; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0015382 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0015382
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationLG03:61596100..61598015
RNA-Seq ExpressionTan0015382
SyntenyTan0015382
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.0e-8696.97Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]1.1e-8595.94Show/hide
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XP_022156221.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Momordica charantia]1.5e-8797.98Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]1.2e-8797.47Show/hide
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XP_022978292.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita maxima]3.2e-8594.42Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.3e-8695.94Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.3e-8695.94Show/hide
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A0A6J1DU94 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.5e-8897.98Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.7e-8897.47Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.7e-8897.47Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR11.6e-3958.77Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 11.4e-3863.73Show/hide
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Q61B10 Probable H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein5.4e-3559.11Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 13.1e-5978.92Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 29.2e-5173.87Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein2.2e-6078.92Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein6.5e-5273.87Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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