CuGenDBv2

Gene ID	Tan0010511
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Photosystem II CP47 reaction center protein
Genome location	Contig00127:46839..49298
RNA-Seq Expression	Tan0010511
Synteny	Tan0010511
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000932 - Photosystem antenna protein-like IPR017486 - Photosystem II CP47 reaction centre protein IPR036001 - Photosystem antenna protein-like superfamily

Homology

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A0A6H0EVW1 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.1e-289

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SwissProt top hits

e value

%identity

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Q2MI75 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.3e-289

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        PTTKR
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Q2MIG2 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.3e-289

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        PTTKR
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Q33C06 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.3e-289

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        PTTKR
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Q3C1K3 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.3e-289

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        PTTKR
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Q7FNS4 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.3e-289

94.65

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        PTTKR
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

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ATCG00280.1 photosystem II reaction center protein C

2.0e-17

21.56

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        G  W+  +  ++N  G+LL  H+ H  L+  WAG+M L+E+A F P      PM+ QG+ ++P +  LG     GG  I        G+           
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         G Y  + G   +     F   +W      +       L   G GAF +    LY  G+   W     D   +T    + +  +G     PF   G    
Subjt:  -GSYEGVAGAHIVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERLGCFGFGAFHVT--GLYGPGI---WV---SDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGG----

Query:  ------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAG
              I   H+  G++ I  G++H+  +P     + L + + E  LS S+AA+    F+    +W+ +   P E +GPT  +  Q         +    
Subjt:  ------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAG

Query:  LAENQSLSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADV-PFRRAESKY
        L  +Q L               Y+  +P    +F   +M   D +   WL     R   G +L                      ++ D+ P++   S  
Subjt:  LAENQSLSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADV-PFRRAESKY

Query:  SVEQVGVTVEFYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFAGIDPDLDAQV
                                    +Y   A LG +  +     + + V   SPR W +  H       F GH+WH  R   R   AG +  +D   
Subjt:  SVEQVGVTVEFYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFAGIDPDLDAQV

Query:  E
        E
Subjt:  E

ATCG00680.1 photosystem II reaction center protein B

7.0e-289

94.06

Show/hide

Query:  MGLPWYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIGSYEGVAGAH
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Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERLG--------------------CFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
        IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER G                    CFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTG+VQ VNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
Subjt:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERLG--------------------CFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS

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        PTTKR
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Sequences

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CDS sequence

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mRNA sequence

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Protein sequence

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LFFFGHIWHGARTLFRDVFAGIDPDLDAQVEFGAFQKLGDPTTKRV

Tan0010511 (gene) of Snake gourd v1 genome