; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0008998 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0008998
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionRING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein
Genome locationLG11:18872126..18874982
RNA-Seq ExpressionTan0008998
SyntenyTan0008998
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR011016 - Zinc finger, RING-CH-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR022143 - Protein of unknown function DUF3675
IPR033275 - E3 ubiquitin-protein ligase MARCH-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_023521591.1 E3 ubiquitin-protein ligase MARCH8-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.6e-12284.19Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CST5 uncharacterized protein LOC103504564 isoform X24.7e-12584.13Show/hide
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A0A5A7TTY1 DUF3675 domain-containing protein/RINGv domain-containing protein4.7e-12584.13Show/hide
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A0A6J1E7E6 E3 ubiquitin-protein ligase MARCH8-like4.1e-12183.76Show/hide
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A0A6J1JN85 E3 ubiquitin-protein ligase MARCH113.2e-12183.46Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0JN69 E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF31.1e-0634.33Show/hide
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Q5I0I2 E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF22.9e-0730Show/hide
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Q86UD3 E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF31.1e-0634.33Show/hide
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Q99M02 E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF21.1e-0630Show/hide
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Q9DBD2 E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF82.3e-0729.9Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G01275.1 RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein5.8e-6750.92Show/hide
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AT2G01275.2 RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein5.8e-6750.92Show/hide
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        DT CEICHQ+FKP YTAPPPL ++G +PL+FRGNW IS+R+     +I +V ++ +  D  Y     S+ +S +CC S+ + FM LLILRHTLPL+   +
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AT2G02960.2 RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein2.6e-4346.07Show/hide
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        +Y E+ AS+AS    C S A+  M LL+LRH L +  +  G+   P  +L  + LR  G  LP Y+M   I+ + RRR
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AT2G02960.4 RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein2.6e-4346.07Show/hide
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AT5G38070.1 RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein9.0e-5243.64Show/hide
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        MGDH VL+VDRL ++S L         T+       D +  D  S  +         K V+CRIC DEDED NM+TPCSC G+LK+AH  C+Q+WCNEKG
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Query:  DTICEICHQQFKPGYTAPPPLFDMGRIPLNFRGNWEISRRDLESPSYIAMVSSNRSVADSDYDEFAASAASSVLCCHSVAITFMVLLILRHTLPLMFNET
        DT+CEIC QQ+KPGYTAP  LF    I +NF  +W I   DL +P ++         AD D+D ++  + +S++CC  +A+ F++LL LRH+LP++    
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Query:  GDYSFPLLLSICLRTFGIFLPIYVMFKVITAVHRRR
         D+S  LL+   +RT GI L  YV FK    + R R
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TGATTTGAAGAGAGACAGGTCCTCCCCGGAAATGGTATTTGAAGATATAGCATCTCCAAAGAAAATGGTGGAATGTAGAATATGCCAGGATGAGGATGAAGACTTGAACA
TGGAAACGCCCTGCTCGTGCCGTGGCAGCCTTAAGTATGCACATCGAAGATGCATTCAGAAGTGGTGTAATGAGAAGGGTGACACAATTTGTGAAATATGCCACCAGCAA
TTCAAACCAGGTTACACGGCTCCTCCTCCTTTATTTGACATGGGGCGTATCCCATTGAACTTCAGGGGGAACTGGGAGATTTCTAGAAGGGACTTGGAGAGTCCTAGCTA
TATAGCAATGGTTTCATCAAATCGCAGCGTCGCTGATTCCGACTATGATGAGTTTGCAGCTTCTGCTGCAAGCAGTGTGCTATGCTGCCATTCAGTTGCTATCACTTTCA
TGGTTCTTCTGATTTTGAGGCACACTCTTCCCCTCATGTTTAATGAAACCGGTGATTACTCTTTCCCTCTGCTTCTGTCGATATGCCTGCGAACTTTTGGGATCTTTCTA
CCGATATATGTTATGTTCAAAGTAATCACTGCAGTTCATCGTCGTCGACTTCTCCTGGCCACGCCTTCTAGTTCACCTGTTAGTTCATCCAACATAGCTCGGAGTTCGAT
GTCCCAATCGACCCAACCTCAGCCTTACATTATCCGTGTTCGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGGTTGATCGGTTGTTGACGGAGTCGACATTAGAAGCAGCGATCGAGAGCCGAAGGCAGACGATGGAAGCGACATCCTCTTCCCCAGATGATTTGAAGAGAGACAGGTCC
TCCCCGGAAATGGTATTTGAAGATATAGCATCTCCAAAGAAAATGGTGGAATGTAGAATATGCCAGGATGAGGATGAAGACTTGAACATGGAAACGCCCTGCTCGTGCCG
TGGCAGCCTTAAGTATGCACATCGAAGATGCATTCAGAAGTGGTGTAATGAGAAGGGTGACACAATTTGTGAAATATGCCACCAGCAATTCAAACCAGGTTACACGGCTC
CTCCTCCTTTATTTGACATGGGGCGTATCCCATTGAACTTCAGGGGGAACTGGGAGATTTCTAGAAGGGACTTGGAGAGTCCTAGCTATATAGCAATGGTTTCATCAAAT
CGCAGCGTCGCTGATTCCGACTATGATGAGTTTGCAGCTTCTGCTGCAAGCAGTGTGCTATGCTGCCATTCAGTTGCTATCACTTTCATGGTTCTTCTGATTTTGAGGCA
CACTCTTCCCCTCATGTTTAATGAAACCGGTGATTACTCTTTCCCTCTGCTTCTGTCGATATGCCTGCGAACTTTTGGGATCTTTCTACCGATATATGTTATGTTCAAAG
TAATCACTGCAGTTCATCGTCGTCGACTTCTCCTGGCCACGCCTTCTAGTTCACCTGTTAGTTCATCCAACATAGCTCGGAGTTCGATGTCCCAATCGACCCAACCTCAG
CCTTACATTATCCGTGTTCGGTGAGTTTTATACCAGCTCGGAGAAATTCTATTTCAAGGCTGAAAACTGGTGTAGCTGTGAATATCTTAATGCAGAAAGTTTCATGGCTG
TAGCCTTCTCAGCTTCAAGTGGAAAATCACATTGTAAAGGATAGAAAAGAAAGAAATTTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATAGATGTTTGAAATTGTTATGCAGCTGA
TACAGGATTGCTTGCTTTAGAAAATCTCTGTACAGAAAAGGAAAATACAAAATAAAAGATATATGTATAGTAGCCCTCTGTATGATTGGGCTTTTTATGTTATTGTTG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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PIYVMFKVITAVHRRRLLLATPSSSPVSSSNIARSSMSQSTQPQPYIIRVR