CuGenDBv2

Gene ID	Tan0018066
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	30S ribosomal protein S15, chloroplastic
Genome location	LG04:84330934..84335166
RNA-Seq Expression	Tan0018066
Synteny	Tan0018066
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000589 - Ribosomal protein S15 IPR005290 - Ribosomal protein S15, bacterial-type IPR009068 - S15/NS1, RNA-binding

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6606822.1 Thymidylate kinase, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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KAG7036528.1 rpsO [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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XP_022948487.1 uncharacterized protein LOC111452150 [Cucurbita moschata]

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XP_022998182.1 uncharacterized protein LOC111492906 [Cucurbita maxima]

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XP_023523996.1 uncharacterized protein LOC111788072 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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TrEMBL top hits

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A0A0A0KVK2 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A1S3BXJ5 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A5A7TSB7 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

1.0e-185

78.63

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A0A6J1G9E3 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

4.4e-208

86.27

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A0A6J1K776 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

3.9e-209

86.49

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Query:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSMS
        LEEIRKNLSEFRSRSSVP PSELG +P SSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKG+D + P    + GRS ML FDSIRESLR+VSSS+ MQNERKSGDSMS
Subjt:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSMS

Query:  LSAFKNSLKLKPSDPSS------TERLPSSVFGKETRDRKDGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKETES
        LSAFKNSLKLKP DP+S      TERLP+SVFGKE  DRK GEN+GMKTEFV+MYSHGELG+KLRALRPEK KGKNWFSLTELNERL+KLR MEEKETES
Subjt:  LSAFKNSLKLKPSDPSS------TERLPSSVFGKETRDRKDGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKETES

Query:  SIGGISFQDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLLGQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTT
         IGGISFQDLR+SLVKMK++DDEKAKK TIQRLD+LGQ GRTPN+MLQPP+EHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIEL KVR+EFKMSESDCGSARVQVAQLTT
Subjt:  SIGGISFQDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLLGQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTT

Query:  KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLRDNPDYKN
        KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYC+VLNKL  RDNPDYKN
Subjt:  KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLRDNPDYKN

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A8F724 30S ribosomal protein S15

6.0e-13

51.22

Show/hide

Query:  ELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR
        E  K+ ++F+++E D GSA VQVA LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ MV  R+KLL+YLR+++ ESY  ++ KL+LR
Subjt:  ELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR

B0K1D1 30S ribosomal protein S15

6.6e-12

47.62

Show/hide

Query:  KIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR
        K +  ++ ++FK+ ++D GS  VQ+A LT +IN+L A L  HKKD HS++GLL MV  R+ LL YL +TD E Y  ++ KL LR
Subjt:  KIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR

B0K9P5 30S ribosomal protein S15

6.6e-12

47.62

Show/hide

Query:  KIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR
        K +  ++ ++FK+ ++D GS  VQ+A LT +IN+L A L  HKKD HS++GLL MV  R+ LL YL +TD E Y  ++ KL LR
Subjt:  KIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR

O66594 30S ribosomal protein S15

6.6e-12

Show/hide

Query:  EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR
        +F+  E D GS  VQ+A LT +IN LT  +  HKKD HS++GL+AMV  R+KLL+YLR TD+  Y  V+ KL+L+
Subjt:  EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR

Q8RHN4 30S ribosomal protein S15

8.7e-12

52.33

Show/hide

Query:  KLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR
        + K E+ K   EF  SE+D GS  VQ+A LT KINHLT  L  HKKD HS+ GLL MV  RK+LL YL + D E Y  ++ KL +R
Subjt:  KLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G15810.1 S15/NS1, RNA-binding protein

1.1e-78

44.62

Show/hide

Query:  MALQLSLRPKNPKIITNPSLIHLFSSNSS-APSDPNDEPADTSSSAPTGSAQSPMSSYFSDVKDRLKQQQQSPSSPSARKPSYSFTSIPNRSSSPASKAA
        MAL L+ R  + ++ +N SLI  FS++SS +P    + P +  S +P+  + S  S  F D+K+ LK + Q+      +    S     NR S+  S   
Subjt:  MALQLSLRPKNPKIITNPSLIHLFSSNSS-APSDPNDEPADTSSSAPTGSAQSPMSSYFSDVKDRLKQQQQSPSSPSARKPSYSFTSIPNRSSSPASKAA

Query:  SLEEIRKNLSEFRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSM
          + + KNL++F+ RS+VP P + G     S        IS   LYK++A     D   P +S   G +S    ++++    ++++S    N  K G   
Subjt:  SLEEIRKNLSEFRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSM

Query:  SLSAFKNSLKLKPSDPSSTERLPSSVFGKETRDRK--DGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKETESSIG
         L +FK+++          E LP  +F  +  + K  +GE +   TEF+  Y+  ELG KLR LRPE  K + WFSL ELN+RL+KLR +EEKE +    
Subjt:  SLSAFKNSLKLKPSDPSSTERLPSSVFGKETRDRK--DGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKETESSIG

Query:  GISFQDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLLGQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKIN
          +F  LR+ +   K   +E ++  + Q + ++G  G  P Y L PPKE LV+ YFHPDNMSSAEK+KIEL+KVR+EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI 
Subjt:  GISFQDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLLGQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKIN

Query:  HLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLRDNPDYK
        HL++ LHKKDKHS+KGLL MVQ RKKLLKYLRRTDW+SYCLVL+KLSLRDNPDYK
Subjt:  HLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLRDNPDYK

AT1G80620.1 S15/NS1, RNA-binding protein

3.9e-84

45.12

Show/hide

Query:  MALQLSLRPKNPKIITNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDEPADTSSSAPTGSAQSPMSSYFSDVKDRLKQQQQSPSSPSARKPSYSFTSIPNRSSSPASKAAS
        MAL L+ RPK  ++ +NPSLIHLFS++SS+ S    +  +++      S+   +SSYFS ++  LKQ Q    S   ++    F + P  S S       
Subjt:  MALQLSLRPKNPKIITNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDEPADTSSSAPTGSAQSPMSSYFSDVKDRLKQQQQSPSSPSARKPSYSFTSIPNRSSSPASKAAS

Query:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSMS
         ++IR+NL+EFRSR++ P P ++                  Q+L+K+N + K   +          R   +P  +I+ +LR++   +     + +    +
Subjt:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSMS

Query:  LSAFKNSLKLKPSD-------PSSTERLPSSVFGKETRDRKDGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKE-T
        LS  +N +K   +D         + E LP SV GKE  + +D   + MK+EF++ Y   ELG KLR  RPE  K + WFSL ELN+RL+KLRAMEE++  
Subjt:  LSAFKNSLKLKPSD-------PSSTERLPSSVFGKETRDRKDGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKE-T

Query:  ESSIGGISF-QDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLLGQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQ
        ++SI   SF  +LR    K      +  K    Q  ++ G    TP YML+PPK+ LVE YFHPDNMSSAEK+KIEL KVR+EFKMSESDCGSARVQVAQ
Subjt:  ESSIGGISF-QDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLLGQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQ

Query:  LTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLRDNPDYK
        LTTKI HL++VLHKKDKHS+KGL+AMVQ RKKLLKY+RRTDW+SYCL L+KL LRDNPDYK
Subjt:  LTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLSLRDNPDYK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTTCAACTCAGCCTCAGACCCAAAAACCCTAAAATTATTACCAATCCCTCTCTCATACACCTCTTCTCCTCCAATTCCTCTGCCCCATCTGATCCAAATGACGA
ACCCGCTGATACTTCTTCCTCCGCCCCTACTGGCTCTGCTCAATCTCCCATGTCCTCTTACTTCAGCGATGTCAAGGATCGCCTCAAACAGCAGCAGCAATCTCCTTCTT
CACCGAGTGCTAGAAAGCCTTCGTATTCATTCACTTCTATTCCGAATCGATCGAGTTCTCCGGCTTCAAAAGCCGCTTCACTGGAAGAAATCAGAAAGAATCTCTCTGAA
TTTCGGAGTCGATCGTCTGTGCCTCATCCCTCTGAGCTCGGTTCTTCACCTTCCTCTTCTGCTTCTTCGTCCTGGCAGCGCGGTATCTCGTTTCAAGAGCTTTACAAGAG
AAATGCGATGAGGAAGGGAGAGGATAGTAATGTACCTGCAGATTCGACGCAAGGTGGCCGGAGCAGCATGCTGCCGTTTGATTCTATTCGGGAGAGCTTGCGGCGGGTGA
GTTCATCGAGGGTTATGCAAAATGAACGAAAAAGTGGGGATTCAATGTCCTTATCGGCGTTTAAGAATAGCTTGAAATTGAAACCATCGGACCCGTCGTCGACAGAGAGG
TTGCCGTCGTCGGTTTTTGGGAAGGAGACGAGGGACAGAAAAGATGGGGAGAACAAGGGAATGAAGACGGAGTTTGTGAGGATGTATAGCCATGGGGAATTGGGGAGCAA
GTTGAGAGCTCTGAGGCCGGAAAAGGCAAAAGGGAAGAATTGGTTTTCATTGACGGAGTTGAACGAGAGGTTGATAAAGCTAAGGGCAATGGAGGAGAAGGAGACTGAGT
CGAGCATTGGAGGGATTTCATTCCAGGATTTGAGAGACAGCTTGGTTAAGATGAAGATAACTGACGATGAAAAGGCAAAGAAAATGACAATCCAGCGGCTCGATCTCTTG
GGTCAGCCAGGTCGAACACCGAACTATATGCTACAACCTCCAAAGGAACATCTTGTTGAAAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCATCTGCTGAAAAGCTGAAAATTGA
GTTAACAAAAGTTAGAGATGAATTTAAAATGTCGGAGTCAGACTGTGGATCTGCTCGGGTTCAAGTTGCACAACTTACCACTAAAATCAATCATCTAACTGCCGTCCTGC
ACAAGAAGGACAAGCATTCTAAGAAAGGTCTTCTTGCAATGGTGCAACTGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTACTGTCTAGTTCTT
AACAAACTCAGTCTTCGAGACAACCCGGATTACAAGAACTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CTTCCATAGGTTCATTTCTGAAACCCTAGTCACCTTCTTCTTCTTCTCTGTCAAAACCTCACTCCAAAACTTATCAGTTCCTCTTCCCATGGCGCTTCAACTCAGCCTCA
GACCCAAAAACCCTAAAATTATTACCAATCCCTCTCTCATACACCTCTTCTCCTCCAATTCCTCTGCCCCATCTGATCCAAATGACGAACCCGCTGATACTTCTTCCTCC
GCCCCTACTGGCTCTGCTCAATCTCCCATGTCCTCTTACTTCAGCGATGTCAAGGATCGCCTCAAACAGCAGCAGCAATCTCCTTCTTCACCGAGTGCTAGAAAGCCTTC
GTATTCATTCACTTCTATTCCGAATCGATCGAGTTCTCCGGCTTCAAAAGCCGCTTCACTGGAAGAAATCAGAAAGAATCTCTCTGAATTTCGGAGTCGATCGTCTGTGC
CTCATCCCTCTGAGCTCGGTTCTTCACCTTCCTCTTCTGCTTCTTCGTCCTGGCAGCGCGGTATCTCGTTTCAAGAGCTTTACAAGAGAAATGCGATGAGGAAGGGAGAG
GATAGTAATGTACCTGCAGATTCGACGCAAGGTGGCCGGAGCAGCATGCTGCCGTTTGATTCTATTCGGGAGAGCTTGCGGCGGGTGAGTTCATCGAGGGTTATGCAAAA
TGAACGAAAAAGTGGGGATTCAATGTCCTTATCGGCGTTTAAGAATAGCTTGAAATTGAAACCATCGGACCCGTCGTCGACAGAGAGGTTGCCGTCGTCGGTTTTTGGGA
AGGAGACGAGGGACAGAAAAGATGGGGAGAACAAGGGAATGAAGACGGAGTTTGTGAGGATGTATAGCCATGGGGAATTGGGGAGCAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCGGAA
AAGGCAAAAGGGAAGAATTGGTTTTCATTGACGGAGTTGAACGAGAGGTTGATAAAGCTAAGGGCAATGGAGGAGAAGGAGACTGAGTCGAGCATTGGAGGGATTTCATT
CCAGGATTTGAGAGACAGCTTGGTTAAGATGAAGATAACTGACGATGAAAAGGCAAAGAAAATGACAATCCAGCGGCTCGATCTCTTGGGTCAGCCAGGTCGAACACCGA
ACTATATGCTACAACCTCCAAAGGAACATCTTGTTGAAAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCATCTGCTGAAAAGCTGAAAATTGAGTTAACAAAAGTTAGAGATGAA
TTTAAAATGTCGGAGTCAGACTGTGGATCTGCTCGGGTTCAAGTTGCACAACTTACCACTAAAATCAATCATCTAACTGCCGTCCTGCACAAGAAGGACAAGCATTCTAA
GAAAGGTCTTCTTGCAATGGTGCAACTGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTACTGTCTAGTTCTTAACAAACTCAGTCTTCGAGACA
ACCCGGATTACAAGAACTGAAGCACAGGTGGTCTCTGTTCTTCTCTTACATGTATTCAAATATCTTTCCTGGTGTTTGCACTCAGTTTTGTTGGAGAGAGTTCTGTAGAA
TTAAAATTTGTTTCATTCATATCAGCATATTATGGAGTGAGAGCTTTCTGCTTAGTTCATTGCCAATGTGAAAGTGCAGAATTTCTTAAGTTTTATTTCAATAGATTGTA
TTAGCAAATCCTGATCTGGTGTAATACTGTTTTTGAATTCACTCCTTTTTAGCTGTAAAATGGACTGCTTCTGCTCCTGCTGACAAATAATGGAGTTGAAAGTAAAGTGG
TCTGCAACAATTTTAGTCTGCAGTTGAACCATGTTCATTTCCATATTTTATACCTTTTATTTTATTTTATTTTAAGGTTGTTCTATGTTTCTAATCTTTGACTATCGTTT
GAATTTGAAAGACCTTGTAGTTCTA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQLSLRPKNPKIITNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDEPADTSSSAPTGSAQSPMSSYFSDVKDRLKQQQQSPSSPSARKPSYSFTSIPNRSSSPASKAASLEEIRKNLSE
FRSRSSVPHPSELGSSPSSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGEDSNVPADSTQGGRSSMLPFDSIRESLRRVSSSRVMQNERKSGDSMSLSAFKNSLKLKPSDPSSTER
LPSSVFGKETRDRKDGENKGMKTEFVRMYSHGELGSKLRALRPEKAKGKNWFSLTELNERLIKLRAMEEKETESSIGGISFQDLRDSLVKMKITDDEKAKKMTIQRLDLL
GQPGRTPNYMLQPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELTKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVL
NKLSLRDNPDYKN

Tan0018066 (gene) of Snake gourd v1 genome