; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0009780 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0009780
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationLG05:77367028..77368305
RNA-Seq ExpressionTan0009780
SyntenyTan0009780
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
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GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.7e-14697.71Show/hide
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A0A5D3DAQ5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.7e-14697.71Show/hide
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.1e-14597.32Show/hide
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.1e-14697.33Show/hide
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A0A6J1KQK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic6.9e-14597.33Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.9e-13990.57Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)4.5e-14192.94Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic5.3e-14292.83Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.3e-14090.08Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.7e-14090.91Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.2e-13386.74Show/hide
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        RWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA 
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Query:  DPEAFAELKVKELKNGRLTMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLDDPVNNNAWAYATNFVPGK
        DPEAFAELKVKELKNGRL MFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.2e-13386.74Show/hide
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        STMALSSP+ AGKAV L+P++ E+LG+GRV+MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIHS
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        RWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA 
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        DPEAFAELKVKELKNGRL MFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 13.2e-13487.12Show/hide
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        STMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+LG+GRV+MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIHS
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        RWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA 
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        DPEAFAELKVKELKNGRL MFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B24.6e-13386.79Show/hide
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        +STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++LG+GRV+MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIH
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Query:  SRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGLA
        SRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA
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Query:  DDPEAFAELKVKELKNGRLTMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLDDPVNNNAWAYATNFVPGK
         DPEAFAELKVKELKNGRL MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B16.4e-13586.69Show/hide
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        STMALSSP+L GKAVKL+P++ E+ G GR++MRK++  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIHSR
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Query:  WAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADD
        WAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA D
Subjt:  WAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADD

Query:  PEAFAELKVKELKNGRLTMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLDDPVNNNAWAYATNFVPGK
        PEAFAELKVKELKNGRL MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  PEAFAELKVKELKNGRLTMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLDDPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCACAACCTCAACAATGGCTCTGTCTTCTCCGTCACTGGCCGGAAAGGCAGTGAAACTGACTCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGAAACGGCAGAGTCAGCAT
GAGGAAATCAGCCGCGAAGTCCGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCGTCCTACCTGACGGGAG
AATTTCCGGGTGACTACGGCTGGGATACTGCCGGACTTTCTGCTGATCCGGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATACACTCAAGGTGGGCTATGCTCGGA
GCTCTGGGGTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTGTCCCGGAACGGCGTGAAGTTCGGGGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCCGGTTCTCAGATATTCAGCGAAGGAGGACTCGACTA
TTTGGGGAACCCAAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTTGCCATTTGGGCCTCACAGGTGGTTCTGATGGGCGCCGTCGAAGGATACCGCATCGCCGGAGGCCCACTTG
GAGAGATAACCGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGTTTTGACCCGTTGGGTCTTGCAGATGACCCGGAAGCATTTGCAGAGTTGAAGGTGAAGGAGTTGAAGAATGGAAGA
TTGACTATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATTGTCACCGGAAAGGGTCCACTGGAGAATCTTGCTGACCATCTTGATGATCCAGTCAACAACAATGCCTG
GGCTTACGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTCTTCAGGTGTCACAGTAAAAGCATTTGTGTAATTCAGTTGGTTCCAATAATGGCGGCCACAACCTCAACAATGGCTCTGTCTTCTCCGTCACTGGCCGGAAAGGCAG
TGAAACTGACTCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGAAACGGCAGAGTCAGCATGAGGAAATCAGCCGCGAAGTCCGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCCGACCGT
GTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCGTCCTACCTGACGGGAGAATTTCCGGGTGACTACGGCTGGGATACTGCCGGACTTTCTGCTGATCCGGAGACCTT
CGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATACACTCAAGGTGGGCTATGCTCGGAGCTCTGGGGTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTGTCCCGGAACGGCGTGAAGTTCGGGGAAG
CGGTGTGGTTCAAGGCCGGTTCTCAGATATTCAGCGAAGGAGGACTCGACTATTTGGGGAACCCAAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTTGCCATTTGGGCCTCACAG
GTGGTTCTGATGGGCGCCGTCGAAGGATACCGCATCGCCGGAGGCCCACTTGGAGAGATAACCGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGTTTTGACCCGTTGGGTCTTGCAGA
TGACCCGGAAGCATTTGCAGAGTTGAAGGTGAAGGAGTTGAAGAATGGAAGATTGACTATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATTGTCACCGGAAAGGGTC
CACTGGAGAATCTTGCTGACCATCTTGATGATCCAGTCAACAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGAACCACAATATATATAATATAATAT
ATATATGTAGTGTGATCATGATGAGTTACTTAATTAATTCCCCCTTTAAAGTTTGAGTCTGAAATGGAATTAGGTTTAATTCCAATTGATTGAGAAATGAAATTCTTCAG
GTTCAATGTGGAGATGTATTGAAGTTTTATAAGCTATAGTTTAAATCAATATTAGGATTAAGGGCAACATACTCCACTTTTAATTTGTGCTTATAATTTCTAGTTATTTA
GTCTATAAATTTTAAAATGTTAAACTTTTATCTCTCCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAATTSTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSAAKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLG
ALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGR
LTMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLDDPVNNNAWAYATNFVPGK