGGGACACTGCCGGACTTTCAGCCGACCCCGAGACATTCGCCAAGAACCGTGAGCTGGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTG
GGGTGTGTCTTCCCGGAGCTTCTGTCCCGCAATGGCGTGAAGTTTGGTGAGGCAGTGTGGTTCAAGGCTGGTTCTCAGATCTTCAGCGAGGGAGGATTGGACTACTTGGG
CAACCCCAGCTTGGTCCACGCACAGAGCATTTTGGCAATCTGGGCCTGCCAGGTCGTGCTGATGGGCGCCGTTGAGGGCTACCGTATTGCCGGCGGTCCGCTCGGGGAGA
TAACTGACCCAATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGATCCAGAGGCCTTTGCTGAACTGAAGGTGAAGGAGCTCAAGAATGGAAGGCTGGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGCTTCTTTGTTCAGGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCTTTGGAGAACTTGGCTGACCACCTTGCTGACCCTGTGAACAACAATGCTTGGGCCTA
CGCCACAAACTTTGTCCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TAACTGACCCAATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGATCCAGAGGCCTTTGCTGAACTGAAGGTGAAGGAGCTCAAGAATGGAAGGCTGGCC
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CGCCACAAACTTTGTCCCTGGAAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK