; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0011551 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0011551
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionArginine/serine-rich splicing factor, putative
Genome locationLG01:102216478..102221088
RNA-Seq ExpressionTan0011551
SyntenyTan0011551
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]9.6e-9595.83Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]7.4e-9597.38Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]2.1e-9496.86Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]3.1e-9395.81Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.4e-9597.38Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein4.7e-9595.83Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.0e-9395.29Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like3.6e-9597.38Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.0e-9496.86Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.5e-9395.81Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.1e-7274.76Show/hide
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        G+K+RRRSRS
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A3.8e-6273.2Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.2e-6170.31Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ ++DGKNGWRVELS NS        GGR R GGS++KCYECGE G
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ234.8e-5764.56Show/hide
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        HFARECRLR G GG G G   +          GR RSRSPRYRRSPSYGR   SPR RSP+RRS S      R RSYSRSPP                RE
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Query:  ELPYAN
        E PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.1e-7276.21Show/hide
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        ECGE GHFARECR RGG G         GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANGNG+KD
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 213.6e-5564.65Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  +D KNGWRVELSH  +GG GG GG RG  G  D KCYECGE G
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        HFARECR           G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 213.6e-5564.65Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  +D KNGWRVELSH  +GG GG GG RG  G  D KCYECGE G
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        HFARECR           G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein7.6e-7476.21Show/hide
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        ECGE GHFARECR RGG G         GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANGNG+KD
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         RRSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 227.6e-7474.76Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R          GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANGN
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        G+K+RRRSRS
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 227.6e-7474.76Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R          GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANGN
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        G+K+RRRSRS
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTGTACGTTGGGAATTTGGATCCAAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTCGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATACGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
CCCAGGTTATGCCTTTATAGATTTTGATGACCCCAGAGATGCACGGGATGCAATCCATGAAATAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCATAATTCCAGAG
GGGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGGGGCCGTGGCCGTTCTGGTGGTTCTGATCTAAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGTGGC
GGCGGTGGTGGTGCCGGTGGTGGAGGCGGTGGTGCAGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCACGATACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGG
AAGATCTCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCACCTCCATATCGTGGTAGAGAGGAGCTTCCTTATGCCAACGGAAATGGCGTAAAAG
ACCGGCGTCGGAGCAGGAGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTAGAATTCGCGAAATTTGTGGAAATTTACTAATTTCAAAACTTTCAAGGAGTCCGACCTAAATTCGTCGGGTATATTTAAGCCATTCCGTAGTACAGGAAAACCAAAA
TATCTGAACCTTGAAGAGAGAAACCCGTAGGGCTGCTAGGGTTTTTTCGGTTACTTTGTTAAAAAATGTCTCGTGTGTACGTTGGGAATTTGGATCCAAGGGTCTCTGAG
CGCGAGCTCGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATACGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACCCCCAGGTTATGCCTTTATAGATTTTGATGACCCCAGAGATGCACG
GGATGCAATCCATGAAATAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCATAATTCCAGAGGGGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGGGGCCGTGGCCGTTCTGGTGGTT
CTGATCTAAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGTGGCGGCGGTGGTGGTGCCGGTGGTGGAGGCGGTGGTGCAGGAAGAAGA
CGTAGCCGCAGTCCACGATACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTA
TAGCAGATCACCTCCATATCGTGGTAGAGAGGAGCTTCCTTATGCCAACGGAAATGGCGTAAAAGACCGGCGTCGGAGCAGGAGCTGAGGAATACGGACTTCTCAACTTG
CCTTAGTTAAACACAGGATGTTTAGAGGATTACTCCAATTCTATGTGTTTTTAGTGGTTGGACTTCGTAAGGGACCTTTATAAAATCGGGCGACGCCCTCAGCCTCTACT
TTTGAGTTTGGATAAGTCCTTTCTATCTTTGATTTGAATTGTTTTTCTTATATCCCTTCAGTATAGTCGTAGGAATCTATATTCTAAAGTATTAATAGTTCATATTTATT
TTGATAATGTTATTAAGCAAATGTCTTGAAGGGCACTGCTAAAGATGTATGTTTTTTTTTTTCCTTGTTGAGGTGTCGTCTCGTTCTGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTT
GTCGTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTGCCCTATCCTGGGATTTCGTTCTACACTCCCCAGCTCTGGGATCTTCAATTTGAAAGGTTGTAGGTCCCAGCCGG
CTACAAATGTAGATGCTACTATTTGATTGAATCTCTGCGGTTGTGTTGCACGCTCTCATAATGTTTATGGGATTCCTTTTTATTTAACTTGAGGCATGAGGAACGGCATC
AAATGCTTCTGGACAGCCCTGCTCTCTTGGCGATGTGTTTAAGTGAATTGTCTCAAGATGAGCCACTTCTTACCCGACTGAGTGCTAGTTGGGAGTTCTCTTCGGTGCCC
GAAAGTGGTATTTTCCTGCTGTGGTGAATACCATATTGACTACCCATTTCCATGATTCTTTAGATTATCGCGTTCGTGTTCAAGTTTGTTCTAGCAGAGACTATTTGGGT
TTGGCATCGAAAGTCGCGCCCGCCAAATTCCCTTCAACCTTAGTAGACGGCTGATAGGTCTCTCTGCTTGATAATTATGCACGGTCTATGTAATTAATTAAGATCTGTAA
TTTGCTTTGCTTTTTTCTTTTCCAAAGATTTCTTTGCCAGGCTGGATCATTTGAATTTATTTATTATAGGTTTTTTAGAATATTTGAATAGCCATAGCTGGAAATGGTAG
TCATAACGTTGGCTCTACTGAGTTCTCTCTCCAATGCGGATTGATTGATTCCTAATTGGACTAATGGATTTGAAGGGGGTTCTTCTGCATGTTTTCTTCTATAAATGAAA
TATGAATTGCTCCTTATGAATATTGATTTTGATTTATTACAATTTACAACATGTTTTATGGGAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHEIDGKNGWRVELSHNSRGGGGGRGGGRGRSGGSDLKCYECGEPGHFARECRLRG
GGGGAGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREELPYANGNGVKDRRRSRS