CuGenDBv2

Gene ID	Tan0008630
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Ycf2
Genome location	Contig00124:78004..79204
RNA-Seq Expression	Tan0008630
Synteny	Tan0008630
Gene Ontology terms	GO:0009570 - chloroplast stroma (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0005524 - ATP binding (molecular function) GO:0016887 - ATPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR008543 - Uncharacterised protein family Ycf2

Homology

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        IQQLKERSILWDPSFLQTERTEIESD+FPKC SGYSSM RLFTE                                   LH+GSNP ERSTRDQKLLKKE
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        QDVSFVPSRRSE KEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSD GCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF  ++ ++     GG T +    +++R  +   +++
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Query:  L
        L
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Q09WV7 Protein Ycf2

8.2e-178

79.4

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        QFRQD FFSWGKNPHESDFLRNISRENWIWLDNVWL NKDRFFSKVRNV SNIQYDSTRSSFVQVTD SQLKGSSD+SRDHFDSI NEDSEYHTLINQRE
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        IQQLKERSILWDPSFLQ ERTEIESDR PKC SGYSSMSRLFTE                                     LH+GSNP ERSTRD KLLK
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Query:  KEQDVSFVPSRRSEKKEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF--IYFIYSMTGTGGDTRYTTILNQKRDFKKWQI
        KEQDVSFVPSRRSE KEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF  ++ ++     GG T +    +++R  +   +
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Query:  YSL
        ++L
Subjt:  YSL

Q0ZIV6 Protein Ycf2

6.9e-177

81.17

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        MDD I KDHDWELFDRLSPRKRRNIINLNSGQLFEILVK WICYLM AFREKIPIEVEGFFKQQGAGSTIQSNDIEHVSHLFSRNKWAISLQNCAQFHMW
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        QFRQD F SWGKNPHESDFLRN+SRENWIWLDNVWLVNKDRFFSKVRNV SNIQYDSTRSSFVQVTDSSQLKGSSDQSRDHFDSISNEDS+YHTLINQRE
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        IQQLKERSILWDPSFLQTERTEIESDRFPKC SGYS  SMSRLFTE                                   LH+GSNPIERSTRDQKLLK
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Query:  KEQDVSFVPSRRSEKKEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF--IYFIYSMTGTGGDTRYTTILNQKR
        K+QDVSFVPSRRSE KE+VNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDE DMDSSNKISFLNKNPF  ++ ++     GG T +    +++R
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Q14F97 Protein Ycf2

5.9e-176

79.05

Show/hide

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        QFRQD F SWG NPHESDFLRNISRENWIWLDNVWLVNKDRFFSK RN+ SNIQYDSTRSSF+Q  DSSQLKGSSDQSRDHFDSISNEDSEYHTLINQRE
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Query:  IQQLKERSILWDPSFLQTERTEIESDRFPKCFSGYSSMSRLFTEHG---------------------------------LHMGSNPIERSTRDQKLLKKE
        IQQLKERSILWDPSFLQTERTEIESDRFPKC SGYSSMSRLFTE                                   LH+GSNP ERSTRDQKLLKKE
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        QDVSFVPSRRSE KEIVNIFK ITYLQNTVSIHPISSDPGCDMV KDELDMDSSNKISFLNKNPF  ++ ++     GG T +    +++R  +   +++
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Query:  L
        L
Subjt:  L

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00860.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core

1.8e-167

80.42

Show/hide

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        MDD IRK HDWELFDRLSP KRRNIINLNSGQLFEILVKDWICYLMFAFREKIPIEVEGF KQQGAGSTIQSNDIEHVSHLFSRNKWAISLQNCAQFHMW
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Query:  QFRQDFFFSWGKNPHESDFLRNISRENWIWLDNVWLVNKDRFFSKVRNVLSNIQYDSTRSSFVQVTDSSQLKGSSDQSRDHFDSISNEDSE--YHTLINQ
        QF QD F SWGKNPHESDF R ISRENWIWLDNVWLVNKDRFFSKVRNV SNIQYDSTRSSFVQVTDSSQL GSSDQ  D FDSISNEDSE  YHTLINQ
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Query:  REIQQLKERSILWDPSFLQTERTEIESDRFPKCFSGYSSMSRLFTEH---------------------------------GLHMGSNPIERSTRDQKLLK
        REIQQLKERSIL DPSF+QTE  EIESDRFPK  SGYSSM RLFTE                                   LH+GSNP ERSTRDQKLLK
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Query:  KEQDVSFVPSRRSEKKEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF--IYFIYSMTGTGGDT
        KEQDVSFVPSRRSE KEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSD GCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF  ++ ++     GG T
Subjt:  KEQDVSFVPSRRSEKKEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF--IYFIYSMTGTGGDT

ATCG01280.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core

1.8e-167

80.42

Show/hide

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        MDD IRK HDWELFDRLSP KRRNIINLNSGQLFEILVKDWICYLMFAFREKIPIEVEGF KQQGAGSTIQSNDIEHVSHLFSRNKWAISLQNCAQFHMW
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        QF QD F SWGKNPHESDF R ISRENWIWLDNVWLVNKDRFFSKVRNV SNIQYDSTRSSFVQVTDSSQL GSSDQ  D FDSISNEDSE  YHTLINQ
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        REIQQLKERSIL DPSF+QTE  EIESDRFPK  SGYSSM RLFTE                                   LH+GSNP ERSTRDQKLLK
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        KEQDVSFVPSRRSE KEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSD GCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKNPF  ++ ++     GG T
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGATGATCAGATCCGCAAGGACCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCTCCGAGGAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTT
AGTGAAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAGGGCTTCTTCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATG
ATATTGAGCATGTTTCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCATATGTGGCAATTCCGCCAAGATTTCTTCTTTAGTTGG
GGGAAGAATCCGCACGAATCGGATTTTTTGAGGAACATATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAACAAGGATCGGTTTTTTAGCAAGGTACG
GAATGTCTTGTCAAATATTCAATATGATTCCACAAGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAAAGGATCTTCTGATCAATCCAGAGATCATTTCGATT
CCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACACATTGATCAATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTGGGATCCTTCCTTTCTTCAAACGGAACGA
ACAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATGCTTTTCTGGATATTCCTCAATGTCCCGGCTATTCACGGAACATGGTCTTCATATGGGTTCGAATCCTATTGAGAGGTC
CACTAGAGATCAGAAATTGTTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAAGAAAGAAATAGTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTAC
AAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCATCAGATCCGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAGATTTCATTCTTGAACAAAAAT
CCATTTATTTATTTCATCTATTCCATGACCGGAACAGGAGGGGATACACGTTACACCACGATTTTGAATCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTATTCACTCTA
TCAATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDDQIRKDHDWELFDRLSPRKRRNIINLNSGQLFEILVKDWICYLMFAFREKIPIEVEGFFKQQGAGSTIQSNDIEHVSHLFSRNKWAISLQNCAQFHMWQFRQDFFFSW
GKNPHESDFLRNISRENWIWLDNVWLVNKDRFFSKVRNVLSNIQYDSTRSSFVQVTDSSQLKGSSDQSRDHFDSISNEDSEYHTLINQREIQQLKERSILWDPSFLQTER
TEIESDRFPKCFSGYSSMSRLFTEHGLHMGSNPIERSTRDQKLLKKEQDVSFVPSRRSEKKEIVNIFKIITYLQNTVSIHPISSDPGCDMVPKDELDMDSSNKISFLNKN
PFIYFIYSMTGTGGDTRYTTILNQKRDFKKWQIYSLYQ

Tan0008630 (gene) of Snake gourd v1 genome