; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Tan0022049 (gene) of Snake gourd v1 genome

Gene IDTan0022049
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RS31-like
Genome locationLG10:1180219..1183742
RNA-Seq ExpressionTan0022049
SyntenyTan0022049
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005681 - spliceosomal complex (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR029537 - Arginine/serine-rich-splicing factor RSP31/31A
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8650222.1 hypothetical protein Csa_011015 [Cucumis sativus]1.2e-13295.67Show/hide
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KAG7019084.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.6e-12992.86Show/hide
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XP_004133800.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31 isoform X1 [Cucumis sativus]1.2e-13295.67Show/hide
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XP_022147391.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X1 [Momordica charantia]6.3e-13496.44Show/hide
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XP_038893478.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31 isoform X1 [Benincasa hispida]7.4e-13596.46Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L8H4 Uncharacterized protein5.7e-13395.67Show/hide
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A0A1S3AUZ7 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X15.7e-13395.67Show/hide
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A0A5D3DBI0 Serine/arginine-rich splicing factor RS31 isoform X25.7e-13395.67Show/hide
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A0A6J1D279 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X13.0e-13496.44Show/hide
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A0A6J1ECU9 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X12.2e-12992.86Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P92964 Serine/arginine-rich splicing factor RS314.1e-9672.48Show/hide
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        MRP+FVGNF Y+TRQS+LERLF KYGRV+R+DMKSG+AFVYFEDERDAEDAIR LDN PFGY++RRLSVEWA+GERGR R  +K+ +N +PTKTLFVINF
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        DPIRT+  DIE+HFEPYGKV NVRIRRNF+FVQFETQEDATKALE T  SKILDRVVSVEYAL+DD ER D     SPRR+    Y R     Y R PSP
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           RRPSPDYGRARSP YDRY GP  YERRRSP       DYGR RSP Y R+ SRSP
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P92965 Serine/arginine-rich splicing factor RS401.3e-7057.75Show/hide
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        M+P+F GNF YD R+ +LERLF KYG+VER+DMK+GFAFVY EDERDAEDAIR LD   FG   RRL VEW + ERG   R   GS +S ++ RP+KTLF
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Query:  VINFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSP
        VINFD   TR RD+E+HFEPYGK++NVRIRRNFAF+Q+E QEDAT+AL+ ++ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ +  SP R     P     RRSPSP
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          R R SPDYGR  SP  AY +       R SPDYGR RSP  Y +    SP   R R
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P92966 Serine/arginine-rich splicing factor RS413.5e-7155.52Show/hide
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        M+P+F GNF YD R+S+LERLF KYG+VER+DMK+GFAFVY EDERDAEDAIR LD   +G   RRL VEW + +R   GR     +S +  RP+KTLFV
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Query:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPY------DDSPRR-----AAYGRPG
        INFD   TR RD+ERHFEPYGK++NVRIRRNFAF+Q+E QEDAT+AL+ T+ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ Y      D SP R     + Y R  
Subjt:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPY------DDSPRR-----AAYGRPG

Query:  DSP-YRRSPSPVF--RRRPSPDYGRAR-----------SPAYDRYNGPYERRRSPDYG--RNRSPEYGRFHSRSPPIQRSR
         SP Y R  SPV   R R SPDYGR R           SP Y R +   ER  SP+ G  RNRSP  GR  SRSPP    R
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Q9NEW6 Probable splicing factor, arginine/serine-rich 34.2e-1631.99Show/hide
Query:  IFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSG----FAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARG------------ERGRH--------
        ++VGN   D R+ E+E +F KYGR++ +D+KSG    FAFV FED RDAEDA+R  D   + +D RR+ VE+ RG            + G H        
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Query:  RDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRN-FAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEY-ALRDDGERGDPYDDSP
        R G +    QR T    ++   P     +D++ H    G V    + R+    V+F   ED   A+     +K         Y  +R+D   G       
Subjt:  RDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRN-FAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEY-ALRDDGERGDPYDDSP

Query:  RRAAYGRPGDSPYR-RSPSPVFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNGPYERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQ
             G  G    R RS SP   RR SP Y   RS           R RS    R+RS    R  SRSP  Q
Subjt:  RRAAYGRPGDSPYR-RSPSPVFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNGPYERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQ

Q9ZPX8 Serine/arginine-rich splicing factor RS31A3.0e-9471.6Show/hide
Query:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFV
        MR ++VGNF YDTR S+LERLF+K+GRV+R+DMKSG+AFVYFEDERDAEDAIR  DN  FGY RR+LSVEWA+   GERG+ RDG K+++NQRPTKTLFV
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Query:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSPV
        INFDPIRTR RD+ERHFEPYGKVLNVR+RRNFAFVQF TQEDATKAL+ TH SK+LD+VVSVEYALR+ GER D Y  S R            RRSPSPV
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Query:  FRRRPSPDYGRARSPAYDRYNG--PYERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT
        +RRRPSPDY R RSP YDRY G  PYERR+SPDYGR RS +YGR  +RSP   RSR+
Subjt:  FRRRPSPDYGRARSPAYDRYNG--PYERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G46610.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.1e-9571.6Show/hide
Query:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFV
        MR ++VGNF YDTR S+LERLF+K+GRV+R+DMKSG+AFVYFEDERDAEDAIR  DN  FGY RR+LSVEWA+   GERG+ RDG K+++NQRPTKTLFV
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Query:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSPV
        INFDPIRTR RD+ERHFEPYGKVLNVR+RRNFAFVQF TQEDATKAL+ TH SK+LD+VVSVEYALR+ GER D Y  S R            RRSPSPV
Subjt:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSPV

Query:  FRRRPSPDYGRARSPAYDRYNG--PYERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT
        +RRRPSPDY R RSP YDRY G  PYERR+SPDYGR RS +YGR  +RSP   RSR+
Subjt:  FRRRPSPDYGRARSPAYDRYNG--PYERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT

AT2G46610.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein4.7e-7970.04Show/hide
Query:  IDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRR
        + + +G+AFVYFEDERDAEDAIR  DN  FGY RR+LSVEWA+   GERG+ RDG K+++NQRPTKTLFVINFDPIRTR RD+ERHFEPYGKVLNVR+RR
Subjt:  IDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRR

Query:  NFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSPVFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNG--PYERRR
        NFAFVQF TQEDATKAL+ TH SK+LD+VVSVEYALR+ GER D Y  S R            RRSPSPV+RRRPSPDY R RSP YDRY G  PYERR+
Subjt:  NFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSPVFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNG--PYERRR

Query:  SPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT
        SPDYGR RS +YGR  +RSP   RSR+
Subjt:  SPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT

AT3G61860.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.9e-9772.48Show/hide
Query:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARGERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINF
        MRP+FVGNF Y+TRQS+LERLF KYGRV+R+DMKSG+AFVYFEDERDAEDAIR LDN PFGY++RRLSVEWA+GERGR R  +K+ +N +PTKTLFVINF
Subjt:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARGERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINF

Query:  DPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDD-SPRRA---AYGRPGDSPYRRSPSP
        DPIRT+  DIE+HFEPYGKV NVRIRRNF+FVQFETQEDATKALE T  SKILDRVVSVEYAL+DD ER D     SPRR+    Y R     Y R PSP
Subjt:  DPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDD-SPRRA---AYGRPGDSPYRRSPSP

Query:  VFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNGP--YERRRSP-------DYGRNRSPEYGRFHSRSP
           RRPSPDYGRARSP YDRY GP  YERRRSP       DYGR RSP Y R+ SRSP
Subjt:  VFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNGP--YERRRSP-------DYGRNRSPEYGRFHSRSP

AT5G52040.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.5e-7255.52Show/hide
Query:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARGER---GRHRDGSKSMANQRPTKTLFV
        M+P+F GNF YD R+S+LERLF KYG+VER+DMK+GFAFVY EDERDAEDAIR LD   +G   RRL VEW + +R   GR     +S +  RP+KTLFV
Subjt:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARGER---GRHRDGSKSMANQRPTKTLFV

Query:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPY------DDSPRR-----AAYGRPG
        INFD   TR RD+ERHFEPYGK++NVRIRRNFAF+Q+E QEDAT+AL+ T+ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ Y      D SP R     + Y R  
Subjt:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPY------DDSPRR-----AAYGRPG

Query:  DSP-YRRSPSPVF--RRRPSPDYGRAR-----------SPAYDRYNGPYERRRSPDYG--RNRSPEYGRFHSRSPPIQRSR
         SP Y R  SPV   R R SPDYGR R           SP Y R +   ER  SP+ G  RNRSP  GR  SRSPP    R
Subjt:  DSP-YRRSPSPVF--RRRPSPDYGRAR-----------SPAYDRYNGPYERRRSPDYG--RNRSPEYGRFHSRSPPIQRSR

AT5G52040.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.5e-7255.52Show/hide
Query:  MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARGER---GRHRDGSKSMANQRPTKTLFV
        M+P+F GNF YD R+S+LERLF KYG+VER+DMK+GFAFVY EDERDAEDAIR LD   +G   RRL VEW + +R   GR     +S +  RP+KTLFV
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Query:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPY------DDSPRR-----AAYGRPG
        INFD   TR RD+ERHFEPYGK++NVRIRRNFAF+Q+E QEDAT+AL+ T+ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ Y      D SP R     + Y R  
Subjt:  INFDPIRTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPY------DDSPRR-----AAYGRPG

Query:  DSP-YRRSPSPVF--RRRPSPDYGRAR-----------SPAYDRYNGPYERRRSPDYG--RNRSPEYGRFHSRSPPIQRSR
         SP Y R  SPV   R R SPDYGR R           SP Y R +   ER  SP+ G  RNRSP  GR  SRSPP    R
Subjt:  DSP-YRRSPSPVF--RRRPSPDYGRAR-----------SPAYDRYNGPYERRRSPDYG--RNRSPEYGRFHSRSPPIQRSR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGGCCAATATTTGTTGGGAACTTTGGGTATGACACCCGGCAATCTGAGCTGGAGCGGTTGTTCGCTAAATATGGGAGAGTTGAAAGGATCGACATGAAATCTGGTTT
TGCTTTTGTTTACTTTGAAGATGAGAGGGATGCCGAAGATGCCATTCGTGGCCTTGATAACATGCCATTTGGTTATGATAGACGCAGATTGTCTGTGGAATGGGCTAGGG
GTGAACGAGGGCGTCATCGTGATGGATCCAAGTCGATGGCAAATCAGAGGCCAACCAAAACCTTGTTTGTGATTAATTTTGACCCTATTCGTACCAGAGTTCGTGATATT
GAAAGACACTTTGAACCTTATGGGAAGGTCCTCAATGTTCGCATAAGAAGGAACTTTGCATTCGTACAATTTGAGACACAGGAAGATGCAACCAAAGCCCTTGAGTGTAC
CCACATGAGCAAAATATTAGACAGGGTTGTGTCAGTTGAATACGCTTTGAGGGATGATGGGGAGAGGGGTGACCCTTATGATGATAGCCCTCGAAGAGCAGCTTATGGGC
GGCCTGGGGATAGTCCTTATCGGAGGTCACCTAGTCCCGTGTTTCGCCGTCGACCAAGTCCTGACTATGGACGAGCTCGCAGCCCTGCTTATGATAGGTATAACGGCCCA
TACGAACGACGCAGGAGTCCTGATTATGGTAGGAATCGAAGTCCTGAATATGGTAGATTTCACAGCCGTTCGCCCCCTATTCAAAGGTCGAGAACCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ACCCGCTTTCTCTTCCTTTCTCCTAGGGTTTTTCTCTAGTTCGAATCGAAGAATCTGCAAGCGCGATTGACAGTAGCAACGATGAGGCCAATATTTGTTGGGAACTTTGG
GTATGACACCCGGCAATCTGAGCTGGAGCGGTTGTTCGCTAAATATGGGAGAGTTGAAAGGATCGACATGAAATCTGGTTTTGCTTTTGTTTACTTTGAAGATGAGAGGG
ATGCCGAAGATGCCATTCGTGGCCTTGATAACATGCCATTTGGTTATGATAGACGCAGATTGTCTGTGGAATGGGCTAGGGGTGAACGAGGGCGTCATCGTGATGGATCC
AAGTCGATGGCAAATCAGAGGCCAACCAAAACCTTGTTTGTGATTAATTTTGACCCTATTCGTACCAGAGTTCGTGATATTGAAAGACACTTTGAACCTTATGGGAAGGT
CCTCAATGTTCGCATAAGAAGGAACTTTGCATTCGTACAATTTGAGACACAGGAAGATGCAACCAAAGCCCTTGAGTGTACCCACATGAGCAAAATATTAGACAGGGTTG
TGTCAGTTGAATACGCTTTGAGGGATGATGGGGAGAGGGGTGACCCTTATGATGATAGCCCTCGAAGAGCAGCTTATGGGCGGCCTGGGGATAGTCCTTATCGGAGGTCA
CCTAGTCCCGTGTTTCGCCGTCGACCAAGTCCTGACTATGGACGAGCTCGCAGCCCTGCTTATGATAGGTATAACGGCCCATACGAACGACGCAGGAGTCCTGATTATGG
TAGGAATCGAAGTCCTGAATATGGTAGATTTCACAGCCGTTCGCCCCCTATTCAAAGGTCGAGAACCTGAAGGAAATGTTATTTTGAATGTTTAGTTACATTCTTAGGTT
TAGGTATGTGGAGTGTTTAGAGATAGTTGCAACAAGTTCCTGTACAACCCTCGTATGTGACTTCTGACTATTTGAACTATTGTTGGTAGTTTTGAGATGATGGTGAAACA
CGTTTCTGTGTTTTTAGAGGCTATCTTTGGCTTTACAATTTGTTAACTTGGCTGTTGGTTCCTGTTTAATTACAACGTCGGAACAGGTTGGTCTTGGGAAATTTCACCAT
TATCTTCATTCAGCAGTGCCCATCATGTTTTTTAAAGATCCATTTTTTTTTCTTTTCTCTCAATTATGATTCCCCTTTACTTTAAATGTCCCCTCTAGTTGAGCCAAGAG
AGCATTGAATTGAATTGACA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRPIFVGNFGYDTRQSELERLFAKYGRVERIDMKSGFAFVYFEDERDAEDAIRGLDNMPFGYDRRRLSVEWARGERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIRTRVRDI
ERHFEPYGKVLNVRIRRNFAFVQFETQEDATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRAAYGRPGDSPYRRSPSPVFRRRPSPDYGRARSPAYDRYNGP
YERRRSPDYGRNRSPEYGRFHSRSPPIQRSRT