; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0007901 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0007901
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationLG04:81912241..81926167
RNA-Seq ExpressionTan0007901
SyntenyTan0007901
Gene Ontology termsGO:0006556 - S-adenosylmethionine biosynthetic process (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0004478 - methionine adenosyltransferase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022628 - S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal
IPR022629 - S-adenosylmethionine synthetase, central domain
IPR022631 - S-adenosylmethionine synthetase, conserved site
IPR022636 - S-adenosylmethionine synthetase superfamily
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.3e-14596.23Show/hide
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.3e-14596.23Show/hide
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A0A6J1DXL6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.8e-14595.47Show/hide
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.0e-14898.11Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic2.6e-13388.01Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)5.7e-13389.96Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic6.3e-13288.3Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic1.3e-13287.83Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic3.7e-13286.14Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 36.2e-12785.02Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  AS V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 26.2e-12785.02Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  AS V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 14.8e-12785.02Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  AS V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B22.8e-12785.39Show/hide
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        + MALSS  F GKAV        AS V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B13.0e-12985.71Show/hide
Query:  AAMALSS-TFTGKAVPLNAPTELASSVRSNGRVSMRKSGKPS--SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        + MALSS   TGKAV L   +  AS V   GR++MRK+ KP+  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKAVPLNAPTELASSVRSNGRVSMRKSGKPS--SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGACCTTTCTATTTACCTCAGAGTCTGTGAACGAGGGTCACCCAGACAAGCTCTGTGACCAGATCTCTGATGCAGTTCTTGATGCTTGCCTTGCTCAAGATCCTGA
TAGCAAGGTTGCTTGTGAGACCTGCACCAAGACTAACATGGTTATGGTTTTTGGAGAGATTACAACCAAGGCTGACGTGGACTATGAGAAGATCGTCCGAGATACTTGCC
GTTCGATCGGATTCATCTCAGACGATGTGGGTCTTGATGCTGACAACTGCAAGGTCCTTGTCAACATTGAACAACAGAGCCCTGATATTGCCCAAGGTGTCCATGGACAT
TTCACTAAACGACCTGAGGACATTGGTGCTGGTGACCAGGGTCACATGTTTGGCTATGCCACCGATGAGACCCCAGAACTTATGCCCCTTAGTCACGTCCTTGCAACGAA
GCTCGGCGCTCGCCTCACGGAGGTGAGGAAGAATGGTACCTGCCCATGGTTGAGACCCGACGGTAAGACCCAAGTTACTGTGGAGTACTATAATGATAATGGCATGGCGG
CCATGGCTCTTTCATCTACCTTCACTGGAAAAGCTGTTCCTTTGAATGCACCAACGGAGCTCGCATCCTCGGTTCGCAGCAACGGGAGAGTCTCAATGAGGAAATCTGGA
AAGCCCTCTTCAGGTAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTCAAGTACCTCGGACCATTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCACAGGAGAATTCCCTGGTGATTATGG
TTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCCGACCCCGAGACCTTTGCTAAGAACCGAGAGCTTGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGAGCTCTAGGATGTGTGTTCC
CAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTTGACTATCTTGGAAACCCAAGTCTT
GTTCATGCACAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCATGTCAAGTAGTGCTTATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGTATTGCCGGAGGACCTCTCGGAGAAATTACCGATCCTAT
CTACCCAGGCGGTAGCTTTGATCCCCTCGGGCTGGCCGATGATCCTGATGCATTTGCAGAGCTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAACGGCCGTCTTGCAATGTTTTCCATGT
TCGGGTTCTTCGTGCAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACAAACTTT
GTACCTGGGAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TAGCAAGGTTGCTTGTGAGACCTGCACCAAGACTAACATGGTTATGGTTTTTGGAGAGATTACAACCAAGGCTGACGTGGACTATGAGAAGATCGTCCGAGATACTTGCC
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AAGCCCTCTTCAGGTAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTCAAGTACCTCGGACCATTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCACAGGAGAATTCCCTGGTGATTATGG
TTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCCGACCCCGAGACCTTTGCTAAGAACCGAGAGCTTGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGAGCTCTAGGATGTGTGTTCC
CAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTTGACTATCTTGGAAACCCAAGTCTT
GTTCATGCACAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCATGTCAAGTAGTGCTTATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGTATTGCCGGAGGACCTCTCGGAGAAATTACCGATCCTAT
CTACCCAGGCGGTAGCTTTGATCCCCTCGGGCTGGCCGATGATCCTGATGCATTTGCAGAGCTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAACGGCCGTCTTGCAATGTTTTCCATGT
TCGGGTTCTTCGTGCAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACAAACTTT
GTACCTGGGAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
METFLFTSESVNEGHPDKLCDQISDAVLDACLAQDPDSKVACETCTKTNMVMVFGEITTKADVDYEKIVRDTCRSIGFISDDVGLDADNCKVLVNIEQQSPDIAQGVHGH
FTKRPEDIGAGDQGHMFGYATDETPELMPLSHVLATKLGARLTEVRKNGTCPWLRPDGKTQVTVEYYNDNGMAAMALSSTFTGKAVPLNAPTELASSVRSNGRVSMRKSG
KPSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSL
VHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNF
VPGK