; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0013243 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0013243
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionPhotosystem I assembly protein Ycf3
Genome locationContig00034:66876..68003
RNA-Seq ExpressionTan0013243
SyntenyTan0013243
Gene Ontology termsGO:0015979 - photosynthesis (biological process)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001440 - Tetratricopeptide repeat 1
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
IPR019734 - Tetratricopeptide repeat


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG5222305.1 photosystem assembly related protein [Salix suchowensis]2.3e-6696.12Show/hide
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YP_009750678.1 hypothetical chloroplast RF3 [Dipterocarpus turbinatus]5.1e-6694.78Show/hide
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YP_010045065.1 hypothetical chloroplast RF3 [Wrightia laevis]3.5e-6794.81Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A411GXN2 Photosystem I assembly protein Ycf32.5e-6694.78Show/hide
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A0A6G7S8P3 Photosystem I assembly protein Ycf32.5e-6694.78Show/hide
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A0A6M3S6C6 Photosystem I assembly protein Ycf35.5e-6694.78Show/hide
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A0A7N2N7U5 Uncharacterized protein8.4e-6789.51Show/hide
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A0A7S9H3N8 Hypothetical chloroplast RF31.7e-6794.81Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0ZZ36 Photosystem I assembly protein Ycf35.3e-6691.79Show/hide
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Q2L906 Photosystem I assembly protein Ycf35.3e-6691.79Show/hide
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Q49KZ7 Photosystem I assembly protein Ycf35.3e-6691.79Show/hide
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Q4VZH4 Photosystem I assembly protein Ycf39.6e-6894.03Show/hide
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Q9MTP0 Photosystem I assembly protein Ycf35.3e-6691.79Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G11540.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein1.8e-0535.63Show/hide
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AT3G11540.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein2.6e-0437.14Show/hide
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ATCG00360.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein7.8e-6588.81Show/hide
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        WF QAAEYWKQAI LTPGNYIEAQNWL ITRRF+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCTTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACGAAAGCTTTGGAATATTATTTTCGGGCACTAGAACGAAACCCGTTCTTACCACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATCT
GTCATTACGTGAATTTACCTGCCTATTCCGACCGGGGAGAACAGGCCATTCGACAGGGAGATTCTGAAATTGCGGAGGCTTGGTTCAATCAAGCCGCTGAGTATTGGAAA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GTCATTACGTGAATTTACCTGCCTATTCCGACCGGGGAGAACAGGCCATTCGACAGGGAGATTCTGAAATTGCGGAGGCTTGGTTCAATCAAGCCGCTGAGTATTGGAAA
CAAGCTATAGCACTTACTCCCGGTAATTATATTGAAGCACAAAATTGGTTGAAGATCACAAGGCGTTTCAAATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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