CuGenDBv2

Gene ID	Tan0013675
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Photosystem II CP47 reaction center protein
Genome location	Contig00034:96724..98196
RNA-Seq Expression	Tan0013675
Synteny	Tan0013675
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0050821 - protein stabilization (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0042301 - phosphate ion binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000932 - Photosystem antenna protein-like IPR017486 - Photosystem II CP47 reaction centre protein IPR036001 - Photosystem antenna protein-like superfamily

Homology

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ASM82554.1 photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein [Juglans sigillata]

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RWR97776.1 photosystem II CP47 reaction center-like protein [Cinnamomum micranthum f. kanehirae]

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YP_009752522.1 photosystem II 47 kDa protein [Trichosanthes tubiflora]

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A0A288XS09 Photosystem II CP47 reaction center protein

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A0A443Q421 Photosystem II CP47 reaction center-like protein

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A0A4U5QTE8 PsbB (Chloroplast)

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A0A6H0EQM5 Photosystem II CP47 reaction center protein

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A0A6H0EU49 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.0e-263

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q09WZ1 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.2e-263

96.44

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Q2QD63 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.3e-263

97.1

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Q33C06 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.2e-263

96.44

Show/hide

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Q3C1K3 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.2e-263

96.44

Show/hide

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Query:  FYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGFFFVAVQG
        FYGGELNGVSY DPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDG F  + +G
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Q7FNS4 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.2e-263

96.44

Show/hide

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        MG   YRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGT+TNPGIWSYEGVAGAH
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Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
        IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSG+ CFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTG+VQ VNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
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        HHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSE
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        AWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHP+FRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVE
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Query:  FYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGFFFVAVQG
        FYGGELNGVSY DPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDG F  + +G
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00280.1 photosystem II reaction center protein C

5.3e-18

26.71

Show/hide

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        GF  +  +  ++N  G+LL  H+ H  L+  WAG+M L+E+A F P      PM+ QG+ ++P +  L       GW +  GG + +   +   GV   H
Subjt:  GFVSYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSI-TGGTITNPGIWSYEGVAGAH

Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER------TGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCF--GFGAFHVTGLY---GPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEG
        ++ S +     I+H +     +  +E         K    +  I GIHL L G+G F   F A +  G+Y    PG    D   +T    + +  +G   
Subjt:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER------TGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCF--GFGAFHVTGLY---GPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEG

Query:  FDPFVPGG----------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPT
          PF   G          I   H+  G++ I  G++H+  +P     + L + + E  LS S+AA+    F+    +W+ +   P E +GPT
Subjt:  FDPFVPGG----------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPT

ATCG00680.1 photosystem II reaction center protein B

6.6e-263

95.77

Show/hide

Query:  MGFVSYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAH
        MG   YRVHTVVLNDPGRLL+VHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGW+ITGGTITNPG+WSYEGVAGAH
Subjt:  MGFVSYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAH

Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
        IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSG+ CFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTG+VQ VNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
Subjt:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS

Query:  HHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSE
        HHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSE
Subjt:  HHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSE

Query:  AWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVE
        AW+KIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFR+KEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVE
Subjt:  AWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVE

Query:  FYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGFFFVAVQG
        FYGGELNGVSY DPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDG F  + +G
Subjt:  FYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGFFFVAVQG

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGTTTTGTATCGTATCGTGTTCATACCGTTGTATTGAATGATCCCGGTCGTTTGCTTTCTGTTCATATAATGCATACAGCTCTAGTTGCTGGTTGGGCCGGTTCAAT
GGCCCTATACGAATTAGCAGTTTTTGATCCCTCTGATCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCCTTCATGACTCGTTTAGGAATAACCAATT
CATGGGGGGGTTGGAGTATCACAGGAGGGACTATAACGAATCCGGGTATTTGGAGTTACGAAGGTGTGGCCGGAGCACATATTGTGTTTTCTGGATTGTGCTTCTTAGCA
GCTATCTGGCATTGGGTGTATTGGGATCTCGAAATATTTTGTGATGAACGTACAGGAAAACCCTCTTTGGATTTGCCGAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTCTCAGG
GTTGGGTTGCTTCGGTTTTGGCGCATTTCATGTAACAGGATTGTATGGTCCGGGAATATGGGTATCCGATCCTTATGGATTAACCGGAAGGGTACAAGCTGTAAATCCTG
CGTGGGGTGTCGAAGGGTTTGATCCTTTTGTTCCGGGCGGAATAGCCTCTCATCATATTGCAGCAGGTACATTGGGCATATTAGCGGGCCTATTCCATCTTAGTGTTCGT
CCGCCCCAACGTCTATACAAAGGATTACGTATGGGAAATATTGAAACCGTCCTTTCGAGTAGTATCGCTGCTGTCTTTTTTGCAGCTTTTGTTGTTGCTGGAACTATGTG
GTATGGTTCAGCAACTACCCCGATTGAATTATTTGGTCCCACTCGTTATCAATGGGATCAGGGATACTTCCAGCAAGAAATATATCGAAGAGTTAGTGCCGGGCTAGCGG
AAAATCAAAGTTTATCAGAAGCTTGGTCTAAAATTCCTGAAAAATTAGCTTTTTATGATTACATCGGGAATAATCCCGCAAAAGGTGGATTATTCAGAGCGGGTTCCATG
GACAACGGGGATGGAATAGCTGTTGGGTGGTTAGGACACCCTGTTTTTAGAGATAAAGAAGGGCGCGAACTTTTTGTACGCCGTATGCCGACCTTTTTTGAAACATTTCC
GGTTGTTTTAGTAGACGGAGACGGAATTGTTAGAGCCGATGTTCCTTTTCGAAGAGCAGAATCGAAGTATAGTGTTGAACAGGTCGGTGTAACAGTTGAGTTCTATGGCG
GTGAACTCAATGGAGTCAGTTATAGGGATCCTGCTACTGTGAAAAAATATGCTAGACGTGCTCAATTGGGTGAAATTTTTGAATTAGATCGTGCTACTTTGAAATCCGAT
GGTTTTTTTTTCGTAGCAGTCCAAGGGGTTGGTTTACTTTTGGGCATGCTTCGTTTGCTTTGCTCTTCTTCTTCGGACACATTTGGCATGGTGCTAGAACCTTGTTCAGA
GATGTCTTTGCTGGGATTGACCCAGATTTGGACGCTCAAGTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGFVSYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAHIVFSGLCFLA
AIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIASHHIAAGTLGILAGLFHLSVR
PPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSM
DNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYRDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSD
GFFFVAVQGVGLLLGMLRLLCSSSSDTFGMVLEPCSEMSLLGLTQIWTLK

Tan0013675 (gene) of Snake gourd v1 genome