; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0010386 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0010386
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationLG05:77376359..77377687
RNA-Seq ExpressionTan0010386
SyntenyTan0010386
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_038877609.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]6.8e-14798.48Show/hide
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A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.5e-14798.48Show/hide
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A0A5D3DAQ5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.5e-14798.48Show/hide
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.3e-14698.09Show/hide
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.3e-14798.1Show/hide
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A0A6J1KQK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.8e-14698.1Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)5.3e-14293.73Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.6e-14393.96Show/hide
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P27491 Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic1.7e-14090.23Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic5.3e-14290.87Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic6.9e-14291.7Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 34.9e-13587.55Show/hide
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         DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 24.9e-13587.55Show/hide
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        ASTMALSSP+ AGKAV L+P++ E+LG+GRV+MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIH
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        SRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA
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         DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.3e-13587.92Show/hide
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        ASTMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+LG+GRV+MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIH
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        SRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B25.4e-13487.55Show/hide
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        +STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++LG+GRV+MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIH
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Query:  SRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGLA
        SRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B12.6e-13687.5Show/hide
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        ASTMALSSP+L GKAVKL+P++ E+ G GR++MRK++  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVIHS
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Query:  RWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGLAD
        RWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGLA 
Subjt:  RWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGLAD

Query:  DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCACAGCCTCAACAATGGCTCTGTCTTCTCCGTCACTGGCCGGAAAGGCAGTGAAACTGACTCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGAAACGGCAGAGTCAGCAT
GAGGAAATCGGCCGCGAAGTCCGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCGTCCTACCTGACGGGAG
AATTTCCGGGTGACTACGGCTGGGATACTGCCGGACTTTCTGCTGATCCGGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATACACTCAAGGTGGGCTATGCTCGGA
GCTCTGGGGTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTGTCACGGAACGGCGTGAAGTTCGGGGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCCGGTTCTCAGATATTCAGCGAAGGAGGACTCGACTA
TTTGGGGAACCCAAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTTGCCATTTGGGCCTCACAGGTGGTTCTGATGGGCGCCGTCGAAGGATACCGCATCGCCGGAGGTCCACTTG
GAGAGATAACCGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGTTTCGACCCGTTGGGTCTTGCAGATGACCCGGAAGCATTTGCAGAGTTAAAGGTGAAGGAGTTGAAGAATGGAAGA
TTGGCAATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATTGTCACTGGAAAGGGTCCACTGGAGAATCTTGCTGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCCTG
GGCTTACGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCCAATGAAATCATGACACGATAAGAAAAATCTCCTATATAAAAACCGAAACTCAACGGCTTTGTCATCACAATCACAATTCACAACACAAAAGCAAGCAACTTCCTCAG
GTGTCACAGTAAAAGCATTTGTGTAATTCTGTTGGTTCCAATAATGGCGGCCACAGCCTCAACAATGGCTCTGTCTTCTCCGTCACTGGCCGGAAAGGCAGTGAAACTGA
CTCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGAAACGGCAGAGTCAGCATGAGGAAATCGGCCGCGAAGTCCGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGTAT
TTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCGTCCTACCTGACGGGAGAATTTCCGGGTGACTACGGCTGGGATACTGCCGGACTTTCTGCTGATCCGGAGACCTTCGCCAAGAA
CCGTGAGCTCGAAGTCATACACTCAAGGTGGGCTATGCTCGGAGCTCTGGGGTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTGTCACGGAACGGCGTGAAGTTCGGGGAAGCGGTGTGGT
TCAAGGCCGGTTCTCAGATATTCAGCGAAGGAGGACTCGACTATTTGGGGAACCCAAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTTGCCATTTGGGCCTCACAGGTGGTTCTG
ATGGGCGCCGTCGAAGGATACCGCATCGCCGGAGGTCCACTTGGAGAGATAACCGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGTTTCGACCCGTTGGGTCTTGCAGATGACCCGGA
AGCATTTGCAGAGTTAAAGGTGAAGGAGTTGAAGAATGGAAGATTGGCAATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATTGTCACTGGAAAGGGTCCACTGGAGA
ATCTTGCTGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGAACCACAATAAATATATATATATATATATATATA
TATATATACACATATATATATGTAGTGTGATCATGATGAGTTACTTAATTAATTCCTCCTTTGAAGTTTCAGTGTGAAATGGAATTAGGTTTAATTCCAATTAATTGAGA
AATTAAATTCTCTTTATATAATTCAGGTTCAATGTGGACAGTATTGAAGTTTTATAAGCTATAGTTTAAATCAATATTAGGATTAAGGAGAAAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAATASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSAAKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLG
ALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGR
LAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK